genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  131  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38233129--38233279	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
38236982--38237207	40	5.7	40	87	4	264	26	19	26	27	1.99
38240300--38240353	19	2.8	19	85	0	81	27	18	22	31	1.97
38249074--38249191	43	2.8	42	70	12	105	23	18	24	33	1.97
38250157--38250181	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
38252014--38252162	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38252055--38252162	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38260132--38260280	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38260173--38260280	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38265125--38265374	134	1.9	133	96	0	464	50	18	10	19	1.76
38267606--38268018	199	2.1	199	97	0	772	28	19	17	33	1.95
38268311--38268356	12	3.9	11	81	13	56	43	0	0	56	0.99
38268345--38268376	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
38269260--38269293	14	2.4	14	90	9	52	44	23	0	32	1.54
38269457--38269596	41	3.4	41	97	1	255	15	23	25	35	1.94
38275548--38275720	46	3.7	46	76	10	181	23	20	26	30	1.99
38275545--38275715	93	1.8	93	89	0	270	22	21	26	29	1.99
38275945--38275982	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
38283653--38283691	19	2.1	19	95	0	69	25	5	12	56	1.57
38296948--38297095	68	2.3	61	80	13	147	27	27	16	29	1.97
38297559--38297619	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
38298710--38298737	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38300599--38300784	40	4.7	40	88	5	243	27	27	20	24	1.99
38304274--38304381	37	2.5	46	73	25	144	24	34	15	25	1.95
38304298--38304404	37	2.9	37	98	0	205	21	33	19	25	1.97
38304507--38304640	49	2.7	49	98	0	259	31	33	7	27	1.85
38312681--38312774	40	2.3	40	92	3	154	25	27	19	27	1.99
38324338--38324391	27	2.0	26	82	3	63	44	14	7	33	1.73
38330802--38331025	40	5.6	40	82	8	267	26	26	22	25	2.00
38330802--38331025	83	2.8	80	83	6	267	26	26	22	25	2.00
38333727--38333890	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
38333727--38333904	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
38336346--38336377	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
38336346--38336376	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
38340792--38340828	5	7.6	5	93	6	67	18	0	0	81	0.70
38340792--38340828	14	2.5	15	95	4	67	18	0	0	81	0.70
38343342--38343374	15	2.2	15	89	10	50	84	0	15	0	0.61
38350098--38350280	39	4.7	39	90	0	276	20	21	28	28	1.98
38354664--38354733	22	3.0	24	72	14	67	25	21	17	35	1.95
38357329--38357538	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
38360654--38360733	25	3.2	25	81	0	97	27	23	25	23	2.00
38363009--38363078	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
38366112--38366156	20	2.2	20	88	0	63	37	13	2	46	1.55
38370683--38370783	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38370712--38370787	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
38384452--38384484	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
38387879--38388265	47	8.3	47	92	1	571	27	27	9	35	1.87
38387898--38388265	186	2.0	186	91	0	592	27	27	9	35	1.88
38394463--38394503	6	6.7	6	91	2	64	14	2	2	80	0.92
38397675--38397758	25	3.4	24	85	9	107	26	22	22	28	1.99
38397688--38397757	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
38397962--38398223	27	10.0	27	83	6	333	23	21	21	33	1.97
38397969--38398222	100	2.4	103	85	5	334	23	21	21	33	1.97
38398227--38398393	27	6.2	27	83	4	187	29	8	21	40	1.84
38398227--38398393	54	3.1	54	85	5	214	29	8	21	40	1.84
38398227--38398419	81	2.4	81	82	5	212	29	9	21	39	1.84
38398227--38398419	54	3.6	54	83	4	212	29	9	21	39	1.84
38398227--38398419	27	7.1	27	80	4	185	29	9	21	39	1.84
38399962--38399994	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
38403035--38403104	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
38403035--38403116	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
38405197--38405331	56	2.4	56	88	2	200	34	24	12	28	1.92
38405310--38405375	30	2.1	30	83	8	78	27	28	10	33	1.90
38406279--38406317	19	1.9	19	85	10	51	51	12	2	33	1.54
38408363--38408432	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
38408363--38408444	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38410105--38410246	49	2.9	50	86	1	187	26	16	26	30	1.97
38410443--38410472	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
38416083--38416244	43	3.8	43	74	12	127	32	24	18	25	1.97
38424533--38424580	26	2.0	26	88	12	75	12	6	12	68	1.37
38427507--38427558	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
38432151--38432319	47	3.6	45	77	12	162	30	18	27	23	1.98
38441075--38441155	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
38441313--38441427	47	2.4	47	88	1	167	29	26	8	34	1.87
38446985--38447109	47	2.7	46	82	13	148	28	18	29	24	1.98
38447035--38447208	52	3.6	47	72	14	140	29	17	28	24	1.98
38450528--38450563	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
38450798--38450984	56	3.4	56	91	2	297	35	24	12	27	1.91
38453369--38453428	28	2.1	28	84	0	75	23	15	36	25	1.93
38453746--38454085	27	12.7	27	81	4	222	40	19	10	30	1.84
38453746--38454085	54	6.3	54	78	3	301	40	19	10	30	1.84
38453767--38454085	81	4.0	81	78	6	301	40	18	9	31	1.83
38469766--38469870	43	2.5	42	75	14	108	27	23	20	28	1.99
38472571--38472616	19	2.4	19	92	0	74	30	23	21	23	1.99
38484713--38484836	57	2.2	57	84	5	153	29	25	15	29	1.96
38484713--38484836	29	4.4	28	82	2	140	29	25	15	29	1.96
38487742--38487823	39	2.1	39	95	0	146	20	24	31	23	1.98
38494378--38494498	39	3.1	39	93	0	206	22	24	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38501377--38501602	50	4.5	50	80	9	228	25	18	26	29	1.98
38508741--38508920	50	3.6	49	84	5	211	26	17	27	29	1.97
38514580--38514634	24	2.3	24	87	3	76	36	23	0	40	1.55
38516657--38516714	26	2.2	26	93	0	98	31	25	18	24	1.98
38518928--38518971	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
38520792--38520888	28	3.5	28	88	4	144	45	26	8	19	1.78
38536633--38536735	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
38544424--38544526	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
38548545--38548724	40	4.6	40	82	7	181	27	22	27	22	1.99
38548584--38548694	37	2.9	38	88	9	154	26	22	27	23	1.99
38556562--38556713	40	3.8	40	84	3	180	28	22	26	23	1.99
38556558--38556730	40	4.4	38	77	10	161	28	21	26	23	1.99
38558885--38559032	43	3.5	42	80	6	147	31	25	18	25	1.98
38560882--38560910	14	2.1	14	100	0	58	20	13	6	58	1.58
38561509--38561559	23	2.2	23	92	0	84	23	31	31	13	1.93
38563023--38563106	43	2.0	43	88	4	125	29	29	16	23	1.96
38566981--38567139	44	3.7	42	74	10	126	26	16	24	32	1.96
38566968--38567139	43	4.0	43	73	7	134	26	15	24	33	1.95
38574381--38574451	37	1.9	37	91	0	115	25	30	19	23	1.98
38574592--38574881	48	6.0	48	92	0	472	31	25	6	36	1.81
38579885--38579984	51	2.0	51	86	4	139	25	15	25	35	1.94
38581715--38581857	39	3.6	40	82	11	170	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38586032--38586076	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
38586412--38586438	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
38593244--38593288	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
38593624--38593650	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
38595801--38595845	17	2.7	18	76	13	51	15	15	0	68	1.21
38598228--38598287	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
38600060--38600114	21	2.6	20	80	5	56	20	34	20	25	1.96
38607637--38607666	15	2.0	15	93	0	51	40	10	20	30	1.85
38607895--38607938	20	2.2	20	84	8	54	52	6	13	27	1.66
38607896--38608055	56	2.9	55	77	8	171	46	7	14	31	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770