genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.559.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  559  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174101451--174101585	60	2.3	58	82	5	155	27	30	14	27	1.95
174108302--174108487	40	4.7	40	89	5	245	26	26	21	25	1.99
174110679--174110722	23	1.9	23	81	9	54	40	9	9	40	1.68
174118499--174118544	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
174122062--174122246	40	4.7	40	88	6	252	24	21	27	27	1.99
174122062--174122269	80	2.6	79	82	10	228	25	20	26	26	1.99
174127877--174127931	27	2.0	27	100	0	110	41	10	25	21	1.86
174130249--174130434	40	4.7	40	88	5	252	24	20	27	27	1.99
174130302--174130457	80	2.0	79	87	6	226	25	20	26	26	1.99
174135295--174135572	27	10.3	27	84	2	260	38	20	8	32	1.83
174135523--174135840	134	2.4	135	88	1	494	27	23	9	39	1.85
174135523--174135840	27	11.8	27	87	2	433	27	23	9	39	1.85
174137082--174137129	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
174137173--174137231	20	3.0	20	89	0	91	38	11	16	32	1.86
174137283--174137457	24	7.4	24	93	2	275	28	19	22	29	1.98
174137664--174137727	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
174142496--174142667	46	3.7	46	77	13	190	28	29	20	21	1.98
174142503--174142674	93	1.8	93	93	0	299	27	28	22	22	1.99
174148668--174148760	27	3.4	27	85	5	125	18	24	21	35	1.95
174150948--174151089	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
174150986--174151115	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
174158907--174159057	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174167403--174167458	23	2.5	22	78	18	62	21	12	3	62	1.45
174171630--174171679	22	2.3	22	92	0	82	12	44	24	20	1.85
174171637--174171687	22	2.3	22	89	0	75	9	37	29	23	1.87
174172948--174172998	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
174174397--174174434	19	2.0	19	100	0	76	36	15	15	31	1.90
174180571--174180599	12	2.4	12	100	0	58	62	24	6	6	1.45
174182844--174183013	39	4.3	39	83	0	196	21	24	20	33	1.97
174183908--174183965	28	2.1	28	100	0	116	44	10	6	37	1.65
174189815--174189972	40	4.0	40	80	4	160	23	25	24	26	2.00
174189786--174189972	80	2.3	80	79	10	211	23	26	24	25	2.00
174192078--174192260	39	4.7	40	88	0	201	22	31	22	23	1.98
174192108--174192260	39	3.9	39	91	0	243	22	32	21	23	1.98
174200136--174200317	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
174200166--174200318	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
174203044--174203193	40	3.7	40	83	0	174	26	22	27	24	1.99
174211039--174211188	40	3.7	40	82	0	174	26	22	26	24	2.00
174213230--174213350	37	3.3	37	95	2	208	22	33	18	25	1.96
174213452--174213668	47	4.5	47	90	5	319	29	30	9	30	1.88
174213446--174213669	96	2.3	97	87	6	330	29	29	8	31	1.88
174221838--174221946	52	2.1	54	82	6	134	25	17	20	36	1.94
174223407--174223625	40	5.5	40	92	2	354	25	27	23	23	2.00
174228696--174228734	21	1.9	20	89	5	60	38	12	0	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174229161--174229210	24	2.1	24	96	0	91	10	20	12	58	1.62
174238310--174238357	16	3.1	15	82	8	60	37	10	2	50	1.49
174241828--174241940	41	2.8	39	84	9	138	23	24	29	23	1.99
174244659--174244822	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
174244659--174244856	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
174252191--174252352	71	2.3	71	97	2	310	19	28	17	34	1.95
174252191--174252386	71	2.8	70	89	5	249	20	28	17	33	1.96
174253634--174253759	46	2.7	46	83	4	146	26	20	30	22	1.98
174255247--174255393	27	5.4	27	81	3	104	37	19	10	31	1.87
174255415--174255468	27	2.0	27	88	0	81	37	16	20	25	1.93
174256126--174256177	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
174256207--174256236	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
174256253--174256313	27	2.3	26	82	2	68	24	21	19	34	1.96
174257896--174258044	56	2.7	56	90	0	226	32	23	15	28	1.95
174259025--174259287	40	6.6	40	82	12	228	23	23	28	24	2.00
174259065--174259287	79	2.8	79	88	2	313	23	24	27	24	2.00
174259021--174259296	119	2.3	120	83	3	351	23	23	28	24	2.00
174266496--174266539	23	1.9	23	85	0	61	22	25	31	20	1.98
174266517--174266649	40	3.4	39	91	2	203	24	23	27	25	2.00
174266517--174266682	79	2.1	79	83	0	206	24	23	27	24	2.00
174270940--174270965	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
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174274622--174274749	39	3.3	39	86	0	184	21	25	20	32	1.98
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174290037--174290200	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
174291951--174292053	29	3.6	27	84	10	125	28	17	27	27	1.98
174293455--174293484	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
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174307644--174307692	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
174314627--174314848	40	5.6	40	90	1	349	26	27	23	22	2.00
174316765--174316948	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
174316805--174316993	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
174324925--174325048	40	3.1	39	80	4	131	25	23	28	22	1.99
174328957--174329140	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
174328997--174329185	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
174337076--174337259	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
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174346570--174346749	40	4.5	40	79	10	206	24	29	23	22	1.99
174346596--174346749	82	1.9	83	91	1	256	24	30	22	22	1.99
174354456--174354680	40	5.6	40	87	6	312	24	28	23	23	1.99
174354456--174354680	83	2.8	82	88	6	327	24	28	23	23	1.99
174360134--174360164	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
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174361212--174361308	39	2.4	39	81	6	115	14	23	21	40	1.90
174375211--174375910	42	16.5	42	86	5	833	18	34	32	14	1.91
174375211--174375910	85	8.2	84	87	4	856	18	34	32	14	1.91
174376097--174376174	24	3.2	24	96	0	138	15	35	41	7	1.76
174376571--174376691	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
174376725--174376778	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
174384622--174385320	42	16.5	42	86	5	833	18	34	32	14	1.91
174384622--174385320	85	8.2	84	87	4	856	18	34	32	14	1.91
174385507--174385584	24	3.2	24	96	0	138	15	35	41	7	1.76
174385981--174386101	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
174386135--174386188	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
174389804--174389939	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
174392628--174392763	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
174397562--174398289	41	17.5	43	85	6	866	17	34	32	15	1.91
174397778--174397843	23	3.0	23	63	14	59	18	30	30	21	1.97
174397562--174398283	125	5.8	125	86	6	884	17	34	32	15	1.91
174398474--174398527	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
174398923--174399043	58	2.1	59	88	1	181	22	21	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174399077--174399130	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
174406951--174407671	42	17.5	43	85	7	837	17	34	33	14	1.91
174406980--174407672	41	16.9	40	82	10	622	17	34	33	15	1.90
174406951--174407665	82	8.7	81	85	8	782	17	34	33	14	1.90
174407857--174407910	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
174408307--174408427	58	2.1	59	88	1	181	22	21	25	30	1.99
174408461--174408514	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
174410413--174410441	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
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174417041--174417134	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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