genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.498.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  498  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153985304--153985334	8	3.9	8	91	0	53	48	0	38	12	1.42
153990811--153990886	40	1.9	40	91	5	127	15	11	34	38	1.84
154005257--154005316	28	2.1	29	82	14	72	26	16	3	53	1.59
154006092--154006135	18	2.4	18	84	3	61	45	11	15	27	1.81
154008078--154008117	18	2.1	19	86	13	55	45	5	0	50	1.23
154011366--154011496	27	4.8	27	90	1	190	22	15	21	40	1.90
154014835--154062816	298	161.2	298	99	0	95149	27	20	20	32	1.97
154085310--154085452	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
154085310--154085451	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
154085309--154085452	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
154085502--154085562	20	3.0	20	87	0	95	32	19	11	36	1.88
154085605--154085652	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
154093304--154093329	12	2.2	12	100	0	52	42	15	34	7	1.75
154113809--154113926	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
154113777--154113940	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
154121387--154121504	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
154121355--154121518	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
154122875--154122906	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
154131766--154131835	30	2.3	31	80	2	79	30	18	2	48	1.62
154132460--154132502	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
154133369--154133537	93	1.8	91	94	2	302	28	28	21	21	1.99
154133364--154133545	44	4.0	44	76	14	190	29	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154133952--154134011	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
154140833--154141002	93	1.8	92	96	1	313	28	28	21	21	1.99
154140827--154141011	45	4.0	46	74	17	159	28	29	20	22	1.98
154141432--154141475	14	3.0	14	80	6	52	29	20	6	43	1.78
154151290--154151391	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
154159178--154159259	40	2.0	41	86	6	114	28	29	14	28	1.95
154169855--154169933	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
154169851--154169896	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
154169851--154169897	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
154169930--154169957	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
154178210--154178303	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
154178210--154178290	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
154180669--154180757	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
154180669--154180737	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
154184904--154184932	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
154187697--154187736	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
154199470--154199494	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
154202020--154202058	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
154202230--154202265	15	2.5	14	86	8	54	58	0	0	41	0.98
154202231--154202269	16	2.6	15	84	11	53	56	0	0	43	0.99
154202246--154202299	24	2.2	25	83	9	76	59	0	0	40	0.98
154213117--154213166	24	2.1	24	88	0	73	52	2	2	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154218924--154219034	27	4.1	27	86	6	138	39	22	23	14	1.91
154225677--154225711	10	3.4	10	84	7	52	54	8	8	28	1.60
154226755--154226840	27	3.2	26	83	8	109	40	23	23	12	1.89
154233207--154233391	79	2.3	81	81	9	211	23	27	23	25	2.00
154233207--154233391	40	4.6	39	73	11	142	23	27	23	25	2.00
154239666--154239738	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
154241655--154241713	29	2.0	30	86	3	84	49	11	5	33	1.62
154241662--154241724	29	2.1	30	82	8	74	47	12	4	34	1.63
154241935--154241998	31	2.1	31	100	0	128	40	9	9	40	1.70
154245225--154245255	16	2.0	15	93	6	53	51	9	6	32	1.60
154246704--154246849	53	2.7	53	79	11	161	35	6	10	47	1.64
154246700--154246842	56	2.6	53	81	9	164	37	6	10	46	1.64
154250999--154251057	29	2.0	29	90	0	91	33	18	11	35	1.88
154253077--154253147	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
154255787--154255964	46	3.8	46	80	4	223	28	28	21	21	1.99
154255795--154255966	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
154258324--154258401	15	5.2	15	75	15	65	56	12	17	12	1.67
154258314--154258401	30	3.0	31	79	17	98	56	13	18	11	1.66
154258314--154258393	15	5.4	15	76	16	78	57	12	18	11	1.64
154260942--154261074	46	2.9	48	79	13	170	20	21	30	28	1.98
154263986--154264054	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
154263977--154264064	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154266439--154266572	46	2.9	48	80	12	179	20	20	29	28	1.98
154277817--154277919	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
154285827--154285929	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
154290878--154290992	46	2.5	46	81	7	117	30	18	26	24	1.98
154290870--154291047	47	3.8	47	77	12	145	29	18	27	24	1.98
154296800--154296847	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
154296891--154296949	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
154297000--154297093	23	4.0	24	82	13	115	28	21	23	26	1.99
154297285--154297447	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
154297309--154297424	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
154297285--154297424	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
154305146--154305193	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
154305237--154305295	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
154305346--154305440	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
154305347--154305440	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
154305654--154305769	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
154305632--154305792	38	4.4	38	83	12	214	37	17	22	22	1.94
154305632--154305769	69	2.0	67	95	2	249	39	15	21	23	1.92
154310890--154311236	49	7.1	49	92	0	550	32	9	29	28	1.89
154311068--154311416	178	2.0	178	92	0	590	30	10	31	27	1.90
154311166--154311321	80	2.0	80	100	0	312	30	10	32	26	1.90
154311246--154311495	49	5.1	49	94	0	392	29	9	32	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154311117--154311370	129	2.0	129	96	0	463	30	10	31	27	1.90
154311030--154311465	227	1.9	227	92	0	737	30	9	30	28	1.89
154311544--154311630	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
154313493--154313792	40	7.6	40	82	5	270	23	21	28	26	1.99
154313610--154313792	79	2.3	79	91	1	296	24	22	28	25	1.99
154317634--154317980	49	7.1	49	92	0	550	32	9	29	28	1.89
154317812--154318160	178	2.0	178	92	0	590	30	10	31	27	1.90
154317910--154318065	80	2.0	80	100	0	312	30	10	32	26	1.90
154317990--154318239	49	5.1	49	94	0	392	29	9	32	28	1.89
154317861--154318114	129	2.0	129	96	0	463	30	10	31	27	1.90
154317774--154318209	227	1.9	227	92	0	737	30	9	30	28	1.89
154318288--154318374	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
154320236--154320535	40	7.6	40	82	5	270	23	21	28	26	1.99
154320353--154320535	79	2.3	79	91	1	296	24	22	28	25	1.99
154324375--154324721	49	7.1	49	92	0	550	32	9	29	28	1.89
154324553--154324901	178	2.0	178	92	0	590	30	10	31	27	1.90
154324651--154324806	80	2.0	80	100	0	312	30	10	32	26	1.90
154324731--154324980	49	5.1	49	94	0	392	29	9	32	28	1.89
154324602--154324855	129	2.0	129	96	0	463	30	10	31	27	1.90
154324515--154324950	227	1.9	227	92	0	737	30	9	30	28	1.89
154325029--154325115	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
154328561--154328638	36	2.2	36	92	0	129	29	25	8	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154331207--154331281	37	2.0	37	100	0	150	53	8	5	33	1.53
154332458--154332496	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
154336372--154336471	40	2.5	40	83	3	121	27	29	22	22	1.99
154336372--154336511	40	3.5	39	79	3	111	27	27	22	22	1.99
154341025--154341330	49	6.3	49	96	1	555	32	7	28	30	1.86
154350522--154350594	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
154358944--154359044	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
154358944--154359120	40	4.5	40	82	4	180	28	22	25	23	1.99
154366954--154367134	40	4.5	39	77	9	161	27	22	25	24	2.00
154369022--154369223	39	5.2	39	92	0	323	23	20	32	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770