genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  74  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21710128--21710226	27	3.7	27	87	0	144	38	20	21	20	1.94
21712304--21712384	38	2.2	38	82	6	94	40	4	30	23	1.76
21712304--21712385	18	4.4	18	73	13	76	41	4	30	23	1.75
21713683--21713724	20	2.1	20	86	8	59	54	0	4	40	1.21
21715578--21715610	15	2.2	15	94	0	57	33	15	6	45	1.70
21721786--21721924	42	3.3	42	78	0	161	26	24	17	31	1.97
21728244--21728427	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
21728288--21728436	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
21728284--21728455	80	2.1	81	77	5	179	23	24	29	22	1.99
21730060--21730233	48	3.6	48	80	3	163	23	27	19	29	1.98
21730577--21730656	40	2.0	40	97	0	151	21	8	12	57	1.62
21734830--21734856	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21740003--21740178	46	3.8	46	76	12	198	22	21	27	28	1.99
21740000--21740170	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
21741420--21741516	28	3.5	28	90	4	144	20	7	26	45	1.77
21742137--21742198	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
21742154--21742304	54	2.8	54	86	2	160	29	8	19	41	1.81
21742152--21742304	81	1.9	81	85	5	211	30	8	19	41	1.81
21742181--21742304	27	4.6	27	84	2	160	30	6	20	42	1.77
21742181--21742320	27	5.2	27	82	1	120	30	6	21	41	1.78
21742181--21742304	54	2.3	54	92	0	203	30	6	20	42	1.77
21742300--21742393	27	3.5	27	86	2	127	42	6	20	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742289--21742412	54	2.3	54	80	2	151	35	6	25	33	1.81
21742398--21742464	27	2.5	27	85	4	82	31	10	22	35	1.88
21753431--21753592	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
21753439--21753594	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
21756526--21756748	78	2.8	79	82	8	265	24	20	28	26	1.99
21756526--21756748	40	5.7	40	83	6	269	24	20	28	26	1.99
21756526--21756781	118	2.2	118	81	5	286	25	20	27	26	1.99
21756581--21756781	40	5.1	40	83	6	216	25	19	28	25	1.99
21765386--21765440	27	2.0	27	100	0	110	14	29	29	27	1.95
21766434--21766459	11	2.4	11	100	0	52	42	0	26	30	1.56
21767761--21767884	46	2.7	46	94	1	214	20	22	28	28	1.99
21772986--21773130	37	3.9	37	94	0	245	26	31	19	22	1.97
21773293--21773500	47	4.4	47	90	0	308	25	29	12	32	1.92
21773400--21773479	25	3.3	25	67	22	71	31	27	8	32	1.87
21774897--21775083	40	4.7	39	76	7	146	22	26	23	26	2.00
21776675--21777269	47	12.7	47	89	0	911	27	29	11	31	1.91
21776885--21776963	22	3.5	22	66	16	61	26	30	12	30	1.93
21777122--21777196	22	3.3	22	67	17	62	28	29	10	32	1.90
21777167--21777241	23	3.1	25	64	24	70	25	32	13	29	1.93
21783071--21783259	46	4.1	46	78	18	198	21	20	29	28	1.98
21790944--21790999	22	2.6	21	74	5	58	25	3	5	66	1.29
21792112--21792379	46	6.0	46	91	5	424	24	32	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21792129--21792379	132	1.9	133	95	0	459	23	31	10	33	1.89
21792353--21792682	47	7.1	47	92	1	495	26	29	10	34	1.90
21792443--21792564	22	5.3	22	64	24	72	26	29	12	31	1.92
21792516--21792590	23	3.2	23	63	29	59	28	29	10	32	1.90
21796947--21797177	40	5.8	40	88	1	313	22	26	24	25	2.00
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21802012--21802389	187	2.0	188	90	1	598	25	29	11	33	1.91
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21822895--21823024	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
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21972682--21972863	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
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21983509--21983693	80	2.3	80	78	9	198	27	25	20	26	1.99
21983509--21983694	40	4.7	40	79	7	173	27	25	20	26	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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