genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  205  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61309983--61310206	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
61309983--61310206	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
61318176--61318399	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
61318176--61318399	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
61319338--61319420	40	2.0	41	95	4	150	40	24	7	27	1.81
61323129--61323277	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
61323170--61323277	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
61331164--61331312	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
61331205--61331312	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
61337752--61337900	40	3.7	40	96	0	280	24	26	22	26	2.00
61342610--61342739	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
61350685--61350784	39	2.6	40	84	10	120	26	27	30	17	1.97
61363704--61363857	41	3.8	40	84	6	197	23	23	29	24	1.99
61363704--61363857	80	1.9	80	84	7	206	23	23	29	24	1.99
61364178--61364210	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
61365598--61365763	24	7.0	24	84	4	212	27	21	21	29	1.98
61365597--61365763	47	3.5	48	86	4	205	27	21	20	29	1.98
61365598--61365763	71	2.3	71	89	3	244	27	21	21	29	1.98
61365813--61365879	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
61365813--61365868	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
61365916--61365963	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61367099--61367159	27	2.3	27	81	10	65	27	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61367114--61367178	27	2.4	27	84	0	85	21	24	20	33	1.97
61367232--61367506	27	10.1	27	79	4	131	34	10	19	36	1.85
61367322--61367461	54	2.6	54	85	4	192	30	9	22	37	1.85
61367185--61367446	81	3.2	79	70	11	197	30	11	19	38	1.88
61367322--61367526	54	3.8	54	81	2	151	35	9	20	34	1.85
61367439--61367561	27	4.6	27	89	0	165	40	7	21	30	1.81
61367575--61367637	27	2.3	27	88	0	90	31	11	17	39	1.85
61369060--61369101	22	1.9	23	85	9	61	57	19	7	16	1.62
61381718--61381786	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
61388042--61388079	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
61389607--61389661	27	2.1	26	96	3	101	47	23	10	18	1.80
61391042--61391212	41	4.2	41	75	10	170	22	21	28	26	1.99
61399516--61399663	41	3.6	41	80	7	176	22	22	28	26	1.99
61399517--61399684	81	2.1	80	81	8	189	23	22	29	25	1.99
61403075--61403179	55	1.9	55	80	3	122	30	27	26	15	1.96
61404895--61404997	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
61410641--61410766	46	2.7	46	95	0	216	29	27	22	20	1.98
61410643--61410785	46	3.1	45	85	6	137	28	28	21	20	1.98
61418148--61418318	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
61418143--61418315	46	3.7	46	80	13	210	28	28	21	20	1.98
61421480--61421576	41	2.4	41	94	0	167	21	23	28	25	1.99
61428314--61428480	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61435520--61435686	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	26	2.00
61436909--61436978	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
61436909--61436990	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
61440519--61440664	27	5.4	27	88	0	184	35	18	19	26	1.95
61442982--61443172	39	4.9	39	94	0	337	29	19	26	24	1.99
61444570--61444633	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
61447097--61447147	25	2.0	25	100	0	102	50	0	3	45	1.20
61450230--61450275	19	2.5	19	89	3	67	6	23	6	63	1.43
61454668--61454721	20	2.8	19	78	13	56	1	25	3	68	1.16
61458272--61458340	28	2.5	28	92	2	113	43	24	10	21	1.83
61459640--61459691	26	2.0	26	92	3	88	34	21	17	26	1.95
61464751--61465089	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
61465058--61465301	40	6.1	40	86	1	283	25	20	26	27	1.99
61469628--61469701	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
61477079--61477114	2	18.0	2	88	0	54	50	2	2	44	1.31
61477754--61477827	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
61484025--61484248	79	2.8	80	84	6	278	23	23	27	25	2.00
61484025--61484271	40	6.2	39	84	6	243	23	23	27	25	2.00
61484065--61484271	79	2.6	78	82	6	247	23	23	27	25	2.00
61485894--61486048	76	2.0	76	96	0	283	40	12	10	36	1.78
61488028--61488094	20	3.3	20	89	0	107	35	11	19	32	1.88
61488149--61488239	25	3.7	25	94	2	150	25	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61488143--61488245	25	4.2	24	91	3	145	31	18	21	29	1.97
61495938--61496025	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
61509922--61509988	20	3.3	20	87	0	98	32	13	22	31	1.92
61510037--61510133	25	4.0	24	86	9	135	28	20	22	27	1.99
61510037--61510133	48	2.0	49	86	9	137	28	20	22	27	1.99
61519170--61519270	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
61519170--61519347	40	4.5	40	82	3	180	28	22	25	23	1.99
61527157--61527327	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
61533483--61533510	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
61539659--61539807	43	3.5	43	73	10	162	28	18	28	24	1.98
61542809--61542847	18	2.2	18	95	0	69	30	15	43	10	1.80
61545653--61545806	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
61545653--61545806	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
61545653--61545756	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
61553507--61553660	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
61553507--61553660	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
61553507--61553610	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
61554294--61554323	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
61556093--61556151	30	2.0	30	89	0	91	32	18	8	40	1.81
61563302--61563422	43	2.9	42	79	11	147	27	23	15	33	1.95
61567367--61567589	49	4.5	50	77	6	213	26	17	26	29	1.97
61567367--61567602	99	2.4	98	78	4	251	27	17	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61567359--61567648	148	2.0	147	83	5	370	27	17	26	28	1.97
61570833--61570877	20	2.2	20	92	0	72	20	22	22	35	1.96
61571302--61571372	24	3.0	24	97	0	133	32	0	38	29	1.58
61572738--61572848	27	4.1	27	87	1	143	16	23	21	38	1.92
61572738--61572848	54	2.1	53	87	1	159	16	23	21	38	1.92
61578565--61578634	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61579132--61579161	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
61582141--61582211	24	3.0	24	93	0	115	33	1	36	28	1.66
61583594--61583703	54	2.1	53	84	1	139	17	24	20	37	1.94
61583594--61583703	27	4.1	26	83	5	112	17	24	20	37	1.94
61585841--61586043	50	4.1	49	83	2	262	25	18	26	29	1.98
61586126--61586224	49	2.0	49	96	0	180	46	5	19	29	1.71
61590435--61590598	42	3.9	42	79	4	168	27	24	15	32	1.96
61591435--61591463	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
61593408--61593438	16	1.9	16	93	0	53	22	0	12	64	1.27
61593861--61593895	8	4.4	8	96	0	61	37	42	0	20	1.52
61593855--61593895	16	2.5	16	88	4	64	41	36	0	21	1.54
61599367--61599423	29	2.0	28	89	3	87	28	14	29	28	1.95
61599367--61599435	28	2.4	29	87	2	95	26	13	31	28	1.93
61604199--61604368	43	4.0	42	74	11	141	32	25	14	27	1.94
61606759--61607327	48	11.9	48	95	0	1003	35	6	27	30	1.81
61607468--61607607	37	3.8	37	94	0	235	25	20	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61608614--61608654	16	2.6	16	96	0	73	43	14	0	41	1.45
61609433--61609461	14	2.0	15	93	6	51	48	13	0	37	1.43
61617769--61617842	37	2.0	37	100	0	148	40	8	8	43	1.64
61625094--61625223	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
61626905--61627038	38	3.5	38	84	4	162	23	20	25	30	1.99
61627036--61627117	43	1.9	43	87	0	119	12	23	34	30	1.91
61627425--61627541	45	2.6	46	81	9	127	23	23	24	28	2.00
61637075--61637233	45	3.5	44	74	16	146	30	26	18	24	1.98
61651332--61651503	93	1.8	93	89	0	272	28	29	19	22	1.98
61651324--61651499	46	3.8	46	75	10	169	29	28	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770