Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  83  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24396973--24397002
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
24398418--24398962
46
11.8
46
90
1
777
21
24
14
40
1.90
24398418--24398961
185
2.9
185
93
0
885
21
24
14
40
1.90
24401355--24401411
30
2.0
28
83
13
71
21
31
29
17
1.96
24412881--24412907
1
27.0
1
100
0
54
0
0
0
100
0.00
24419091--24419150
31
2.0
31
93
3
104
48
5
5
41
1.47
24419091--24419169
31
2.6
31
84
6
90
46
6
7
39
1.58
24421115--24421189
37
2.0
37
97
0
141
26
10
30
32
1.90
24421915--24421983
21
3.4
21
71
15
72
36
1
7
55
1.37
24421893--24421949
27
2.0
29
83
10
73
35
1
8
54
1.42
24421970--24422000
15
2.1
14
94
5
53
35
3
6
54
1.42
24427743--24427811
21
3.4
21
71
15
72
36
1
7
55
1.37
24429878--24429902
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
24431394--24431432
16
2.4
16
78
0
51
35
17
15
30
1.91
24435271--24435303
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
24440191--24440240
20
2.4
22
83
9
61
54
6
0
40
1.25
24442260--24442374
27
4.3
26
85
5
140
37
23
22
16
1.94
24442260--24442374
54
2.1
54
87
3
160
37
23
22
16
1.94
24443978--24444087
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
24448024--24448136
27
4.3
25
82
11
120
37
23
23
15
1.93
24448024--24448136
52
2.1
54
87
6
160
37
23
23
15
1.93
24449738--24449847
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24462400--24462462
25
2.5
25
75
10
65
30
23
20
25
1.99
24468427--24468477
25
2.0
25
96
0
93
37
15
17
29
1.91
24468679--24468753
31
2.4
31
88
0
114
30
26
17
25
1.97
24468944--24468996
11
5.0
11
79
6
65
28
22
15
33
1.94
24468939--24468996
21
2.7
22
89
10
86
29
22
13
34
1.93
24469033--24469084
27
1.9
27
84
0
68
25
13
23
38
1.91
24470865--24470902
19
2.0
20
89
5
60
47
15
0
36
1.46
24482051--24482122
36
2.0
36
100
0
144
27
33
2
36
1.72
24486712--24486759
24
2.0
24
95
0
87
41
10
16
31
1.82
24487473--24487506
2
17.0
2
93
0
59
47
0
0
52
1.00
24490770--24490821
25
2.1
25
92
0
86
48
5
13
32
1.66
24492006--24492153
41
3.5
42
80
8
167
30
27
16
26
1.96
24492474--24492499
13
2.0
13
100
0
52
53
23
0
23
1.46
24497108--24497193
42
2.1
42
84
2
111
23
12
13
50
1.77
24497329--24497391
7
8.6
7
84
5
54
30
0
3
66
1.07
24497329--24497381
15
3.5
15
82
10
63
24
0
3
71
1.02
24497424--24497480
29
2.0
29
83
13
73
52
3
5
38
1.41
24497656--24497697
15
2.9
15
86
6
61
47
28
0
23
1.52
24497722--24497747
7
3.7
7
100
0
52
46
38
0
15
1.46
24497845--24497966
7
17.1
7
75
9
86
38
42
0
18
1.51
24498414--24498583
39
4.4
41
72
18
121
28
20
20
31
1.97
24498419--24498559
74
1.9
74
84
5
187
30
20
21
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24498500--24498583
39
2.1
40
88
2
125
28
20
16
34
1.94
24501034--24501070
18
2.1
18
100
0
74
16
0
37
45
1.47
24501232--24501260
14
2.1
14
93
6
51
27
6
37
27
1.82
24509747--24509810
34
1.9
32
81
12
76
26
6
26
40
1.79
24510078--24510109
13
2.5
13
100
0
64
15
15
37
31
1.89
24513033--24513454
226
1.9
226
94
0
754
33
25
12
28
1.92
24514056--24514146
46
2.0
46
93
0
155
37
16
16
29
1.91
24517939--24517975
19
2.0
18
94
5
65
16
10
0
72
1.10
24520969--24521007
9
4.6
8
81
12
51
82
0
15
2
0.79
24520969--24521007
17
2.3
17
86
8
53
82
0
15
2
0.79
24527489--24527515
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
24528294--24528339
22
2.1
21
84
4
56
32
8
0
58
1.28
24528442--24528581
3
47.7
3
72
14
96
33
6
0
59
1.28
24528678--24528720
2
21.0
2
83
4
50
41
2
4
51
1.35
24528679--24528729
23
2.2
23
86
6
68
39
3
5
50
1.45
24528808--24528848
21
2.0
20
85
4
55
34
2
7
56
1.40
24528922--24528977
26
2.2
25
81
6
60
32
5
3
58
1.37
24528981--24529112
25
5.5
25
71
13
116
34
6
4
54
1.47
24529215--24529260
19
2.4
20
82
10
60
36
0
6
56
1.25
24529480--24529510
8
3.8
8
95
4
53
16
0
0
83
0.64
24537199--24537253
13
4.2
13
77
11
51
72
3
1
21
1.09
24537542--24537586
25
1.9
24
82
13
58
33
8
15
42
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24543533--24543567
10
3.5
10
85
14
54
80
0
20
0
0.72
24544858--24544891
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
24544935--24545161
122
1.9
122
98
0
436
35
9
13
41
1.77
24545784--24545866
42
2.0
42
90
0
130
25
18
30
26
1.98
24550614--24550652
6
6.5
6
100
0
78
35
0
0
64
0.94
24551500--24551617
46
2.6
46
82
1
139
19
20
16
44
1.87
24551598--24551754
45
3.5
45
84
1
208
22
21
16
39
1.92
24551732--24551849
45
2.6
45
87
0
164
20
14
16
48
1.81
24556114--24556141
14
2.0
14
100
0
56
0
14
0
85
0.59
24556648--24556687
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
24557119--24557191
34
2.1
34
80
9
78
38
4
13
43
1.63
24558124--24558248
62
2.0
62
100
0
250
25
28
19
26
1.98
24566048--24566081
14
2.3
15
90
5
52
58
0
8
32
1.29
24570428--24570466
20
2.0
20
100
0
78
38
10
20
30
1.86
24570516--24570607
22
4.0
22
90
5
130
28
22
22
26
1.99
24570518--24570612
23
4.1
23
91
5
147
28
22
22
27
1.99
24570518--24570608
45
2.0
46
91
2
148
26
23
23
27
2.00
24570517--24570634
24
5.0
23
87
7
150
28
22
22
26
1.99
24570825--24570919
31
3.1
31
98
0
181
38
15
22
23
1.92
24579357--24579536
87
2.1
88
96
2
337
51
3
11
33
1.55
24579531--24579691
3
53.3
3
70
7
85
57
3
8
30
1.44
24581788--24581898
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24589037--24589147
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
24590889--24591094
86
2.4
86
95
0
358
20
25
20
33
1.97
24591066--24591272
43
4.8
44
70
9
147
22
20
21
35
1.96
24590981--24591269
129
2.2
131
81
6
329
22
21
21
34
1.96
24590946--24591226
42
6.6
42
70
13
171
23
21
20
34
1.97
24603528--24603707
87
2.1
87
97
0
342
52
3
11
33
1.53
24603702--24603869
3
55.3
3
71
5
88
58
4
8
29
1.46
24606376--24606514
69
2.0
69
97
0
260
41
13
22
23
1.89
24616777--24616874
13
8.2
13
77
17
113
14
0
46
38
1.44
24616762--24616874
35
3.2
35
82
2
138
15
0
46
37
1.47
24616777--24616874
48
2.0
48
90
3
153
14
0
46
38
1.44
24617165--24617276
45
2.5
45
86
1
163
25
31
11
32
1.91
24617216--24617440
87
2.6
87
94
0
378
23
30
14
32
1.94
24617437--24618400
206
4.7
206
93
0
1644
29
22
18
29
1.98
24621863--24621925
30
2.1
30
100
0
126
19
19
15
46
1.85
24632713--24632826
7
16.0
7
70
10
70
36
42
0
21
1.53
24632713--24632809
29
3.4
30
78
7
94
37
42
0
20
1.53
24632853--24632946
46
2.0
46
95
0
170
42
25
3
28
1.70
24632862--24632961
14
6.9
14
71
10
67
45
26
2
27
1.65
24633119--24633326
41
5.1
41
89
2
312
21
22
21
34
1.97
24637028--24637081
20
2.6
21
82
11
67
35
0
7
57
1.27
24639235--24639406
46
3.7
46
90
1
247
41
13
22
22
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24641125--24641149
7
3.6
7
100
0
50
28
0
0
72
0.86
24641811--24641884
19
4.2
19
86
11
86
37
12
13
36
1.82
24641819--24641884
19
3.6
19
90
10
111
37
10
15
36
1.82
24641811--24641909
36
3.0
35
77
20
106
38
11
15
35
1.83
24641883--24641925
23
1.9
23
85
4
61
37
6
16
39
1.75
24642193--24642227
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
24650426--24650716
77
3.8
78
86
5
423
31
19
23
24
1.98
24650656--24650929
45
6.1
46
77
10
271
31
16
27
25
1.96
24650730--24650929
89
2.2
90
85
5
280
32
15
28
24
1.95
24651282--24651374
19
4.9
19
92
2
161
37
9
15
37
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770