genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  283  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86048606--86049094	27	18.2	27	81	5	206	34	22	8	33	1.85
86048821--86049065	54	4.6	54	84	5	246	40	22	8	28	1.84
86048821--86049094	134	2.0	135	78	8	292	39	22	9	28	1.85
86048834--86049121	80	3.6	79	79	6	260	39	22	10	27	1.86
86048864--86049328	27	17.3	27	79	6	256	36	20	15	26	1.93
86049084--86049327	54	4.5	54	85	0	317	33	19	22	25	1.97
86049084--86049327	81	3.0	81	88	1	337	33	19	22	25	1.97
86049527--86049595	25	2.8	25	81	0	84	26	26	21	26	2.00
86049527--86049608	25	3.3	24	77	5	74	30	23	20	25	1.99
86051968--86052204	27	8.8	27	86	0	312	29	21	8	40	1.84
86051968--86052196	81	2.8	81	89	0	350	28	21	9	40	1.84
86051923--86052384	27	17.1	27	80	2	158	34	21	9	35	1.85
86052080--86052323	81	3.0	80	80	2	213	35	21	8	34	1.84
86052198--86052375	81	2.2	80	86	6	234	41	20	9	29	1.84
86052225--86052375	27	5.6	27	87	1	187	41	21	9	27	1.83
86052393--86052635	27	9.0	27	89	0	324	35	19	20	24	1.95
86052838--86052907	25	2.8	25	95	0	122	27	24	22	25	2.00
86052837--86052920	25	3.4	24	88	4	107	29	21	22	26	1.99
86053848--86053885	14	2.9	13	88	11	60	60	10	13	15	1.59
86066161--86066343	40	4.7	40	82	8	216	26	27	21	23	1.99
86066170--86066343	79	2.2	80	82	8	212	26	27	22	23	1.99
86069981--86070109	46	2.8	46	96	0	231	29	28	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86069986--86070128	46	3.1	45	88	4	146	28	28	21	20	1.98
86072025--86072113	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
86072025--86072104	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
86072036--86072113	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
86074825--86074953	46	2.8	46	96	0	231	29	28	21	20	1.98
86074830--86074972	46	3.1	45	88	4	146	28	28	21	20	1.98
86083666--86083768	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
86086212--86086329	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
86086180--86086343	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
86093788--86093905	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
86093756--86093919	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
86097564--86098230	223	3.0	223	96	0	1228	25	10	29	34	1.89
86100498--86100664	40	4.2	40	76	10	155	26	23	26	23	2.00
86103902--86104027	28	4.6	27	77	7	112	27	15	27	29	1.96
86111381--86111449	28	2.5	27	79	9	68	31	18	24	24	1.98
86114422--86114578	43	3.7	43	78	9	151	33	26	17	22	1.96
86122418--86122593	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
86122414--86122585	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
86126222--86126298	26	3.0	26	84	0	109	37	25	20	15	1.92
86130196--86130310	37	3.1	37	94	2	205	19	35	21	23	1.96
86130406--86130626	49	4.5	49	96	0	388	29	33	10	27	1.90
86133977--86134125	68	2.1	68	77	12	151	21	28	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86142071--86142236	40	4.2	41	80	6	164	24	25	22	26	2.00
86143062--86143107	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
86148843--86149223	95	4.0	95	83	3	489	27	18	29	24	1.98
86148843--86149223	190	2.0	191	87	2	552	27	18	29	24	1.98
86148834--86149220	50	8.1	49	74	13	322	27	18	29	24	1.98
86158529--86158629	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
86160645--86160818	45	3.8	45	76	7	186	25	19	29	25	1.98
86160645--86160843	45	4.2	49	74	9	180	26	19	30	23	1.98
86160641--86160843	95	2.1	95	91	0	334	26	19	30	23	1.98
86165791--86165998	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
86165791--86165996	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
86173835--86174042	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
86173835--86174040	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
86177053--86177221	43	4.0	42	77	6	162	27	14	24	33	1.94
86179530--86179751	40	5.6	40	90	1	340	22	23	26	27	1.99
86186056--86186258	53	3.8	53	75	5	158	36	19	23	21	1.95
86192971--86193009	16	2.4	16	95	0	69	46	20	23	10	1.81
86193224--86193343	29	4.2	29	83	7	129	24	9	33	33	1.87
86193464--86193664	99	2.0	99	99	0	393	21	18	26	32	1.97
86195146--86195353	40	5.2	40	81	4	204	25	26	22	25	2.00
86195146--86195351	80	2.6	81	82	3	229	25	26	22	25	2.00
86202826--86202926	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86213304--86213511	40	5.2	40	83	0	209	26	22	25	25	2.00
86218362--86218489	37	3.4	37	95	1	229	25	32	17	23	1.97
86218529--86218677	48	3.1	48	96	1	273	32	28	6	32	1.81
86218660--86218705	13	3.4	13	82	11	65	41	26	0	32	1.56
86218648--86218705	28	2.1	28	100	0	116	43	25	0	31	1.55
86218648--86218698	15	3.5	15	84	10	79	45	25	0	29	1.54
86218600--86218753	76	2.0	76	97	0	290	35	27	4	32	1.77
86218747--86219033	49	5.9	49	93	1	479	29	26	9	34	1.88
86218747--86219035	96	3.0	96	92	2	479	29	26	9	34	1.88
86222511--86222696	40	4.7	40	85	5	200	25	20	26	26	1.99
86231456--86231542	43	2.0	43	97	0	165	43	17	10	28	1.81
86239020--86239098	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
86253519--86253543	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
86261694--86261841	63	2.3	63	80	12	165	23	27	16	31	1.96
86283860--86284004	37	3.9	37	91	0	218	26	31	17	24	1.97
86284151--86284731	48	12.1	48	95	0	946	30	28	7	33	1.85
86288358--86288912	40	13.9	40	91	0	734	27	28	20	23	1.99
86290143--86290287	37	3.9	37	91	0	227	26	31	17	24	1.97
86290434--86290726	48	6.1	48	97	0	541	31	26	6	35	1.81
86301180--86301370	39	4.9	39	94	0	319	24	23	31	21	1.98
86305460--86305614	43	3.6	43	98	0	292	30	32	26	10	1.90
86305612--86305714	38	2.7	38	84	0	134	30	25	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86309225--86309408	67	2.8	64	78	7	201	29	16	29	23	1.97
86316211--86316235	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
86317672--86317774	42	2.5	41	82	4	118	28	17	27	27	1.98
86317672--86317810	42	3.3	42	79	8	115	30	17	24	27	1.98
86318400--86318447	24	2.1	22	81	14	53	18	0	33	47	1.49
86318892--86319017	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
86324493--86324700	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
86324593--86324700	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
86337578--86337747	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
86354157--86354221	27	2.4	27	82	2	78	40	21	21	16	1.92
86354358--86354558	27	7.4	27	85	3	242	23	22	20	32	1.98
86356113--86356192	29	2.8	28	86	3	106	28	30	15	26	1.96
86356259--86356292	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
86362483--86362609	43	3.0	42	82	6	175	31	16	25	26	1.96
86363724--86363755	16	2.0	16	93	0	55	50	3	6	40	1.43
86377586--86377712	43	3.0	42	82	6	166	33	16	22	27	1.96
86391009--86391062	18	3.3	18	65	24	55	22	33	29	14	1.94
86391009--86391074	31	2.1	31	94	0	114	24	36	24	15	1.93
86400144--86400284	40	3.5	40	92	1	221	24	29	22	24	1.99
86404206--86404331	48	2.6	48	89	0	189	36	7	25	30	1.84
86404217--86404360	48	3.0	47	83	6	173	34	8	26	30	1.86
86406666--86406715	22	2.3	22	86	6	66	38	30	12	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86414853--86414901	23	2.2	22	79	17	57	46	24	0	28	1.53
86416128--86416211	26	3.2	26	82	0	96	28	26	23	21	1.99
86424114--86424280	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
86424114--86424280	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
86425106--86425151	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
86428587--86428694	31	3.5	31	90	0	171	12	28	37	21	1.90
86429008--86429039	12	2.7	12	95	0	55	3	34	31	31	1.73
86429625--86429689	31	2.1	31	97	0	121	41	9	15	33	1.79
86429994--86430121	48	2.7	48	78	4	134	32	27	15	25	1.96
86436947--86436972	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770