Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  109  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31098762--31098801
21
2.0
20
85
14
55
35
10
0
55
1.34
31098799--31098868
22
3.5
19
80
16
79
34
2
0
62
1.10
31098795--31098876
19
4.2
18
78
15
76
34
2
0
63
1.08
31098793--31098873
14
5.6
14
69
16
51
34
2
0
62
1.08
31099111--31099147
12
2.9
13
88
8
58
24
0
5
70
1.08
31099354--31099421
23
3.0
23
65
8
57
33
4
17
44
1.69
31100181--31100242
30
2.1
30
100
0
124
22
19
9
48
1.78
31105438--31105605
40
4.2
40
79
4
151
24
27
23
25
2.00
31106825--31106862
20
1.9
20
88
0
58
0
15
2
81
0.80
31106833--31106868
16
2.1
18
90
10
58
0
13
5
80
0.88
31113458--31113625
40
4.2
40
79
4
151
24
27
23
25
2.00
31114864--31114901
18
2.1
18
90
0
58
0
13
5
81
0.85
31118610--31118642
13
2.6
13
90
4
50
48
12
0
39
1.40
31121547--31121608
6
10.2
6
74
10
54
77
1
6
14
1.04
31124241--31124384
39
3.7
40
87
0
193
22
21
31
24
1.98
31126928--31126965
13
2.9
13
88
0
58
52
7
0
39
1.31
31129867--31129997
59
2.3
57
92
5
210
33
13
25
26
1.94
31129837--31129997
29
5.5
30
87
7
206
32
13
26
27
1.94
31134264--31134488
40
5.7
40
88
3
278
26
28
22
23
1.99
31134239--31134488
80
3.2
80
86
3
328
26
27
22
24
2.00
31152855--31152899
20
2.2
20
88
0
63
48
2
13
35
1.54
31158860--31159181
48
6.7
48
82
6
332
28
20
28
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31158860--31159184
144
2.3
144
84
5
408
28
20
28
22
1.99
31162517--31162692
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
31162513--31162684
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
31166697--31166775
31
2.5
31
81
0
104
17
26
32
22
1.96
31170567--31170764
71
2.8
70
89
3
276
34
16
27
21
1.95
31170601--31170764
71
2.3
71
96
0
310
35
17
27
19
1.94
31172961--31172987
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
31174989--31175049
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
31177410--31177434
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
31181589--31181627
20
2.0
20
85
10
53
38
17
0
43
1.50
31188381--31188452
29
2.5
28
86
6
92
30
15
26
27
1.96
31193373--31193458
41
2.1
41
100
0
172
43
20
13
22
1.87
31196626--31196651
12
2.2
12
100
0
52
26
7
7
57
1.54
31202973--31203107
43
2.9
44
73
15
137
22
16
29
31
1.96
31204580--31204759
48
3.9
48
77
8
183
27
22
21
28
1.99
31206780--31206841
28
2.2
28
97
0
115
37
8
20
33
1.83
31206782--31206829
16
3.2
16
66
22
50
37
6
20
35
1.78
31211289--31211531
49
4.9
50
77
7
228
25
18
27
27
1.98
31215429--31215480
16
3.3
15
79
12
52
48
1
34
15
1.56
31227671--31227708
18
2.1
19
85
5
51
26
18
10
44
1.82
31228097--31228149
21
2.5
21
84
0
70
1
30
52
15
1.53
31228302--31228362
26
2.4
25
81
10
70
68
3
0
27
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31228333--31228391
21
2.8
22
85
7
70
69
6
0
23
1.12
31228438--31228470
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
31229983--31230127
74
2.0
74
92
0
245
48
8
13
29
1.71
31230712--31230762
14
3.5
14
77
15
50
49
1
0
49
1.12
31240342--31240442
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
31248261--31248361
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
31249797--31249878
37
2.2
37
88
0
119
20
32
24
21
1.98
31249996--31250104
47
2.3
47
95
0
191
28
30
7
33
1.84
31253134--31253233
28
3.5
28
75
2
92
30
28
20
22
1.98
31253243--31253603
40
9.1
40
93
1
555
26
24
19
28
1.99
31255511--31255593
37
2.2
37
91
0
130
20
32
22
24
1.98
31255711--31255819
47
2.3
47
95
0
191
28
30
7
33
1.84
31260980--31261109
66
1.9
69
83
10
169
19
30
16
33
1.94
31267167--31267214
24
2.0
24
95
0
87
14
20
35
29
1.93
31267623--31267699
39
2.0
39
100
0
154
49
23
1
25
1.58
31268717--31268821
43
2.4
43
87
0
156
31
20
14
33
1.93
31273883--31274132
40
6.2
40
91
1
385
22
28
24
25
1.99
31282057--31282306
40
6.2
40
91
1
385
22
28
24
25
1.99
31295238--31295268
15
2.1
15
93
0
53
25
19
12
41
1.87
31300770--31300881
24
4.7
24
84
6
113
25
16
23
34
1.95
31309153--31309191
15
2.5
15
83
4
51
48
5
12
33
1.63
31313631--31313832
86
2.3
86
81
6
248
27
13
24
34
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31313631--31313832
43
4.7
43
77
8
205
27
13
24
34
1.93
31321819--31321874
29
1.9
29
92
0
94
23
8
28
39
1.85
31325356--31325484
27
4.8
27
92
0
195
28
21
9
40
1.84
31325464--31325684
27
8.2
28
75
11
99
41
21
8
28
1.82
31325356--31325513
54
2.9
54
85
1
156
31
21
8
38
1.84
31325356--31325512
81
1.9
80
79
7
174
31
21
8
38
1.84
31325464--31325767
54
5.6
53
71
7
180
40
20
8
29
1.83
31325437--31325746
27
11.4
27
73
6
92
39
20
9
31
1.83
31325800--31325891
27
3.4
27
90
3
132
33
20
26
19
1.96
31326901--31326964
31
2.1
31
84
0
83
37
14
21
26
1.92
31335402--31335659
46
5.5
46
75
14
167
28
18
29
24
1.98
31337807--31337942
48
2.8
48
84
2
157
27
18
27
26
1.98
31349421--31349483
31
2.0
31
96
0
117
25
7
12
53
1.65
31353722--31353895
46
3.8
46
79
13
214
28
29
21
20
1.98
31353730--31353899
92
1.8
93
94
1
306
28
29
21
20
1.98
31356283--31356371
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
31356283--31356362
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
31356294--31356371
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
31359318--31359488
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
31359310--31359485
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
31368342--31368426
44
1.9
44
92
0
143
32
12
24
29
1.93
31374032--31374276
40
6.2
40
76
12
195
25
22
26
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31374070--31374276
79
2.6
79
80
3
229
25
23
25
25
2.00
31380582--31380681
42
2.4
42
75
14
98
28
27
22
23
1.99
31389301--31389399
44
2.3
42
77
8
101
21
20
23
35
1.96
31389979--31390014
18
2.0
18
100
0
72
22
16
22
38
1.93
31396013--31396055
22
1.9
23
85
4
61
30
0
13
55
1.39
31398436--31398478
18
2.4
18
100
0
86
30
20
4
44
1.72
31408709--31408766
30
1.9
30
85
0
80
39
6
25
27
1.81
31423888--31423963
28
2.7
27
86
9
100
27
14
25
32
1.94
31428327--31428416
45
2.0
45
91
0
144
41
17
11
30
1.84
31441219--31441290
21
3.3
21
63
14
56
36
26
8
29
1.86
31441203--31441292
44
2.0
44
97
0
171
37
26
7
27
1.84
31442649--31442766
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
31442617--31442780
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
31450165--31450318
68
2.2
67
96
3
245
35
17
27
19
1.94
31459179--31459279
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
31459208--31459283
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
31461000--31461034
18
1.9
18
100
0
70
34
17
20
28
1.95
31463073--31463175
29
3.6
29
78
2
100
20
17
33
28
1.95
31466614--31466728
29
4.0
28
77
4
113
26
15
28
28
1.96
31470986--31471115
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
31471002--31471153
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
31471002--31471151
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
31477790--31477840
24
2.1
24
100
0
102
52
7
0
39
1.30
31489325--31489588
40
6.7
40
85
1
302
25
27
23
23
2.00
31494575--31494660
40
2.2
40
91
0
136
23
30
25
20
1.99
31494591--31494700
40
2.7
41
86
8
138
20
29
26
23
1.99
31494575--31494741
40
4.2
40
78
5
124
24
26
23
25
2.00
31495972--31496012
18
2.3
18
87
4
57
0
12
4
82
0.81
31500824--31501088
40
6.7
40
82
1
284
25
26
23
24
2.00
31507529--31507664
43
3.2
43
67
8
107
30
17
27
25
1.97
31507432--31507659
84
2.7
83
86
1
321
30
17
26
25
1.97
31518384--31518721
48
7.0
48
95
0
604
34
6
28
31
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770