Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  725  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
229356394--229356491
30
3.3
30
72
4
90
27
26
16
29
1.97
229357939--229357978
19
2.1
19
90
0
62
30
35
12
22
1.91
229359188--229359230
13
3.2
13
83
3
50
16
27
6
48
1.71
229362333--229362587
79
3.2
80
89
4
367
23
23
28
25
2.00
229362333--229362587
119
2.2
119
87
5
356
23
23
28
25
2.00
229362333--229362587
40
6.4
40
90
4
358
23
23
28
25
2.00
229367529--229367751
58
3.9
58
77
6
179
29
14
29
27
1.95
229367533--229367663
29
4.5
29
87
1
174
27
16
31
25
1.96
229367651--229367751
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
229375446--229375668
58
3.9
58
77
6
179
29
14
29
27
1.95
229375450--229375580
29
4.5
29
87
1
174
27
16
31
25
1.96
229375568--229375668
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
229385912--229385941
15
2.0
15
93
0
51
0
36
26
36
1.57
229389256--229389289
18
1.9
17
88
5
50
0
52
26
20
1.46
229389832--229389863
16
2.0
16
93
0
55
0
46
21
31
1.52
229390463--229390543
3
29.3
3
74
20
79
0
64
2
33
1.07
229390463--229390540
8
9.9
8
79
18
92
0
64
2
33
1.08
229390463--229390543
11
7.4
11
82
14
105
0
64
2
33
1.07
229390534--229390591
30
2.0
29
83
9
75
0
68
12
18
1.19
229391131--229391164
14
2.3
15
85
10
52
0
67
11
20
1.21
229393348--229393382
13
2.7
13
86
13
54
0
65
5
28
1.15
229395668--229395705
20
1.9
20
94
0
67
0
47
0
52
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
229395667--229395712
20
2.3
19
85
10
65
0
50
0
50
1.00
229397878--229397926
20
2.4
22
76
13
59
0
55
14
30
1.40
229397890--229397927
19
2.0
20
84
5
51
0
55
13
31
1.38
229398615--229398692
27
2.9
27
84
1
113
0
61
10
28
1.28
229398616--229398695
9
9.0
9
79
2
81
0
60
11
28
1.31
229398615--229398707
18
5.4
18
89
6
122
0
61
9
29
1.28
229399856--229399894
18
2.0
20
85
9
55
0
56
12
30
1.37
229401031--229401077
17
2.7
18
83
9
71
0
63
25
10
1.26
229402530--229402589
16
3.7
16
78
14
61
0
60
6
33
1.23
229403568--229403609
20
2.1
20
90
0
66
0
50
7
42
1.30
229407184--229407362
39
4.6
40
86
6
192
29
22
27
20
1.99
229407225--229407369
40
3.8
36
86
7
139
26
22
29
21
1.99
229409511--229409613
51
2.0
51
98
0
197
26
16
27
30
1.97
229415252--229415435
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
229415292--229415480
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
229418080--229418346
40
6.7
40
88
2
360
24
21
28
25
1.99
229418113--229418366
80
3.2
80
93
1
413
24
20
28
27
1.99
229420083--229420244
46
3.5
46
78
14
197
28
30
20
20
1.98
229422626--229422714
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
229422626--229422705
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
229422637--229422714
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
229425658--229425829
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
229425650--229425825
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
229429448--229429522
29
2.6
29
78
4
80
21
36
21
21
1.96
229437296--229437370
29
2.6
29
78
4
80
21
36
21
21
1.96
229442716--229442900
40
4.6
40
78
11
182
24
23
27
24
2.00
229442716--229442900
80
2.3
81
83
6
225
24
23
27
24
2.00
229451428--229451567
38
3.7
38
88
7
196
25
28
24
21
1.99
229458581--229458743
29
5.6
29
88
1
202
28
26
15
29
1.96
229464145--229464180
17
2.1
17
100
0
72
33
22
11
33
1.89
229469052--229469214
29
5.6
29
88
1
202
28
26
15
29
1.96
229474248--229474299
25
2.0
26
85
3
70
25
13
23
38
1.91
229475732--229475859
26
5.2
25
89
9
178
36
25
3
34
1.74
229475796--229475852
20
2.7
20
89
10
78
35
26
1
36
1.67
229481474--229481606
25
5.3
25
94
5
225
38
24
3
33
1.74
229482412--229482478
33
2.0
33
97
0
125
35
23
29
10
1.89
229489958--229489986
14
2.1
14
100
0
58
13
13
6
65
1.45
229489973--229490319
72
4.7
72
87
6
436
30
17
19
33
1.94
229490634--229490732
44
2.2
45
80
3
103
38
17
15
29
1.90
229491463--229491503
12
3.3
12
93
6
73
75
7
2
14
1.12
229491462--229491503
13
3.3
13
86
6
68
76
7
2
14
1.10
229492104--229492146
3
14.3
3
100
0
86
32
0
0
67
0.91
229492247--229492291
3
15.0
3
100
0
90
33
0
0
66
0.92
229492507--229492579
33
2.3
30
82
11
92
36
5
2
54
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
229496776--229497034
39
6.6
39
90
3
342
22
25
28
23
1.99
229496776--229497034
118
2.2
118
87
2
369
22
25
28
23
1.99
229496777--229497069
78
3.7
80
83
5
251
23
25
28
22
1.99
229501690--229501876
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
229501713--229501876
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
229501713--229501910
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
229509255--229509441
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
229509278--229509441
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
229509278--229509475
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
229515293--229515498
40
5.6
39
84
13
244
22
24
28
24
1.99
229515367--229515498
65
2.0
70
85
13
188
22
22
28
26
1.99
229515376--229515512
65
2.1
66
85
10
183
22
21
29
26
1.99
229518929--229519009
42
1.9
42
97
0
153
28
35
23
12
1.91
229519812--229520033
95
2.3
96
80
14
239
25
28
20
25
1.99
229522455--229522664
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
229530590--229530799
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
229533146--229533353
40
5.2
40
84
0
218
25
22
25
25
2.00
229533147--229533353
80
2.6
80
83
4
247
25
22
26
25
2.00
229537752--229538229
47
10.1
47
88
6
678
31
12
30
26
1.93
229537774--229538229
144
3.2
143
86
8
653
31
12
29
26
1.93
229537919--229537994
24
3.2
24
62
23
61
28
13
32
25
1.93
229537752--229538207
191
2.4
193
89
5
680
31
12
29
26
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
229537752--229538229
100
5.0
93
89
6
552
31
12
30
26
1.93
229538204--229538293
46
2.0
45
86
2
126
33
8
31
26
1.87
229538437--229538617
37
4.9
37
93
2
303
23
18
31
26
1.97
229538437--229538616
73
2.5
74
94
2
319
23
18
31
26
1.97
229544134--229544251
46
2.5
47
83
2
148
27
24
13
34
1.93
229547936--229547976
19
2.2
19
86
4
57
39
2
17
41
1.62
229548583--229548657
28
2.7
28
87
0
96
36
12
22
29
1.90
229552159--229552289
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
229552158--229552289
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
229560111--229560240
29
4.5
29
85
6
156
28
26
13
31
1.94
229564667--229564873
40
5.2
40
81
1
184
21
26
24
28
1.99
229564721--229564873
80
1.9
79
85
1
207
22
26
22
28
1.99
229566719--229566880
39
4.2
39
79
7
168
30
27
18
24
1.98
229568872--229569039
40
4.2
40
87
2
223
26
28
21
23
1.99
229573191--229573333
40
3.6
40
84
0
160
23
28
22
25
1.99
229573231--229573372
40
3.6
40
83
4
164
21
26
23
28
1.99
229578281--229578490
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
229585483--229585702
112
2.0
110
79
7
239
24
16
22
36
1.94
229586356--229586386
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
229586472--229586501
14
2.1
15
93
6
53
50
13
0
36
1.42
229589728--229589777
23
2.2
23
100
0
100
34
16
16
34
1.90
229590646--229590755
26
4.2
26
92
0
175
33
5
23
37
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
229592231--229592279
25
2.0
25
84
8
64
38
20
16
24
1.92
229594046--229594088
12
3.6
12
100
0
86
9
25
51
13
1.71
229599018--229599074
25
2.3
25
100
0
114
35
3
22
38
1.72
229600851--229601133
135
2.1
135
95
2
507
24
19
24
31
1.98
229601974--229602009
17
2.1
17
100
0
72
25
22
16
36
1.94
229606367--229606492
43
3.0
43
88
5
168
30
19
22
27
1.98
229606393--229606581
43
4.4
43
75
9
125
25
19
21
32
1.97
229606523--229606634
41
2.7
41
72
13
95
22
21
26
29
1.99
229609228--229609328
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
229617954--229618134
39
4.6
39
90
2
247
22
31
22
23
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770