Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  194  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57975291--57975427
40
3.4
40
90
0
211
24
23
22
29
1.99
57975320--57975464
40
3.7
40
85
4
143
24
21
22
31
1.98
57975291--57975458
80
2.1
78
83
4
203
23
22
23
30
1.99
57983229--57983322
40
2.4
38
85
5
116
23
20
25
30
1.98
57990391--57990532
40
3.6
40
86
2
180
28
23
21
26
1.99
57994734--57994827
40
2.4
40
85
5
120
24
21
23
30
1.99
57996567--57996665
28
3.5
29
83
6
114
30
27
15
27
1.96
58004574--58004672
28
3.5
29
83
6
114
30
27
15
27
1.96
58006090--58006265
46
3.8
46
78
12
207
19
21
30
28
1.98
58006087--58006258
93
1.8
93
97
0
326
20
21
30
27
1.98
58014394--58014521
45
2.8
46
85
3
170
25
23
20
31
1.98
58014463--58015051
177
3.3
176
78
4
605
27
23
19
29
1.98
58014845--58014939
44
2.2
44
78
0
100
24
21
23
31
1.98
58015109--58015277
89
1.9
89
82
4
216
30
24
15
28
1.96
58016447--58016476
3
10.0
3
100
0
60
0
33
0
66
0.92
58020263--58020359
31
2.8
35
78
18
112
23
22
13
40
1.89
58020282--58020376
31
3.1
31
96
0
172
24
22
14
38
1.91
58020568--58020710
24
6.0
24
91
4
209
26
22
22
28
1.99
58020568--58020709
47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
58020567--58020710
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
58020761--58020820
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
58020863--58020910
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58022143--58022514
27
13.9
27
87
4
423
40
8
22
28
1.83
58022438--58022739
27
11.3
27
82
4
222
32
7
21
37
1.83
58022144--58022514
81
4.6
81
83
5
491
40
8
22
28
1.83
58022080--58022586
54
9.4
53
82
5
195
37
8
22
30
1.85
58022564--58022739
26
6.7
26
89
2
230
31
5
21
42
1.76
58022504--58022739
53
4.5
51
79
9
152
30
7
21
40
1.80
58022590--58022757
53
3.2
53
88
4
216
32
5
20
41
1.76
58022591--58022756
26
6.3
26
85
3
138
31
6
19
42
1.76
58022516--58022756
79
3.0
79
80
6
204
31
7
20
41
1.79
58025520--58025636
30
3.5
35
88
10
126
22
23
17
36
1.94
58025543--58025636
31
3.1
31
96
1
172
23
22
15
38
1.93
58025828--58025946
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
58025828--58025946
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
58025997--58026056
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
58026099--58026146
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
58027319--58027727
54
7.6
55
82
4
165
37
8
23
30
1.85
58027383--58027700
27
11.8
27
88
2
383
40
8
22
28
1.83
58027651--58027928
27
10.3
27
85
2
260
31
8
20
38
1.83
58027778--58027945
27
6.3
26
87
2
174
31
7
19
41
1.78
58031569--58031750
40
4.6
40
85
8
239
25
21
27
25
2.00
58031569--58031748
78
2.3
80
85
6
242
25
22
27
25
2.00
58036554--58036619
21
3.1
21
78
4
71
57
4
3
34
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58036667--58036695
15
2.0
15
93
6
51
62
0
6
31
1.22
58037513--58037546
11
3.2
11
87
8
52
64
14
8
11
1.49
58037513--58037548
10
3.5
10
92
3
54
61
16
8
13
1.56
58037887--58037949
24
2.6
24
92
5
101
7
0
39
52
1.31
58038825--58039091
41
6.6
40
86
3
345
33
20
23
22
1.97
58038816--58039091
123
2.3
122
85
3
385
33
20
23
22
1.97
58039331--58039394
7
9.0
7
77
3
56
23
3
26
46
1.67
58039347--58039397
15
3.5
15
81
2
59
21
1
29
47
1.62
58039993--58040079
7
12.0
7
77
9
68
60
1
0
37
1.04
58039992--58040067
8
10.2
8
77
16
83
65
1
0
32
1.01
58039992--58040067
15
5.1
15
82
9
84
65
1
0
32
1.01
58042970--58043297
23
14.3
23
77
8
251
32
6
21
39
1.79
58043975--58044104
43
3.0
43
87
2
197
23
21
31
23
1.98
58046970--58047038
25
2.8
26
78
10
74
31
21
23
23
1.98
58047031--58047120
24
3.8
24
68
2
74
38
17
20
23
1.93
58053354--58053465
38
2.9
38
88
2
136
29
25
20
25
1.99
58058591--58058755
23
7.1
23
91
4
269
27
21
23
27
1.99
58058591--58058757
70
2.4
70
92
3
275
27
20
23
28
1.99
58058814--58058870
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
58058802--58058872
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
58058807--58058861
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90
58058909--58058956
25
1.9
25
91
0
78
25
14
25
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58066701--58066861
23
7.1
23
90
6
267
28
21
21
27
1.99
58066920--58066976
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
58066908--58066978
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
58066913--58066967
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90
58067015--58067062
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
58070195--58070378
27
6.8
27
89
2
271
30
24
5
39
1.79
58070370--58070535
27
6.2
26
75
8
129
39
21
9
29
1.85
58070377--58070549
54
3.2
53
79
3
175
41
19
8
30
1.81
58070538--58070615
29
2.8
28
80
16
90
44
15
6
33
1.72
58070410--58070645
27
8.7
27
78
5
190
41
19
7
31
1.79
58071498--58071564
25
2.7
25
90
0
98
28
28
20
22
1.99
58071498--58071574
25
3.1
25
86
1
84
32
24
18
24
1.97
58071852--58071906
29
1.9
28
85
3
74
23
23
25
27
2.00
58073992--58074160
27
6.3
27
88
2
223
28
24
7
39
1.83
58074152--58074317
27
6.2
26
75
8
129
39
21
9
29
1.85
58074159--58074331
54
3.2
53
79
3
175
41
19
8
30
1.81
58074320--58074397
29
2.8
28
80
16
90
44
15
6
33
1.72
58074192--58074427
27
8.7
27
78
5
190
41
19
7
31
1.79
58074806--58074853
20
2.3
20
92
3
78
22
27
33
16
1.96
58075298--58075363
24
2.7
25
85
4
89
28
28
19
22
1.98
58075298--58075379
24
3.3
24
83
8
76
31
24
19
24
1.98
58075650--58075704
29
1.9
28
85
3
74
23
23
25
27
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58077831--58077881
26
2.0
26
92
0
84
23
23
11
41
1.87
58077903--58077999
27
3.6
27
81
4
124
41
21
8
28
1.82
58077861--58077999
54
2.6
54
74
10
124
38
21
11
28
1.88
58077903--58078026
27
4.6
27
79
8
112
42
20
8
28
1.80
58077982--58078088
27
3.9
27
75
14
94
42
17
8
30
1.79
58078128--58078201
27
2.7
27
76
12
71
37
20
20
21
1.94
58078141--58078205
27
2.4
27
82
5
78
35
18
24
21
1.96
58078998--58079067
25
2.8
25
91
0
113
27
25
22
24
2.00
58078998--58079094
25
4.0
23
80
10
86
28
23
22
24
1.99
58079352--58079407
29
2.0
28
85
3
76
19
23
28
28
1.98
58080259--58080295
15
2.5
15
95
4
67
13
0
29
56
1.37
58080831--58080951
42
2.8
43
83
2
154
24
15
23
35
1.94
58080847--58080959
43
2.7
42
83
1
136
24
16
24
33
1.96
58084313--58084350
18
2.1
18
100
0
76
21
15
23
39
1.92
58089129--58089163
17
2.1
17
94
0
61
20
8
0
71
1.11
58089519--58089543
6
4.2
6
100
0
50
16
0
0
84
0.63
58092991--58093100
43
2.6
42
82
4
132
25
18
23
32
1.97
58096507--58096625
28
4.2
28
87
5
150
27
15
32
24
1.95
58096800--58096964
82
2.0
82
98
0
321
21
27
19
32
1.97
58100387--58100566
78
2.3
77
83
6
204
27
28
21
23
1.99
58100435--58100587
39
3.9
39
91
3
229
26
27
21
24
1.99
58105023--58105074
25
2.1
25
96
0
95
63
1
7
26
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58105918--58106163
49
4.9
50
81
2
271
26
17
26
29
1.97
58105921--58106163
100
2.4
100
83
2
283
26
17
26
30
1.97
58113145--58113256
28
4.0
28
82
2
118
28
14
30
26
1.95
58117769--58117870
28
3.6
28
85
0
123
27
15
31
25
1.96
58128905--58129053
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
58128946--58129053
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
58137020--58137168
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
58137061--58137168
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
58142169--58142299
29
4.5
29
78
5
122
25
17
32
25
1.97
58150227--58150357
29
4.5
29
78
5
122
25
17
32
25
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770