genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.613.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  613  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191777040--191777189	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
191785029--191785179	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
191785029--191785177	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
191790457--191790618	49	3.4	49	95	2	285	31	8	29	30	1.87
191790457--191790648	95	2.0	97	87	3	280	30	8	31	29	1.88
191795860--191795961	29	3.6	27	78	7	89	29	32	16	21	1.95
191795889--191795961	28	2.6	29	84	2	85	31	32	15	20	1.93
191803760--191803862	29	3.6	28	78	5	98	28	33	17	21	1.96
191809810--191809960	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
191809846--191809976	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
191817747--191817877	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
191820441--191820607	46	3.7	45	83	5	196	29	17	28	24	1.98
191820436--191820655	93	2.4	93	83	7	259	29	17	28	24	1.97
191820441--191820619	44	4.0	44	78	7	162	29	16	27	25	1.97
191826354--191826487	28	4.7	29	75	12	127	25	32	14	27	1.95
191826355--191826477	29	4.3	29	78	13	114	24	30	15	30	1.96
191826354--191826499	57	2.6	56	80	11	156	26	31	13	28	1.94
191834049--191834183	28	4.8	28	76	8	139	24	34	15	25	1.95
191834044--191834195	29	5.3	29	78	4	150	26	32	14	26	1.95
191835874--191836082	42	4.9	42	77	4	186	34	26	16	22	1.95
191835991--191836077	43	2.0	44	84	2	113	35	28	13	21	1.92
191839276--191839354	42	1.9	42	86	2	115	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191845101--191845317	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
191845097--191845317	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
191853657--191853840	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
191853697--191853885	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
191861722--191861905	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
191861762--191861950	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
191868264--191868414	40	3.8	40	81	6	146	23	27	21	26	1.99
191875991--191876156	40	4.2	40	75	7	142	25	28	20	24	1.99
191880976--191881074	28	3.4	28	73	13	81	27	25	20	27	1.99
191882855--191883028	39	4.4	40	80	9	207	26	27	21	24	1.99
191882855--191883023	78	2.2	78	87	4	234	27	27	21	24	1.99
191891015--191891191	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
191896455--191896636	6	30.3	6	99	0	355	49	16	0	33	1.50
191897145--191897187	22	2.0	22	86	8	63	34	23	11	30	1.90
191898601--191898650	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
191899925--191899984	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
191899979--191900008	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
191906217--191906319	29	3.6	29	80	2	109	21	15	33	30	1.94
191908436--191908586	39	3.8	39	92	0	248	23	31	20	23	1.98
191920846--191921053	40	5.2	40	81	2	211	25	25	24	25	2.00
191931289--191931373	23	3.7	23	73	9	66	28	22	16	32	1.95
191939545--191939594	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191939638--191939696	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
191939747--191939841	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
191939748--191939841	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
191940033--191940195	38	4.4	38	87	11	250	38	15	22	23	1.93
191940057--191940172	31	3.5	31	82	15	151	41	13	20	24	1.89
191940033--191940172	69	2.0	69	97	0	262	39	15	21	24	1.91
191942778--191942858	36	2.3	36	97	2	155	40	12	22	24	1.88
191947914--191947962	24	2.0	24	84	4	62	34	22	16	26	1.95
191948006--191948064	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
191948114--191948159	23	2.0	23	100	0	92	30	21	21	26	1.99
191951050--191951179	29	4.5	29	87	0	154	29	15	31	23	1.95
191953559--191953584	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
191962960--191963243	24	11.8	24	98	0	496	21	18	25	34	1.96
191979663--191979806	40	3.6	40	86	7	186	25	24	26	23	2.00
191984738--191984911	39	4.5	40	93	5	288	23	22	28	25	1.99
191992857--191993074	40	5.5	40	93	1	359	23	22	27	25	2.00
191999124--191999183	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
191999151--191999292	67	2.1	67	84	5	176	33	21	26	18	1.96
191999222--191999273	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
191999869--191999922	27	2.0	27	89	3	83	37	20	20	22	1.95
192001280--192001323	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
192003114--192003181	27	2.5	28	92	4	113	42	27	10	19	1.83
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192005553--192005596	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
192007387--192007454	27	2.5	28	92	4	113	42	27	10	19	1.83
192015702--192015785	43	2.0	43	83	9	109	27	16	27	28	1.97
192016584--192016625	16	2.7	16	77	3	50	19	9	19	52	1.72
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192028383--192028414	15	2.1	15	94	0	55	18	3	0	78	0.89
192028377--192028420	21	2.0	22	86	4	63	22	2	0	75	0.92
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192036921--192037087	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
192037906--192037951	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
192044939--192045089	40	3.8	39	84	2	151	23	27	22	26	2.00
192044939--192045089	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
192045913--192045958	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
192053649--192053694	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
192059442--192059579	40	3.5	40	91	3	208	23	27	23	25	2.00
192059475--192059583	40	2.7	40	97	0	209	24	27	22	24	2.00
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192071742--192071897	43	3.6	43	74	15	117	32	24	17	25	1.97
192075901--192075935	12	2.9	12	100	0	70	31	17	25	25	1.97
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192095781--192095856	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
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192095724--192095856	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
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192109962--192110166	80	2.6	80	83	3	234	25	23	25	24	2.00
192111989--192112068	29	2.8	28	85	7	108	28	35	13	22	1.92
192111989--192112068	28	2.8	28	85	7	108	28	35	13	22	1.92
192112287--192112329	16	2.7	16	88	0	68	6	20	18	53	1.67
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192131103--192131171	28	2.5	28	85	2	86	43	26	10	20	1.83
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192138772--192138809	20	1.9	20	84	10	51	23	2	5	68	1.23
192139777--192139935	27	5.9	27	79	11	166	35	22	23	19	1.96
192139819--192139935	54	2.2	54	96	0	216	35	23	23	17	1.95
192140326--192140355	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
192141531--192141638	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
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192147548--192147656	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
192148849--192149014	40	4.2	40	77	8	144	25	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192154155--192154305	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
192154191--192154321	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
192158854--192158902	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
192159634--192159764	40	3.3	40	79	8	151	24	20	27	27	1.99
192162003--192162032	14	2.1	15	93	6	53	6	36	0	56	1.26
192162076--192162125	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
192163798--192163824	13	2.1	13	100	0	54	37	14	40	7	1.74
192165369--192165414	18	2.6	19	76	13	53	69	6	6	17	1.32
192166475--192166627	39	3.9	39	88	0	234	30	22	3	43	1.69
192166471--192166629	78	2.0	78	95	2	284	30	24	3	42	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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