genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.354.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  354  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108669779--108670101	161	2.0	163	96	2	607	36	5	20	38	1.75
108669940--108674149	535	7.9	541	95	3	7601	33	11	18	36	1.87
108673773--108674553	397	2.0	390	92	6	1321	32	12	17	37	1.88
108674150--108679307	535	9.6	538	95	3	9228	32	11	19	36	1.87
108680839--108680934	28	3.5	28	88	7	144	20	8	25	45	1.79
108681554--108681615	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
108681598--108681720	27	4.6	27	83	3	160	30	7	19	42	1.78
108681704--108681774	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
108681598--108681720	54	2.3	54	91	1	194	30	7	19	42	1.78
108684985--108685081	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
108685702--108685763	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
108685719--108685869	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
108685717--108685869	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
108685746--108685869	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
108685853--108685923	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
108685746--108685869	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
108685743--108685896	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
108686970--108689460	540	4.6	540	93	0	4310	32	11	18	37	1.86
108690175--108690460	137	2.1	136	96	0	527	31	24	19	24	1.98
108692249--108692359	27	4.2	26	90	6	170	36	25	5	32	1.79
108692249--108692359	52	2.1	53	90	5	172	36	25	5	32	1.79
108692704--108704039	538	21.1	541	96	1	21025	33	11	18	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108706629--108706666	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
108712936--108713004	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
108713808--108713832	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
108718867--108718919	20	2.8	20	81	13	67	77	1	15	5	1.04
108720073--108720155	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
108720069--108720204	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
108724548--108724633	35	2.4	34	90	3	118	38	32	8	20	1.82
108726311--108726417	28	3.8	28	93	0	169	34	11	25	28	1.90
108729639--108729745	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
108731966--108731990	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
108737847--108738012	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
108737846--108738012	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
108737847--108738013	71	2.3	71	91	3	264	26	21	23	28	1.99
108738070--108738126	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
108738058--108738128	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
108738063--108738117	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
108738165--108738212	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
108739388--108739473	27	3.2	27	77	0	91	29	6	25	38	1.82
108739452--108739790	27	12.6	27	86	3	432	39	9	22	28	1.85
108742754--108742911	43	3.7	43	75	10	137	32	28	13	24	1.94
108746401--108746565	45	3.7	44	90	2	267	23	22	28	25	1.99
108746390--108746591	89	2.3	89	86	4	275	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108755253--108755338	40	2.2	39	78	2	91	24	15	27	32	1.95
108755349--108755416	28	2.4	28	80	9	68	35	16	23	25	1.95
108757986--108758036	27	1.9	26	84	11	68	21	7	0	70	1.12
108758045--108758097	21	2.5	21	79	11	54	24	3	1	69	1.15
108759495--108759643	43	3.5	43	73	14	128	27	23	18	30	1.98
108773599--108773671	18	4.1	18	89	0	110	41	13	23	21	1.89
108773602--108773671	36	1.9	36	94	0	122	42	12	22	21	1.87
108774021--108774207	27	7.0	27	79	9	170	40	16	14	27	1.88
108773992--108774207	54	4.0	55	77	7	219	40	18	14	26	1.89
108774050--108774206	80	2.0	80	85	2	217	41	16	15	26	1.88
108774198--108774420	27	8.3	26	80	10	209	22	17	19	41	1.90
108774200--108774420	54	4.1	54	82	8	270	22	17	19	41	1.90
108774198--108774420	81	2.8	80	82	5	277	22	17	19	41	1.90
108778831--108778981	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
108778868--108778997	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
108778830--108778997	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
108786828--108786978	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
108786865--108786994	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
108786827--108786994	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
108791436--108791536	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
108791436--108791586	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
108791432--108791603	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108799329--108799508	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
108803584--108803684	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
108803584--108803761	40	4.5	40	82	3	180	28	22	25	23	1.99
108811583--108811753	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
108815638--108815716	37	2.1	37	85	0	104	21	31	25	21	1.98
108815836--108816038	47	4.3	47	93	0	325	28	29	9	33	1.88
108815886--108815964	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
108819153--108819252	28	3.5	28	75	2	92	30	28	20	22	1.98
108819262--108819448	40	4.7	41	88	5	251	28	25	18	27	1.98
108819435--108819473	20	2.0	20	94	0	69	17	25	23	33	1.96
108819355--108819553	100	2.0	100	92	0	335	25	24	20	30	1.99
108819395--108819515	60	2.0	60	95	0	215	25	24	19	30	1.98
108819455--108819643	40	4.7	40	95	0	351	25	24	19	30	1.98
108819315--108819595	140	2.0	140	95	0	499	26	24	19	29	1.98
108819294--108819633	180	1.9	180	93	0	590	27	24	19	28	1.98
108821563--108821639	37	2.1	37	90	0	118	23	33	18	24	1.96
108821757--108822100	47	7.3	47	93	0	553	28	29	9	32	1.88
108821807--108821885	25	3.3	25	71	16	85	31	29	5	34	1.79
108825218--108825317	28	3.5	28	75	2	92	30	28	20	22	1.98
108825327--108825832	40	12.1	40	78	12	482	26	24	19	29	1.98
108825614--108825659	24	1.9	24	95	0	83	23	19	21	34	1.96
108825574--108825698	64	2.0	64	96	0	232	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108825531--108825739	104	2.0	104	95	0	373	26	23	20	30	1.98
108825494--108825779	144	2.0	144	94	0	500	26	23	19	30	1.98
108825454--108825819	184	2.0	184	96	0	669	26	23	19	30	1.98
108827741--108827817	37	2.1	37	87	0	109	24	33	16	24	1.96
108827935--108828472	47	11.4	47	92	2	844	28	28	9	33	1.88
108827985--108828063	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
108833858--108834030	40	4.4	40	86	4	219	24	21	27	26	2.00
108838643--108838769	68	1.9	68	85	6	177	24	28	14	32	1.95
108840768--108841030	129	2.0	129	98	0	508	41	22	5	30	1.77
108841623--108841712	40	2.3	40	80	7	103	31	22	14	32	1.94
108846401--108846489	42	2.1	42	83	4	108	29	13	24	32	1.93
108849015--108849180	46	3.6	47	74	13	164	30	28	18	22	1.97
108853424--108853506	40	2.1	40	90	0	130	31	14	14	39	1.86
108856133--108856186	11	5.4	10	78	12	58	35	9	18	37	1.83
108856233--108856316	25	3.4	25	80	8	73	33	22	19	25	1.97
108856244--108856315	25	2.9	24	82	10	74	30	25	19	25	1.98
108858304--108858334	11	2.8	11	100	0	62	41	9	9	38	1.71
108859089--108859152	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
108859344--108859509	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	29	1.99
108859343--108859509	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
108859344--108859509	71	2.3	71	92	3	271	26	21	22	29	1.99
108859568--108859644	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108859564--108859645	20	4.1	20	96	0	155	32	19	12	35	1.89
108859564--108859635	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
108859666--108859713	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
108860949--108861394	27	16.6	27	86	5	539	40	8	21	28	1.84
108863462--108863492	11	2.8	11	100	0	62	41	9	9	38	1.71
108864246--108864309	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
108864501--108864666	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
108864500--108864666	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
108864501--108864666	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
108864724--108864800	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770