genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  246  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73734470--73734643	46	3.8	46	75	8	165	29	30	20	19	1.97
73734477--73734648	92	1.9	93	88	1	265	29	30	20	19	1.97
73747125--73747167	22	1.9	23	90	4	70	20	6	53	18	1.67
73747187--73747263	34	2.3	34	81	4	93	24	23	22	29	1.99
73750121--73750201	34	2.4	34	77	8	83	28	18	22	30	1.97
73752378--73752585	40	5.2	40	89	1	294	26	28	21	23	1.99
73760579--73760786	40	5.2	40	90	1	303	26	28	21	23	1.99
73768748--73768954	40	5.2	40	89	2	294	26	28	21	23	1.99
73768748--73768954	79	2.6	79	88	4	301	26	28	21	23	1.99
73774971--73775000	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
73779429--73779582	38	4.0	38	89	5	231	26	20	31	22	1.98
73779447--73779625	39	4.6	40	84	8	149	23	21	32	22	1.98
73779447--73779620	77	2.2	77	85	5	226	24	22	32	21	1.98
73787527--73787689	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
73787527--73787719	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
73790898--73791091	48	4.0	48	98	0	379	30	26	6	36	1.81
73790898--73791177	96	3.1	96	88	10	460	30	27	6	35	1.82
73791057--73791126	35	2.0	35	100	0	140	31	28	8	31	1.87
73791009--73791174	83	2.0	83	98	0	323	30	27	7	34	1.84
73794534--73794624	28	3.2	28	79	11	105	30	29	17	21	1.96
73794846--73795152	40	7.7	40	85	0	407	28	28	19	23	1.98
73796409--73796554	37	3.9	37	94	0	238	26	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73796701--73797089	48	8.1	48	98	0	724	30	27	6	36	1.81
73799955--73800011	26	2.2	26	100	0	114	42	28	3	26	1.72
73800899--73800953	24	2.2	26	83	6	69	47	32	3	16	1.64
73801238--73801272	18	1.9	18	88	0	52	40	14	14	31	1.86
73801550--73801700	43	3.5	43	76	6	162	33	25	15	25	1.96
73804665--73804689	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
73805049--73805166	44	2.8	42	79	13	127	22	19	25	32	1.98
73814260--73814412	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
73814261--73814442	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
73822344--73822496	39	3.9	39	92	0	243	23	20	32	24	1.98
73822345--73822526	39	4.6	39	88	0	238	23	21	31	23	1.98
73825033--73825080	25	1.9	25	83	8	62	41	2	6	50	1.39
73826370--73826520	43	3.5	43	78	6	171	31	23	15	28	1.96
73829750--73829793	22	2.0	22	86	8	63	54	6	0	38	1.27
73833738--73833766	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
73844841--73844937	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
73847050--73847132	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
73847083--73847138	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
73847108--73847132	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
73847135--73847165	12	2.6	12	89	0	53	25	12	12	48	1.77
73847213--73847269	17	3.6	16	75	11	55	5	15	3	75	1.12
73848411--73848528	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73848379--73848542	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73855518--73855635	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73855486--73855649	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73857624--73857658	12	2.9	12	100	0	70	14	0	8	77	0.99
73859334--73859427	30	3.1	31	72	6	95	27	15	28	27	1.97
73862159--73862241	32	2.6	32	88	0	121	27	15	27	28	1.96
73865305--73865347	20	2.2	20	87	8	61	39	4	18	37	1.72
73867389--73867461	27	2.7	27	87	4	85	24	13	20	41	1.89
73873096--73873190	29	3.3	28	83	4	118	26	14	29	29	1.95
73875216--73875275	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
73875243--73875384	67	2.1	67	85	5	185	30	20	28	20	1.97
73875314--73875365	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
73881581--73881632	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
73882299--73882370	27	2.7	27	73	4	74	29	8	25	37	1.85
73888660--73888733	29	2.6	29	80	2	87	24	16	32	27	1.96
73899639--73899733	42	2.2	43	79	5	113	34	23	13	28	1.93
73907480--73907823	47	7.3	47	91	0	553	31	9	30	27	1.89
73917117--73917194	27	2.9	27	83	5	97	33	14	23	29	1.93
73924872--73924948	27	2.9	27	81	7	88	31	16	22	29	1.96
73924899--73924958	27	2.2	27	82	5	68	35	13	23	28	1.92
73929319--73929631	47	6.5	47	90	3	455	29	30	8	31	1.87
73929319--73929631	96	3.3	96	93	1	497	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73932585--73932668	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
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73954783--73954921	3	47.3	3	68	12	65	58	2	7	30	1.41
73954738--73954798	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
73955403--73955453	24	2.1	24	88	0	75	47	23	1	27	1.63
73955403--73955461	24	2.6	23	83	5	66	40	23	1	33	1.65
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73955647--73955679	12	2.7	12	95	4	57	6	3	6	84	0.84
73959146--73959185	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
73963586--73963638	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
73965121--73965227	25	4.2	26	95	3	182	37	24	4	33	1.76
73965121--73965227	51	2.1	51	92	3	180	37	24	4	33	1.76
73967329--73967414	18	4.8	18	84	2	93	36	12	20	30	1.90
73967329--73967424	36	2.7	36	80	3	122	37	14	19	28	1.91
73968865--73968916	25	2.0	26	82	10	63	25	15	23	36	1.93
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73972370--73972434	3	21.7	3	96	0	121	67	1	0	30	1.00
73974933--73975098	87	1.9	87	82	2	208	34	15	21	29	1.93
73975271--73975302	16	2.0	16	93	0	55	34	12	15	37	1.85
73978779--73978897	3	41.3	3	75	6	77	29	6	0	63	1.26
73978801--73978897	29	3.2	29	76	12	97	30	6	0	62	1.19
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73982223--73982252	15	1.9	16	93	6	53	50	6	10	33	1.62
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73984037--73984089	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
73992023--73992075	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
74000889--74000919	15	2.1	15	93	0	53	48	0	9	41	1.36
74002489--74002540	24	2.3	22	87	9	70	57	0	0	42	0.98
74002489--74002551	22	2.7	23	83	9	67	57	1	0	41	1.08
74005931--74006001	23	3.0	23	69	15	56	50	2	0	46	1.16
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74008278--74008414	60	2.3	60	84	6	170	25	24	21	28	1.99
74008277--74008378	28	3.5	27	71	19	80	23	28	21	26	1.99
74009754--74009791	18	2.2	18	86	13	53	73	0	15	10	1.09
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74022272--74022330	20	2.9	19	78	9	64	55	0	3	40	1.16
74022997--74023033	18	2.0	20	84	10	51	8	13	13	64	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74023817--74023930	44	2.6	44	90	0	174	26	29	20	23	1.99
74024076--74024392	87	3.6	88	84	5	419	36	18	17	27	1.94
74024311--74024448	75	1.9	73	89	3	213	31	21	15	31	1.95
74025250--74025360	42	2.6	43	87	5	145	16	20	15	47	1.82
74036016--74036056	16	2.5	17	84	8	57	48	7	2	41	1.44
74036111--74036170	27	2.3	26	83	13	72	60	3	3	33	1.30
74036111--74036160	23	2.1	24	85	3	66	58	4	2	36	1.29
74039374--74039607	130	1.8	130	83	0	315	29	20	15	34	1.94
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74043505--74043539	18	1.9	18	88	11	54	5	14	0	80	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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