genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.495.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  495  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153142425--153142464	5	8.4	5	79	20	50	2	17	0	80	0.83
153142423--153142464	14	3.0	14	86	13	68	2	19	0	78	0.86
153142425--153142475	23	2.2	22	89	6	75	1	17	1	78	0.94
153142423--153142467	9	4.9	9	82	15	56	2	20	0	77	0.87
153145842--153145886	22	2.0	23	82	4	56	44	13	0	42	1.43
153148692--153148768	37	2.1	37	100	0	154	36	12	14	36	1.84
153161418--153161547	40	3.3	39	78	8	154	23	23	28	25	1.99
153166262--153166379	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
153166230--153166393	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
153168916--153168952	18	2.1	18	100	0	74	27	8	16	48	1.74
153172759--153172876	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
153172727--153172890	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
153174290--153174529	24	10.1	24	95	2	405	36	25	17	20	1.95
153174290--153174529	95	2.5	96	93	2	414	36	25	17	20	1.95
153182365--153182531	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
153190361--153190527	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
153199940--153200004	28	2.4	28	86	2	87	35	23	21	20	1.96
153200111--153200168	26	2.2	26	87	6	82	29	6	24	39	1.81
153201987--153202011	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
153203381--153203431	25	2.0	26	81	11	61	43	11	7	37	1.71
153203528--153203652	64	2.0	63	85	4	171	50	6	3	40	1.44
153204074--153204113	19	2.1	19	90	9	64	32	5	7	55	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153208483--153208704	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.91
153208663--153208813	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
153208700--153208829	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
153208662--153208829	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
153212896--153212948	23	2.3	23	86	0	79	33	13	26	26	1.93
153215159--153215254	29	3.4	29	77	9	92	26	12	18	42	1.86
153215204--153215303	29	3.5	29	81	1	121	23	15	18	44	1.86
153215239--153215316	29	2.7	29	80	4	77	28	14	16	41	1.87
153217720--153217824	42	2.5	42	80	1	120	24	18	23	33	1.97
153220341--153220374	16	2.1	16	88	0	50	38	17	32	11	1.86
153221875--153222055	39	4.6	39	89	1	238	21	31	23	23	1.98
153221905--153222055	39	3.9	39	92	1	241	21	31	22	23	1.98
153221905--153222055	77	1.9	79	90	2	243	21	31	22	23	1.98
153229479--153245526	7	2295.1	7	99	0	31724	42	42	0	14	1.45
153245523--153245726	20	9.9	20	71	15	121	43	26	20	9	1.83
153245534--153245737	21	9.8	21	72	14	156	43	25	21	9	1.82
153245515--153245736	41	5.3	42	73	11	129	43	27	20	9	1.82
153245555--153245737	63	2.9	62	82	7	219	43	25	21	9	1.82
153246617--153246656	19	2.1	19	85	0	53	65	2	12	20	1.38
153257001--153257066	31	2.1	31	100	0	132	25	21	19	33	1.97
153270544--153270695	78	1.9	78	89	0	232	26	23	23	26	2.00
153271630--153271986	178	2.0	178	99	0	705	49	17	15	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153280544--153280568	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
153282567--153282627	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
153284989--153285013	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
153287036--153287096	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
153290412--153290455	20	2.2	20	100	0	88	38	27	4	29	1.76
153291504--153291564	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
153295532--153295699	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
153295548--153295697	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
153315405--153315459	28	1.9	29	85	3	76	12	18	47	21	1.82
153329475--153329658	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
153329515--153329703	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
153337594--153337777	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
153337634--153337822	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
153343464--153343553	29	3.1	29	86	0	117	34	15	26	23	1.95
153343464--153343566	29	3.6	29	81	5	109	31	15	30	23	1.95
153349585--153349648	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
153349841--153350005	23	7.0	24	87	6	230	28	21	21	27	1.99
153349841--153350005	71	2.3	70	89	4	242	28	21	21	27	1.99
153350054--153350120	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
153350054--153350109	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
153350156--153350203	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
153351360--153351437	27	2.9	27	82	3	95	21	17	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153351483--153351707	27	8.3	27	76	8	134	32	9	20	37	1.85
153351455--153351680	54	4.1	54	77	4	220	31	9	20	38	1.85
153351537--153351691	81	1.9	81	80	7	181	31	9	21	37	1.86
153351659--153351869	27	7.8	27	84	2	244	39	8	23	27	1.84
153351632--153351862	81	2.9	81	80	3	198	39	8	21	29	1.83
153351669--153351869	81	2.5	81	85	1	269	40	8	23	26	1.83
153351672--153351891	108	2.0	108	86	1	307	38	9	23	28	1.85
153351669--153351862	54	3.6	54	85	0	271	41	8	22	27	1.83
153351875--153351964	27	3.3	27	84	3	101	33	10	16	40	1.82
153351894--153351973	27	2.9	27	85	5	99	33	10	16	40	1.82
153351875--153351979	27	3.9	27	78	9	90	35	9	16	39	1.81
153365870--153366110	40	6.1	40	85	5	276	27	26	21	24	1.99
153366197--153366385	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
153366079--153366417	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
153373623--153373752	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
153373623--153373786	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
153380802--153380858	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
153380800--153380870	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
153380811--153380865	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
153380914--153381079	23	7.2	23	89	6	239	28	21	21	28	1.98
153380914--153381098	46	4.0	47	89	6	272	28	22	21	28	1.99
153380914--153381077	69	2.4	70	93	3	280	28	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153385852--153385927	22	3.3	22	68	22	66	34	10	28	26	1.90
153385827--153385950	47	2.6	47	87	5	180	33	7	29	29	1.84
153385951--153386126	92	1.9	92	88	0	262	36	9	30	23	1.86
153385944--153386108	46	3.6	46	90	0	258	36	9	30	24	1.86
153389199--153389307	27	4.0	26	81	9	119	19	23	21	35	1.96
153397050--153397149	28	3.6	28	83	6	123	18	25	23	34	1.96
153397050--153397162	27	4.2	26	85	8	136	17	23	22	36	1.95
153397050--153397162	55	2.1	54	86	5	156	17	23	22	36	1.95
153403390--153403935	220	2.5	219	93	2	911	27	22	18	31	1.97
153416646--153416705	31	1.9	31	89	0	93	28	21	15	35	1.93
153416899--153417044	25	6.0	24	90	5	206	28	22	20	28	1.99
153416890--153417042	49	3.1	49	86	8	204	27	22	19	30	1.98
153417093--153417159	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
153424990--153425098	25	4.6	24	86	11	138	29	22	20	28	1.98
153426808--153426872	15	4.4	15	77	9	71	9	13	13	63	1.53
153426806--153426872	30	2.3	29	82	7	82	8	13	16	61	1.56
153428485--153428632	40	3.7	40	94	1	235	27	27	20	24	1.99
153436617--153436769	40	3.8	40	94	0	225	28	27	20	24	1.99
153441051--153441311	46	5.6	46	74	15	225	22	18	28	29	1.98
153441100--153441266	47	3.6	47	79	13	193	25	17	28	28	1.97
153441047--153441311	93	2.8	93	91	2	417	23	18	28	29	1.98
153445350--153445395	22	2.0	22	83	4	56	45	4	4	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153454758--153454782	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
153454784--153454917	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
153454847--153455062	47	4.6	47	95	0	360	26	31	12	30	1.92
153454847--153455088	94	2.5	94	88	2	367	27	30	11	30	1.92
153458532--153458935	40	10.1	40	95	0	700	25	25	22	27	2.00
153461193--153461221	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
153461223--153461399	45	3.9	46	83	9	138	27	30	9	32	1.89
153461286--153461544	47	5.6	47	95	2	445	26	31	11	30	1.92
153464766--153464815	25	2.1	22	88	7	64	32	34	8	26	1.85
153464995--153465496	79	6.3	80	94	1	852	25	25	21	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770