genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  190  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56749596--56749864	135	2.0	135	100	0	538	30	23	10	35	1.88
56756976--56757071	42	2.3	43	83	5	124	30	26	18	25	1.98
56765481--56765586	25	4.3	25	72	8	83	33	24	20	21	1.97
56765470--56765593	50	2.5	49	85	6	169	32	23	21	22	1.98
56767818--56768004	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
56767841--56768004	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
56767841--56768038	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
56774519--56774616	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
56788289--56788360	29	2.5	29	91	6	112	29	26	13	30	1.94
56788288--56788389	28	3.5	28	84	6	89	29	28	13	28	1.94
56791963--56792015	27	2.0	27	100	0	106	43	7	15	33	1.74
56796466--56796506	20	2.0	20	100	0	82	29	0	4	65	1.13
56802800--56802974	40	4.4	40	91	2	264	25	27	22	24	2.00
56810992--56811208	40	5.5	40	92	3	334	24	28	23	23	1.99
56816487--56816515	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
56817199--56817250	27	1.9	27	84	7	70	67	0	13	19	1.23
56830376--56830531	40	3.9	40	88	3	224	25	27	22	24	2.00
56838414--56838528	40	2.9	40	85	5	160	24	27	23	24	2.00
56846404--56846595	79	2.4	79	87	5	273	23	29	24	22	1.99
56846404--56846592	39	4.8	40	88	5	260	23	29	24	22	1.99
56854393--56854536	40	3.6	40	90	2	211	25	28	20	25	1.99
56854505--56854567	31	2.0	31	90	0	99	28	23	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56859390--56859428	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
56859892--56859971	27	2.9	27	88	5	115	32	21	25	21	1.98
56860075--56860166	28	3.3	28	98	0	175	32	6	27	33	1.82
56861909--56862113	47	4.5	47	78	11	239	30	14	22	32	1.94
56861997--56862158	38	4.0	38	73	13	126	30	14	24	30	1.94
56861945--56862151	85	2.4	85	88	0	306	31	14	22	31	1.94
56870350--56870516	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
56878349--56878515	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
56882914--56883081	40	4.2	40	80	12	166	23	21	28	26	1.99
56882914--56883081	80	2.1	79	85	4	221	23	21	28	26	1.99
56892877--56893209	38	7.7	40	70	20	192	30	14	24	30	1.95
56892903--56893174	48	5.9	48	80	9	316	31	14	23	30	1.94
56893003--56893207	85	2.4	85	95	0	365	30	14	24	30	1.95
56895126--56895234	43	2.5	43	83	2	139	22	28	21	27	1.99
56902372--56902418	22	2.1	22	84	7	60	36	6	2	55	1.37
56905918--56906087	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
56914261--56914430	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
56921758--56921844	44	2.0	44	84	4	113	42	13	11	32	1.80
56922111--56922242	56	2.4	55	87	2	183	37	25	10	27	1.89
56924245--56924314	35	2.0	35	97	0	131	32	27	8	31	1.87
56924280--56924599	50	6.4	50	70	10	224	30	25	16	27	1.97
56924280--56924599	149	2.1	149	87	1	453	30	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56924947--56924993	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
56931103--56931335	50	4.7	50	74	6	213	29	25	18	26	1.98
56938627--56938676	16	3.3	15	76	13	50	46	4	0	50	1.20
56939377--56939437	25	2.4	26	76	15	65	36	4	1	57	1.30
56946075--56946250	46	3.8	45	76	12	187	22	20	28	28	1.98
56946071--56946242	93	1.8	93	91	2	283	22	20	29	27	1.99
56955493--56955568	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
56955490--56955792	47	6.3	47	86	7	437	34	8	29	27	1.86
56955701--56955725	9	2.8	9	100	0	50	36	0	32	32	1.58
56955655--56955772	56	2.1	55	93	1	200	34	6	29	28	1.83
56958356--56958517	40	4.1	40	85	0	180	24	22	27	25	2.00
56961582--56961661	25	3.3	24	65	18	67	35	6	28	30	1.82
56961559--56961837	47	6.0	47	79	12	335	33	7	30	28	1.85
56961548--56961856	138	2.3	137	81	10	357	34	7	30	27	1.85
56966206--56966347	40	3.6	40	91	2	216	23	21	26	28	1.99
56969129--56969216	42	2.1	42	85	8	117	31	27	18	22	1.97
56971252--56971392	75	1.9	75	98	0	273	27	18	15	38	1.91
56974621--56974783	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
56974621--56974814	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
56983549--56983716	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
56991764--56991987	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
56991764--56991987	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56994667--56994703	16	2.2	18	85	9	51	37	5	18	37	1.74
56996770--56996809	20	2.0	20	85	5	53	27	10	17	45	1.80
56997840--56997974	43	3.1	42	80	5	128	25	17	24	32	1.97
56997862--56997943	42	1.9	43	87	2	121	24	17	24	34	1.96
56997857--56997974	43	2.8	42	81	1	137	25	17	23	33	1.97
57000970--57001129	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
57000970--57001129	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
57004890--57005114	47	4.7	47	89	3	308	32	7	30	28	1.85
57004890--57005114	96	2.4	95	86	5	305	32	7	30	28	1.85
57011271--57011346	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
57014098--57014324	27	8.4	27	88	0	292	36	17	20	25	1.95
57015042--57015094	27	2.0	27	84	0	70	22	22	20	33	1.97
57014957--57015110	67	2.3	67	94	2	265	19	29	22	29	1.98
57017119--57017159	20	2.2	18	91	8	64	36	0	4	58	1.20
57017689--57017735	23	2.0	24	84	12	62	68	0	31	0	0.90
57017696--57017730	17	2.0	18	94	5	63	68	0	31	0	0.90
57018719--57018829	45	2.5	45	88	2	161	21	18	18	42	1.89
57020556--57020676	56	2.2	56	84	3	154	34	22	12	30	1.91
57020569--57020693	56	2.2	57	81	5	148	38	21	11	28	1.88
57020670--57020880	43	4.9	43	81	3	264	30	27	16	26	1.96
57020670--57020880	86	2.5	86	88	3	291	30	27	16	26	1.96
57020642--57020880	129	1.9	129	83	3	320	31	26	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57026010--57026082	21	3.5	21	88	1	103	2	50	16	30	1.59
57026493--57026521	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
57034272--57034415	9	16.0	9	68	17	68	37	1	15	45	1.56
57034309--57034415	18	5.8	18	72	12	92	39	1	15	42	1.58
57034629--57034665	15	2.4	16	90	4	58	62	13	8	16	1.54
57036588--57036674	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
57036743--57037140	49	8.1	49	97	0	724	29	27	9	33	1.88
57040999--57041040	20	2.1	20	90	0	66	33	30	4	30	1.78
57041664--57041741	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
57041642--57041785	47	3.1	47	91	0	216	27	29	10	32	1.90
57044407--57044536	57	2.3	57	80	6	140	27	29	19	23	1.98
57044544--57044779	40	5.9	40	93	1	386	26	29	22	21	1.99
57046264--57046288	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57046374--57046451	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
57046352--57046636	47	6.1	47	87	1	401	26	29	10	33	1.90
57046399--57046474	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
57046515--57046592	25	3.2	25	64	29	69	30	29	8	30	1.88
57046329--57046619	141	2.1	141	96	0	537	26	29	10	33	1.89
57055110--57055160	15	3.3	15	78	8	50	43	0	1	54	1.11
57055630--57055654	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
57056022--57056110	38	2.3	40	90	3	137	43	25	2	28	1.66
57056307--57056347	21	1.9	22	85	5	57	29	0	24	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57058014--57058043	8	3.8	8	95	0	51	0	30	16	53	1.44
57060580--57061006	41	10.5	40	81	5	450	25	18	23	32	1.97
57060580--57061006	81	5.3	80	82	5	484	25	18	23	32	1.97
57060580--57061002	122	3.5	122	83	3	505	25	17	23	33	1.96
57062324--57062492	93	1.8	93	89	2	268	30	26	18	24	1.98
57062315--57062538	46	4.8	46	77	8	222	30	26	18	24	1.98
57064249--57064386	43	3.3	42	84	8	183	28	26	18	25	1.98
57065974--57066155	40	4.6	40	83	1	186	21	25	23	28	1.99
57066004--57066155	80	1.9	80	86	0	214	23	26	23	27	2.00
57068135--57068201	29	2.4	29	79	16	70	25	17	4	52	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770