genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.766.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  766  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243215229--243215396	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
243215229--243215396	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
243222554--243222668	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
243222554--243222687	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
243224780--243224817	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
243224813--243224840	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
243224822--243224888	34	1.9	35	82	8	84	50	4	2	41	1.37
243230586--243230751	40	4.2	40	90	2	237	27	28	21	22	1.99
243238451--243238667	37	5.7	38	89	9	311	29	28	19	22	1.98
243240607--243240642	16	2.2	17	95	5	65	33	13	27	25	1.94
243241896--243242058	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
243249431--243249548	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
243249399--243249562	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
243253630--243253813	40	4.6	39	87	6	221	26	21	26	26	1.99
243253630--243253813	78	2.3	80	82	9	234	26	21	26	26	1.99
243253664--243253845	78	2.3	78	80	9	183	29	20	25	25	1.99
243261663--243261852	79	2.4	79	86	10	282	28	21	25	24	1.99
243261659--243261852	40	4.9	40	89	6	267	28	21	25	24	1.99
243261693--243261887	79	2.5	78	86	8	229	29	21	24	24	1.99
243264412--243264575	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
243264412--243264609	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
243275654--243275861	40	5.2	40	81	2	204	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243275654--243275862	80	2.6	80	80	2	242	23	26	22	26	2.00
243283612--243283822	40	5.3	40	82	4	212	24	26	22	26	2.00
243283612--243283822	79	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
243291140--243291208	27	2.5	28	90	2	104	28	28	14	27	1.95
243292544--243292583	21	2.1	19	86	13	55	10	15	0	75	1.05
243297715--243297890	88	2.0	88	98	0	343	27	19	15	36	1.93
243305268--243305449	39	4.6	39	86	1	231	24	21	30	23	1.99
243307966--243308032	34	2.0	34	100	0	134	26	23	26	22	2.00
243309229--243309336	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
243314374--243314420	23	2.0	25	83	8	62	10	27	12	48	1.74
243316567--243316674	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
243319713--243319758	24	1.9	24	86	0	65	19	21	21	36	1.95
243332026--243332095	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
243332026--243332107	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
243339709--243339776	26	2.6	27	90	6	104	27	14	27	29	1.95
243339709--243339788	27	3.0	27	82	12	69	28	16	25	30	1.96
243342465--243342593	40	3.3	39	79	10	145	24	27	24	24	2.00
243342481--243342631	79	1.9	79	83	5	198	22	27	23	26	2.00
243342481--243342631	40	3.8	39	82	8	146	22	27	23	26	2.00
243349478--243349699	121	1.8	121	82	5	288	30	10	24	34	1.89
243349694--243349823	40	3.2	40	80	4	147	22	24	28	24	1.99
243353825--243353925	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243353825--243353975	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
243353821--243353992	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
243361839--243361939	39	2.5	39	79	6	105	30	21	24	22	1.99
243361837--243362006	40	4.3	39	76	11	150	28	21	26	24	1.99
243366976--243367137	39	4.2	39	91	2	254	23	20	32	24	1.98
243366993--243367167	39	4.5	40	85	8	175	23	22	32	21	1.98
243375635--243375798	40	4.1	40	83	7	176	25	26	21	26	2.00
243383576--243383753	40	4.6	38	78	10	141	25	26	21	26	1.99
243385052--243385216	40	4.2	40	83	6	189	24	27	21	25	1.99
243385052--243385216	79	2.1	78	83	9	203	24	27	21	25	1.99
243386041--243386086	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
243393049--243393215	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
243393049--243393215	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
243394041--243394086	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
243408141--243408297	24	6.7	24	90	5	250	19	18	26	35	1.95
243408141--243408297	69	2.2	70	91	4	246	19	18	26	35	1.95
243408141--243408293	45	3.3	46	91	3	236	19	18	26	35	1.95
243408141--243408318	69	2.6	69	87	5	207	21	17	25	34	1.96
243408141--243408319	93	1.9	94	87	4	263	21	18	25	34	1.96
243410553--243410603	25	2.0	25	100	0	102	43	15	23	17	1.88
243415793--243415860	26	2.5	27	92	7	111	25	14	30	29	1.95
243415847--243415961	24	4.8	24	97	0	212	20	17	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243415847--243415983	72	1.9	72	87	3	204	22	17	25	34	1.96
243418305--243418399	38	2.4	38	91	3	145	21	23	17	37	1.94
243418611--243418705	23	4.1	23	93	4	156	27	22	22	28	1.99
243418590--243418706	46	2.5	47	89	8	168	26	23	22	28	1.99
243418757--243418816	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
243418757--243418811	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
243418859--243418906	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
243424062--243424099	18	2.1	18	100	0	76	15	55	10	18	1.68
243426375--243426460	29	3.0	28	80	13	113	26	22	15	36	1.93
243426643--243426760	24	5.0	24	89	7	170	27	22	22	28	1.99
243426668--243426759	46	2.0	46	95	0	166	28	21	22	27	1.99
243426817--243426872	9	5.9	9	73	19	51	35	21	7	35	1.81
243426810--243426863	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
243426805--243426872	20	3.5	20	93	4	120	33	22	8	35	1.85
243432827--243432880	20	2.7	20	97	0	99	14	31	35	18	1.91
243434876--243435006	29	4.6	29	81	2	140	25	17	32	25	1.97
243434876--243434947	28	2.5	28	95	2	126	27	15	30	26	1.96
243440422--243440769	146	2.4	147	90	1	518	32	9	29	28	1.89
243440422--243440769	49	7.1	49	91	1	518	32	9	29	28	1.89
243440782--243441023	48	5.0	48	88	5	328	30	8	31	29	1.87
243440602--243440944	176	2.0	175	90	3	539	30	9	31	27	1.89
243440779--243441008	95	2.4	96	90	3	347	30	7	31	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243441086--243441154	35	2.0	35	100	0	138	23	18	31	26	1.97
243443086--243443264	40	4.6	40	88	6	262	24	21	29	25	1.99
243443093--243443239	76	1.9	77	93	4	253	24	19	28	27	1.98
243447163--243447274	58	1.9	60	87	7	167	33	8	25	33	1.85
243447219--243447596	46	8.1	49	85	10	454	32	11	27	28	1.91
243447060--243447365	149	2.0	156	86	9	436	32	8	27	31	1.87
243447114--243447318	103	2.0	103	88	5	306	33	7	26	32	1.84
243447219--243447596	94	4.1	95	86	7	492	32	11	27	28	1.91
243447219--243447596	140	2.7	139	81	11	452	32	11	27	28	1.91
243452281--243452447	40	4.2	40	80	5	169	23	28	23	24	2.00
243455394--243455614	112	2.0	109	95	4	399	31	24	15	28	1.95
243462569--243462761	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
243462599--243462761	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
243470517--243470660	38	3.8	38	85	8	193	22	31	20	25	1.98
243473405--243473568	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
243473405--243473602	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
243480509--243480672	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
243480509--243480706	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
243482965--243483163	38	5.2	39	89	3	278	23	31	20	25	1.98
243490936--243491055	39	3.1	38	88	4	170	25	31	20	22	1.98
243490906--243491055	78	1.9	77	82	5	187	23	30	23	22	1.99
243491018--243491113	51	1.9	50	93	2	165	20	30	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243491072--243491146	36	2.0	37	94	5	134	20	28	21	30	1.98
243490979--243491143	87	1.9	90	92	5	282	21	30	20	27	1.98
243495071--243495171	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
243506185--243506401	40	5.5	40	90	3	307	25	29	22	22	1.99
243507657--243507691	16	2.2	16	89	0	52	0	17	0	82	0.66
243516397--243516580	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
243516437--243516625	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
243525773--243526055	40	7.2	40	88	2	421	27	26	21	24	2.00
243527748--243527811	27	2.3	28	89	5	103	34	26	7	31	1.85
243527917--243528006	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770