genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.677.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  677  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213260130--213260373	76	3.2	76	84	8	325	27	15	22	34	1.95
213260304--213260534	123	1.9	125	86	2	331	28	15	22	34	1.94
213260413--213260604	72	2.6	72	93	1	312	28	16	22	32	1.96
213260228--213260734	199	2.6	195	87	4	687	28	16	22	32	1.95
213260498--213260731	126	1.9	127	89	2	373	28	17	22	32	1.96
213260801--213260974	70	2.5	70	86	5	235	28	16	24	31	1.96
213260867--213261361	126	3.8	126	89	6	670	30	17	19	32	1.95
213261118--213261399	72	3.9	72	92	3	433	31	16	20	31	1.95
213261118--213261414	145	2.1	144	87	3	418	31	16	19	31	1.94
213261426--213261727	54	5.6	54	96	0	552	30	14	17	37	1.90
213261922--213262010	45	2.0	45	81	0	106	23	15	29	31	1.95
213263349--213263404	25	2.3	25	79	11	62	30	3	5	60	1.36
213263475--213263534	3	20.0	3	89	0	93	28	5	0	66	1.12
213263714--213263778	31	2.1	31	88	5	96	35	6	6	52	1.51
213268460--213268518	1	59.0	1	79	0	55	88	3	8	0	0.63
213268460--213268523	11	5.7	11	81	1	65	85	4	7	1	0.78
213270684--213271253	75	7.7	74	83	12	646	28	18	21	32	1.96
213270932--213271253	74	4.5	74	86	8	413	30	18	21	29	1.97
213271229--213271278	24	2.0	25	96	3	93	22	14	36	28	1.92
213271378--213271697	73	4.2	73	81	10	372	26	16	21	34	1.95
213271277--213272137	158	5.1	157	77	11	608	26	17	20	34	1.95
213271621--213272200	89	6.5	88	83	5	543	27	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213273797--213273862	3	22.0	3	88	11	100	33	0	1	65	1.02
213274437--213274500	22	2.7	23	77	17	69	39	1	7	51	1.40
213281791--213281849	29	2.2	26	82	14	66	62	1	10	25	1.36
213282032--213282091	3	20.0	3	83	6	77	61	5	1	31	1.27
213283137--213283170	14	2.4	14	100	0	68	5	8	55	29	1.54
213283909--213284374	218	2.1	218	98	0	898	41	19	14	24	1.89
213284322--213284676	71	4.8	75	73	14	265	30	22	17	30	1.97
213284346--213284767	150	2.8	151	89	7	601	31	21	17	29	1.96
213284346--213284767	160	2.8	149	88	7	588	31	21	17	29	1.96
213297170--213297228	29	2.2	26	82	14	66	62	1	10	25	1.36
213297412--213297472	3	20.0	3	86	3	86	62	4	1	31	1.26
213298447--213298480	14	2.4	14	100	0	68	5	8	55	29	1.54
213299963--213300017	12	4.6	12	100	0	110	9	25	50	14	1.72
213304812--213304921	26	4.2	26	90	0	184	33	5	24	36	1.79
213310517--213310564	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
213310608--213310666	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
213310612--213310666	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
213310717--213310858	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
213310717--213310858	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
213315800--213315975	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
213315797--213315968	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
213320272--213320420	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213320270--213320436	40	4.2	40	77	6	162	26	23	26	22	2.00
213320270--213320436	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
213328269--213328419	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
213328305--213328435	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
213334561--213334736	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
213334558--213334729	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
213339529--213339688	29	5.5	29	94	0	266	27	15	32	25	1.95
213339529--213339745	87	2.5	87	84	4	260	25	15	33	25	1.95
213343315--213343386	29	2.5	28	88	6	101	30	16	26	26	1.97
213350817--213350888	29	2.5	28	88	6	101	30	16	26	26	1.97
213358140--213358270	29	4.5	29	93	0	208	27	15	32	24	1.95
213358140--213358327	87	2.2	86	80	5	200	25	15	34	25	1.95
213368011--213368220	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
213376146--213376355	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
213380665--213380819	28	5.5	28	77	3	130	30	35	17	16	1.92
213380635--213380821	57	3.2	57	92	1	284	30	36	16	17	1.91
213382799--213382905	28	3.8	28	91	0	151	28	25	10	35	1.89
213385460--213385601	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
213385498--213385627	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
213393268--213393376	38	2.8	39	83	9	134	23	22	29	23	1.99
213400669--213400693	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
213401553--213401620	27	2.5	28	90	2	111	26	11	27	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213413518--213413608	28	3.2	29	77	10	82	25	12	30	31	1.92
213417089--213417158	35	2.0	35	100	0	140	25	20	17	37	1.94
213420682--213420850	27	6.3	27	84	4	198	27	20	18	33	1.96
213420682--213420850	54	3.1	54	86	5	225	27	20	18	33	1.96
213420693--213420850	81	2.0	81	88	0	235	26	20	18	33	1.96
213420708--213420880	81	2.1	81	80	4	188	28	17	19	34	1.95
213420888--213421038	27	5.6	27	80	3	106	31	8	19	39	1.82
213420917--213421038	54	2.3	54	82	0	145	31	9	18	40	1.82
213426160--213426222	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
213434262--213434429	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
213442277--213442405	40	3.3	39	80	4	161	24	27	23	24	2.00
213442293--213442401	38	2.8	37	84	10	130	22	29	24	23	1.99
213442277--213442441	40	4.2	40	77	6	158	23	26	23	26	2.00
213444374--213444557	40	4.6	40	79	5	203	23	26	22	26	2.00
213449491--213449711	40	5.6	41	80	9	246	25	23	26	23	2.00
213453148--213453254	39	2.7	38	81	13	119	23	26	28	21	1.99
213453105--213453286	40	4.6	39	74	8	129	26	23	26	22	2.00
213461203--213461386	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
213461243--213461431	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
213466054--213466145	41	2.2	41	84	0	121	23	19	20	35	1.95
213469949--213470132	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
213469989--213470177	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213478067--213478250	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
213478107--213478295	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
213482156--213482319	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
213482156--213482353	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
213489169--213489352	71	2.6	68	91	5	257	19	29	17	33	1.95
213489192--213489355	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
213489192--213489389	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
213495012--213495365	38	9.3	38	89	1	519	21	22	26	29	1.99
213495358--213495439	43	1.9	43	87	0	119	13	24	32	29	1.93
213497997--213498060	31	2.1	31	90	0	101	21	21	15	40	1.91
213498252--213498346	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
213498252--213498345	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
213498397--213498456	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
213498499--213498545	24	1.9	25	86	4	69	25	14	23	36	1.93
213506038--213506101	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
213506293--213506387	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
213506293--213506386	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
213506438--213506497	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
213506438--213506492	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
213506540--213506587	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
213510602--213510719	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
213510570--213510733	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213518167--213518284	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
213518135--213518298	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
213522771--213522816	24	1.9	24	90	0	74	43	21	13	21	1.86
213526617--213526824	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
213526617--213526823	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
213534498--213534705	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
213534498--213534704	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
213539217--213539437	40	5.6	40	83	2	259	24	26	23	25	2.00
213547266--213547486	40	5.6	40	83	2	259	24	26	23	25	2.00
213550721--213550888	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770