genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  96  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28151950--28151986	18	2.0	19	89	5	58	45	21	2	29	1.65
28157703--28157833	45	3.0	45	82	6	137	25	28	21	24	1.99
28157831--28158163	38	8.7	38	87	2	425	31	24	21	22	1.98
28157831--28158163	153	2.2	152	86	3	463	31	24	21	22	1.98
28158460--28158543	43	1.9	44	90	2	134	25	32	21	21	1.98
28162845--28162920	27	2.9	25	83	11	89	34	22	22	21	1.97
28163056--28163171	54	2.1	54	84	3	144	25	17	18	38	1.92
28163056--28163171	27	4.3	27	84	0	124	25	17	18	38	1.92
28163534--28163571	19	2.0	19	85	10	51	18	44	23	13	1.85
28168796--28168943	43	3.4	43	74	5	111	31	26	13	29	1.94
28169802--28169841	19	2.1	19	100	0	80	35	5	5	55	1.44
28170311--28170335	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
28179920--28180229	49	6.4	49	93	2	527	29	9	32	29	1.88
28179920--28180234	144	2.2	146	92	2	535	29	8	32	29	1.88
28179920--28180229	96	3.2	97	93	3	525	29	9	32	29	1.88
28180331--28180415	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
28182223--28182307	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
28182505--28182695	29	6.7	29	95	2	341	26	16	32	24	1.96
28182502--28182695	85	2.3	86	94	1	345	26	15	32	25	1.96
28188759--28188815	27	2.1	28	84	15	75	64	8	1	24	1.31
28190539--28190564	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
28190561--28190585	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28191159--28191202	23	2.0	22	86	4	61	15	9	4	70	1.30
28196604--28196859	131	2.0	130	90	2	406	26	16	19	37	1.93
28197447--28197703	129	2.0	129	98	0	496	29	31	13	25	1.93
28199597--28199682	9	9.6	9	81	0	91	47	18	8	25	1.76
28199597--28199682	36	2.4	36	84	3	111	47	18	8	25	1.76
28199700--28199740	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
28199871--28199907	18	2.1	18	100	0	74	24	10	16	48	1.77
28205752--28205846	43	2.2	45	88	3	140	28	24	14	32	1.95
28205288--28206089	176	4.6	176	83	3	990	26	23	18	31	1.97
28214221--28214245	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28214268--28214302	11	3.3	10	92	8	52	80	8	2	8	1.01
28215198--28215226	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28220115--28220319	89	2.3	90	80	4	218	27	22	19	30	1.98
28220112--28220319	44	4.7	43	76	4	155	26	22	19	30	1.98
28220228--28220622	188	2.1	188	90	1	632	28	21	17	32	1.95
28220416--28220507	44	2.1	44	81	6	105	28	22	17	31	1.97
28220228--28220695	188	2.5	188	86	2	611	29	20	17	32	1.95
28220632--28220787	45	3.5	44	78	5	152	31	17	17	33	1.94
28227701--28227725	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
28231568--28231622	22	2.5	22	72	0	56	74	1	12	10	1.15
28231832--28231966	30	4.5	30	90	1	184	25	48	3	21	1.66
28231849--28231901	18	3.3	18	65	29	55	24	49	3	22	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28232526--28232604	29	2.8	27	76	12	79	37	5	2	54	1.36
28232624--28232691	22	3.0	22	77	12	73	35	5	5	52	1.50
28232855--28232893	8	4.9	8	87	9	53	28	0	5	66	1.12
28232848--28232895	16	3.1	15	87	6	60	29	2	4	64	1.23
28234460--28234495	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
28241239--28241413	71	2.5	70	83	2	210	29	14	22	33	1.93
28241413--28241678	72	3.8	71	90	3	378	22	13	24	39	1.91
28241244--28242094	264	3.2	265	95	1	1485	24	13	23	37	1.92
28241678--28241942	72	3.8	71	89	4	360	23	13	23	38	1.91
28241941--28242460	161	3.3	156	80	9	554	27	15	20	35	1.94
28242263--28242420	73	2.1	74	91	1	255	29	15	20	34	1.93
28243173--28243307	30	4.5	30	88	1	175	26	48	3	21	1.67
28243190--28243242	18	3.3	18	65	29	55	24	49	3	22	1.66
28243865--28243947	25	2.9	31	68	20	79	36	3	2	57	1.29
28243964--28244022	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
28243980--28244028	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
28244184--28244231	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
28244184--28244235	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
28252729--28252803	18	4.2	18	80	0	96	33	16	21	29	1.95
28253420--28253503	26	3.2	26	93	3	134	34	4	23	36	1.76
28254976--28255028	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
28256877--28256983	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28257013--28257074	27	2.3	27	86	5	81	30	16	20	32	1.95
28264605--28264711	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
28264720--28264787	26	2.5	27	80	7	84	27	16	23	32	1.96
28264739--28264789	26	2.0	26	96	0	93	25	13	27	33	1.94
28266010--28266084	33	2.2	34	79	9	82	28	18	24	29	1.98
28277518--28277586	19	3.5	20	74	21	63	57	4	2	34	1.33
28279824--28280318	204	2.4	204	92	2	798	29	23	18	29	1.97
28280889--28280918	14	2.1	14	100	0	60	60	6	13	20	1.55
28287174--28287334	29	5.6	29	82	3	164	25	16	32	25	1.96
28290587--28290651	32	2.0	32	96	0	121	33	16	13	35	1.89
28291376--28291425	15	3.5	15	79	15	52	42	12	24	22	1.87
28291389--28291425	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
28295013--28295082	21	3.5	21	74	16	67	58	4	2	34	1.32
28295013--28295080	19	3.4	20	74	22	61	58	4	2	33	1.33
28304598--28304670	24	3.3	24	68	28	79	46	19	2	31	1.64
28304586--28304670	42	2.0	42	95	0	152	43	21	4	30	1.73
28312358--28312407	13	3.8	13	89	0	82	18	44	28	10	1.81
28312358--28312407	26	1.9	26	95	0	91	18	44	28	10	1.81
28313837--28313932	43	2.2	45	83	3	124	31	15	23	29	1.96
28313568--28314377	176	4.7	177	75	8	736	31	18	22	27	1.97
28320387--28320427	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
28320390--28320429	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28320447--28320531	9	9.6	9	88	2	118	23	8	22	45	1.79
28321180--28321231	24	2.2	24	85	0	68	48	11	3	36	1.58
28322193--28322270	31	2.5	31	81	2	77	50	10	5	34	1.59
28323152--28323388	131	1.8	131	89	1	377	35	18	16	28	1.94
28324900--28324943	23	2.0	22	86	4	61	70	4	9	15	1.30
28325527--28325552	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
28327269--28327325	27	2.1	28	84	15	75	24	1	8	64	1.31
28337203--28337331	64	2.0	64	98	0	249	20	23	20	35	1.96
28342663--28342699	19	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
28342989--28343079	19	4.9	19	85	8	134	37	16	9	36	1.82
28343021--28343058	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
28343014--28343087	36	2.1	35	82	12	89	36	14	12	36	1.84
28343435--28343702	45	5.9	45	76	6	247	26	27	15	30	1.96
28343443--28343611	89	1.9	89	87	2	250	27	28	14	29	1.95
28343645--28343936	78	3.7	78	89	1	451	25	24	18	31	1.98
28344102--28344199	43	2.2	47	76	7	105	27	19	16	36	1.93
28343878--28344461	220	2.7	220	89	0	880	27	22	17	32	1.96
28346990--28347014	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28347163--28347214	21	2.4	22	90	3	79	32	1	7	57	1.38
28347495--28347542	22	2.2	21	89	10	71	27	6	0	66	1.15
28347711--28347769	24	2.4	25	78	13	61	18	16	0	64	1.29
28359460--28359745	43	6.5	43	73	7	182	36	23	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28359408--28359791	175	2.2	175	85	5	517	35	23	21	19	1.96
28359588--28359870	133	2.1	130	80	4	307	34	23	21	20	1.96
28360035--28360134	44	2.3	43	81	6	105	37	24	18	21	1.94
28361892--28361943	21	2.4	22	90	3	79	32	1	7	57	1.38
28362227--28362269	22	2.0	22	90	9	70	25	6	0	67	1.15
28362440--28362498	24	2.4	25	78	13	61	18	16	0	64	1.29
28366896--28366949	22	2.5	22	100	0	108	59	9	0	31	1.29
28370208--28370270	29	2.2	29	86	11	85	57	0	0	42	0.99
28370674--28370699	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28371729--28371796	32	2.1	32	84	10	86	50	2	1	45	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770