genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  184  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55110828--55110888	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
55111906--55111965	26	2.3	26	85	0	84	35	31	13	20	1.91
55111954--55112030	27	2.9	27	73	11	77	37	18	12	31	1.88
55113355--55113379	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
55113940--55114010	29	2.5	28	86	6	90	28	11	26	33	1.91
55113940--55114010	28	2.5	29	86	6	92	28	11	26	33	1.91
55116803--55117119	162	2.0	162	83	5	408	31	17	18	32	1.94
55116964--55117506	288	1.9	287	87	1	802	29	18	18	32	1.95
55119073--55119248	47	3.8	46	76	15	164	27	21	29	22	1.99
55124419--55124458	20	2.0	20	90	4	64	57	2	17	22	1.52
55125457--55125494	12	3.0	13	84	7	60	23	28	2	44	1.67
55125741--55125917	48	3.7	47	88	3	248	33	28	15	23	1.95
55126029--55126070	21	2.0	21	86	9	59	35	19	9	35	1.84
55132247--55132431	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
55132250--55132431	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
55140223--55140407	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
55140226--55140407	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
55147137--55147223	27	3.3	26	73	9	77	40	20	17	21	1.92
55147404--55147480	27	2.9	27	83	11	95	31	11	18	38	1.86
55147695--55147728	17	1.9	17	88	5	50	20	44	26	8	1.81
55155887--55155921	17	2.1	17	100	0	70	28	17	11	42	1.83
55159444--55159481	6	6.5	6	93	3	60	10	0	0	89	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55159445--55159486	22	1.9	22	90	0	66	11	0	0	88	0.53
55162441--55162591	45	3.4	45	87	1	207	25	17	24	33	1.96
55167963--55167995	15	2.2	15	100	0	66	36	0	6	57	1.23
55172292--55172422	29	4.5	29	88	0	172	23	32	15	29	1.95
55172234--55172423	58	3.3	58	79	4	188	24	33	16	25	1.96
55180011--55180059	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
55180878--55181028	40	3.8	40	82	6	173	26	21	27	24	2.00
55192316--55192499	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
55192356--55192544	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
55198102--55198257	43	3.6	43	93	0	267	32	33	23	10	1.88
55198250--55198333	38	2.2	38	80	0	96	33	25	19	22	1.97
55200984--55201014	16	1.9	16	93	0	53	16	29	0	54	1.42
55202101--55202332	40	5.8	40	93	0	374	23	22	29	24	1.99
55205834--55206247	51	8.4	50	89	5	603	31	13	28	26	1.94
55205886--55205960	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
55205834--55206247	98	4.2	100	87	6	610	31	13	28	26	1.94
55205894--55205985	47	2.2	39	83	16	105	30	13	31	25	1.93
55206058--55206133	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
55205834--55206259	149	2.9	149	97	1	788	30	13	28	27	1.94
55207885--55207970	24	3.6	24	92	3	147	20	17	25	36	1.95
55207885--55207992	47	2.3	48	87	6	157	24	17	24	34	1.96
55209333--55209424	47	2.0	47	91	0	148	36	10	27	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55209553--55209685	37	3.6	37	93	1	212	26	19	29	24	1.99
55209558--55209702	74	2.0	74	88	0	218	25	19	30	24	1.98
55212341--55212664	98	3.3	98	84	6	440	32	12	28	27	1.93
55212341--55212662	47	6.6	47	85	6	392	31	12	28	27	1.93
55212341--55212664	149	2.2	147	92	2	544	32	12	28	27	1.93
55212797--55212941	37	3.9	37	89	3	202	25	19	30	24	1.98
55212800--55212941	74	1.9	74	89	2	223	26	18	30	24	1.98
55214204--55214435	40	5.8	40	89	0	347	24	20	29	25	1.99
55214204--55214448	120	2.0	120	90	0	382	24	20	29	25	1.99
55217934--55218457	51	10.6	51	84	5	684	32	12	28	27	1.93
55217934--55218445	98	5.2	99	84	6	639	32	12	28	26	1.93
55217934--55218457	149	3.5	149	94	1	894	32	12	28	27	1.93
55218311--55218386	24	3.2	24	63	17	59	28	13	32	25	1.93
55218578--55218727	37	4.0	37	88	0	201	25	18	30	26	1.98
55225691--55225745	25	2.3	24	82	14	69	45	3	16	34	1.65
55225835--55225876	22	1.9	22	85	0	57	59	7	4	28	1.44
55225891--55226027	25	5.6	25	66	19	74	55	2	5	36	1.37
55226301--55226339	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
55226498--55226625	30	4.3	30	95	0	220	18	6	50	25	1.70
55227424--55227813	91	4.3	90	82	7	420	36	17	17	28	1.93
55227636--55227668	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
55227424--55227812	183	2.2	177	83	7	473	36	17	17	28	1.93
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55227739--55228348	73	8.3	75	83	4	688	34	19	15	30	1.93
55227739--55228328	222	2.7	220	90	2	891	33	19	16	30	1.94
55227739--55228415	148	4.5	148	85	5	776	34	19	15	30	1.93
55228518--55228564	13	3.5	13	82	5	67	68	2	10	19	1.30
55228346--55228636	100	2.9	100	86	5	374	39	17	17	25	1.91
55231702--55231877	46	3.8	46	79	12	207	21	20	29	28	1.98
55231699--55231869	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
55239268--55239443	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
55239265--55239436	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
55250930--55250984	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
55251035--55251088	25	2.2	25	83	6	65	57	5	9	27	1.52
55251047--55251114	22	3.0	22	77	10	64	55	8	7	27	1.57
55251128--55251242	23	4.8	25	72	11	89	53	3	6	36	1.43
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55251689--55251813	30	4.2	30	91	0	187	20	7	47	24	1.75
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55255655--55255719	30	2.2	31	83	5	80	38	1	10	49	1.47
55255652--55255720	29	2.3	30	76	11	70	39	1	10	49	1.46
55264102--55264339	49	4.8	49	85	2	287	28	25	19	26	1.99
55264102--55264346	99	2.5	100	83	3	307	28	26	19	26	1.99
55270324--55270363	22	1.9	20	85	10	53	45	17	12	25	1.83
55280132--55280304	93	1.9	93	83	0	229	21	18	30	29	1.97
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55294162--55294195	13	2.6	13	100	0	68	17	32	35	14	1.91
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55301068--55301128	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
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55313900--55314001	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
55321760--55321860	29	3.5	29	90	1	150	27	15	32	23	1.95
55325259--55325317	19	3.1	19	95	0	100	52	15	5	27	1.63
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55335968--55336277	47	6.6	46	69	13	152	28	19	29	22	1.98
55343159--55343239	30	2.7	30	96	0	144	24	14	32	28	1.95
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55365287--55365519	80	2.9	80	83	1	261	27	24	26	22	2.00
55365287--55365519	40	5.8	39	83	8	211	27	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55365287--55365505	120	1.8	121	84	4	300	26	24	26	22	2.00
55373382--55373571	40	4.8	40	86	1	238	25	23	27	23	2.00
55373381--55373613	80	2.9	80	81	3	254	27	23	26	22	2.00
55373382--55373613	40	5.8	39	81	8	209	27	23	26	22	2.00
55373382--55373613	120	1.9	120	81	5	281	27	23	26	22	2.00
55377083--55377249	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
55377099--55377249	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
55385077--55385243	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
55385093--55385243	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
55388873--55388980	36	2.9	37	93	2	182	26	31	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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