Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  328  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100434741--100434765
11
2.3
11
100
0
50
64
8
0
28
1.22
100435429--100435468
14
2.7
15
88
7
55
17
5
0
77
0.94
100440123--100440168
23
2.0
23
100
0
92
34
13
13
39
1.83
100440709--100440736
14
2.0
14
100
0
56
35
7
21
35
1.81
100441895--100441952
29
2.0
29
100
0
116
37
17
13
31
1.89
100458001--100458043
15
3.2
15
69
30
51
65
0
6
27
1.18
100457994--100458043
25
2.0
25
100
0
100
64
0
8
28
1.22
100467616--100467670
28
2.0
28
92
0
92
25
30
14
29
1.95
100468995--100469025
15
2.1
15
93
0
53
0
16
0
83
0.64
100474319--100474472
40
3.8
40
80
1
148
25
26
20
26
1.99
100475368--100475392
13
1.9
13
100
0
50
36
16
16
32
1.90
100480979--100481038
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
100487210--100487347
43
3.2
43
76
11
124
28
18
23
28
1.98
100489979--100490067
24
3.7
24
74
3
79
29
25
16
28
1.97
100497437--100497614
47
3.8
45
75
12
146
21
30
20
27
1.98
100497433--100497614
94
1.9
94
86
4
260
20
30
20
27
1.98
100504074--100504174
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
100504103--100504178
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
100509111--100509176
33
2.0
33
87
0
96
45
28
10
15
1.79
100514452--100514568
43
2.7
43
88
2
128
35
24
16
23
1.95
100516930--100516989
24
2.5
24
100
0
120
20
16
26
36
1.93
100526390--100526456
31
2.2
31
100
0
134
56
8
2
31
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100527097--100527144
20
2.5
19
80
12
55
27
6
0
66
1.15
100529057--100529128
36
2.0
36
100
0
144
41
8
13
36
1.75
100529637--100529694
5
10.8
5
80
12
62
43
0
1
55
1.10
100529638--100529695
8
6.7
9
74
21
61
43
0
1
55
1.10
100529640--100529695
12
4.5
12
81
16
69
42
0
1
55
1.10
100531018--100531056
18
2.1
19
90
4
62
41
0
10
48
1.37
100530995--100531025
2
15.5
2
93
0
53
48
0
3
48
1.17
100531296--100531430
39
3.4
39
74
6
112
23
20
28
28
1.99
100531553--100531593
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
100532712--100532951
132
1.8
132
85
0
336
36
21
18
23
1.95
100533262--100533325
3
21.3
3
96
0
119
67
1
0
31
1.00
100533642--100533721
3
26.3
3
72
20
53
65
1
3
30
1.18
100533640--100533722
12
6.6
12
76
16
71
65
1
3
30
1.17
100533642--100533703
18
3.3
18
81
14
72
62
1
3
32
1.20
100533640--100533729
27
3.4
27
72
15
73
66
1
3
28
1.14
100534075--100534121
18
2.6
18
93
0
76
55
34
0
10
1.35
100534266--100534304
4
9.8
4
100
0
78
23
0
0
76
0.78
100537251--100537308
24
2.4
25
80
8
75
46
3
3
46
1.36
100538979--100539133
44
3.6
42
78
11
163
23
17
27
31
1.97
100538980--100539128
43
3.5
43
80
13
173
24
18
25
31
1.97
100541291--100541513
79
2.8
80
85
8
294
26
21
26
25
2.00
100541291--100541515
119
1.9
120
81
9
282
26
21
26
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100541291--100541515
40
5.7
40
88
5
273
26
21
26
25
2.00
100541298--100541538
79
3.0
79
82
11
278
27
20
25
25
1.99
100547043--100547122
29
2.7
29
86
5
108
27
32
15
25
1.95
100547669--100547700
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
100554312--100554386
29
2.7
29
83
8
102
25
18
33
22
1.97
100566792--100566844
24
2.2
25
86
10
74
41
0
0
58
0.98
100566791--100566860
24
3.0
23
73
20
65
41
0
0
58
0.98
100566825--100566860
15
2.5
14
86
8
54
41
0
0
58
0.98
100567032--100567070
21
1.9
21
94
5
71
30
25
10
33
1.89
100569597--100569621
12
2.1
12
100
0
50
44
0
8
48
1.32
100581354--100581393
13
2.8
15
85
14
66
35
0
0
65
0.93
100584161--100584189
14
2.1
14
100
0
58
27
13
6
51
1.66
100588356--100588424
21
3.3
21
87
2
95
11
24
8
55
1.64
100590790--100590883
18
5.4
18
92
3
131
28
9
25
36
1.87
100599131--100599158
14
2.0
14
100
0
56
14
14
0
71
1.15
100599155--100599233
5
14.2
6
80
17
66
32
2
16
48
1.60
100599156--100599237
11
7.5
11
69
23
50
32
2
17
47
1.60
100599192--100599237
20
2.2
21
92
7
85
32
0
19
47
1.50
100607409--100607470
32
1.9
32
96
0
115
38
22
9
29
1.86
100611589--100611632
22
2.0
22
100
0
88
54
4
22
18
1.61
100613864--100613907
21
2.1
21
83
8
54
63
2
9
25
1.35
100623812--100623839
13
2.2
13
100
0
56
50
14
7
28
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100631132--100631193
32
1.9
32
96
0
115
29
9
22
38
1.86
100639369--100639447
5
14.2
6
77
19
66
48
16
2
32
1.60
100639365--100639410
20
2.2
21
92
7
85
47
19
0
32
1.50
100639365--100639411
11
4.5
11
87
12
73
46
19
0
34
1.50
100639444--100639471
14
2.0
14
100
0
56
71
0
14
14
1.15
100647719--100647812
18
5.4
18
92
3
131
36
25
9
28
1.87
100647719--100647799
9
9.0
9
70
0
54
34
27
9
28
1.89
100650178--100650266
21
4.1
21
84
5
90
53
10
23
12
1.68
100650178--100650246
21
3.3
21
87
2
95
55
8
24
11
1.64
100654412--100654440
14
2.1
14
100
0
58
51
6
13
27
1.66
100658203--100658329
40
3.2
41
82
9
156
22
29
25
22
1.99
100660974--100661049
34
2.2
34
90
0
125
25
21
23
30
1.99
100664560--100664872
39
8.1
39
92
1
513
23
28
25
22
1.99
100664552--100664872
155
2.1
155
93
1
545
23
28
25
23
2.00
100669483--100669540
30
2.0
30
93
3
100
25
17
24
32
1.96
100675419--100675451
13
2.5
13
100
0
66
30
21
6
42
1.77
100676690--100676935
49
4.9
50
81
2
280
25
18
27
28
1.98
100682230--100682281
20
2.6
20
84
0
77
11
28
32
26
1.91
100686248--100686338
40
2.3
40
84
3
112
29
14
27
28
1.95
100694475--100694499
13
1.9
13
100
0
50
32
4
24
40
1.73
100695136--100695306
43
4.0
43
74
10
136
22
17
28
30
1.97
100699115--100699239
43
2.9
43
81
1
135
20
18
30
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100705275--100705324
26
1.9
26
100
0
100
16
20
26
38
1.92
100711469--100711686
40
5.5
40
90
2
325
24
26
23
24
2.00
100714469--100714516
24
2.0
25
83
4
62
25
6
35
33
1.81
100715761--100715830
27
2.6
27
79
2
79
41
17
17
24
1.89
100718883--100718997
43
2.7
43
83
4
133
20
20
28
30
1.98
100718922--100719005
43
1.9
44
92
2
143
22
21
29
26
1.99
100725387--100725650
48
5.7
48
81
11
327
28
30
16
24
1.97
100725453--100725530
37
2.1
37
95
0
138
28
30
17
23
1.97
100725405--100725650
85
2.8
85
85
8
296
28
30
16
24
1.96
100733040--100733309
47
5.8
48
79
13
187
24
29
18
27
1.98
100733135--100733314
94
1.9
93
83
9
233
24
27
19
28
1.99
100740472--100740541
28
2.5
28
90
2
106
30
30
14
25
1.95
100744721--100744884
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
100744721--100744918
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
100752292--100752455
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
100752292--100752489
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
100761670--100761811
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
100761709--100761837
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
100772592--100773053
123
3.8
123
97
0
843
29
10
25
34
1.89
100772743--100772935
64
3.1
64
61
15
159
28
10
26
34
1.89
100773022--100773225
40
5.1
40
85
0
228
25
21
26
26
1.99
100778901--100778956
6
9.0
6
77
14
60
16
1
0
82
0.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100778917--100778956
5
7.8
5
89
10
55
17
0
0
82
0.67
100778901--100778981
37
2.2
38
84
6
103
19
3
0
76
0.93
100780000--100780231
115
2.0
115
100
0
464
33
14
14
37
1.86
100786347--100786564
64
3.4
62
74
13
183
23
29
16
30
1.96
100791561--100791630
27
2.5
28
90
2
115
28
14
25
31
1.95
100791561--100791642
27
3.0
27
82
8
69
29
15
23
31
1.95
100801485--100801551
6
11.0
6
78
15
75
17
1
0
80
0.79
100801491--100801571
31
2.6
32
86
11
114
19
2
0
77
0.88
100801485--100801571
37
2.4
37
85
9
117
19
2
0
78
0.86
100801490--100801570
10
7.9
10
78
16
69
19
2
0
77
0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770