genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  132  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38608438--38608496	21	3.1	19	76	11	57	57	8	1	32	1.39
38612178--38612335	79	2.0	79	98	0	307	46	6	19	27	1.74
38613976--38614018	21	2.0	21	100	0	86	51	30	4	13	1.62
38619649--38619710	27	2.4	27	84	10	76	20	11	33	33	1.89
38620616--38620649	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
38621141--38621250	54	2.0	54	98	0	211	39	9	19	32	1.83
38622926--38622951	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
38623063--38623655	94	6.3	94	83	3	683	28	20	17	33	1.96
38623252--38623594	44	7.4	44	67	18	185	27	20	17	34	1.95
38623183--38623654	50	9.9	50	66	20	212	28	20	17	33	1.95
38631087--38631189	29	3.6	27	81	5	98	28	31	16	24	1.96
38632856--38632998	40	3.6	40	85	3	207	28	28	20	21	1.98
38642071--38642267	47	4.1	47	90	1	268	27	31	9	31	1.88
38642071--38642267	96	2.1	94	86	3	270	27	31	9	31	1.88
38642251--38642284	17	2.0	17	100	0	68	23	29	17	29	1.97
38642202--38642333	66	2.0	66	96	0	246	28	28	10	31	1.90
38642268--38642390	49	2.5	49	98	0	237	30	28	8	31	1.88
38642155--38642382	115	2.0	113	94	1	402	28	30	10	31	1.90
38645578--38645749	40	4.3	40	86	5	233	27	26	21	24	1.99
38653382--38653600	39	5.6	39	90	2	280	30	26	20	21	1.98
38659121--38659157	19	2.0	18	94	5	65	2	5	10	81	0.96
38659170--38659203	15	2.3	15	89	0	50	0	20	11	67	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38659758--38659802	23	2.0	23	82	8	56	46	4	0	48	1.22
38660213--38660302	44	2.0	44	100	0	180	45	2	8	43	1.47
38665627--38665812	40	4.7	40	86	5	225	24	22	26	26	2.00
38665680--38665835	80	2.0	79	84	6	208	26	20	26	26	1.99
38668494--38668560	30	2.2	30	97	0	125	23	41	17	16	1.89
38671223--38671324	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
38672917--38673018	48	2.1	48	90	0	168	35	24	19	20	1.96
38677339--38677469	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
38677339--38677469	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
38685324--38685483	29	5.5	30	87	8	213	33	13	25	26	1.94
38685324--38685483	59	2.8	57	88	4	214	33	13	25	26	1.94
38687941--38688095	43	3.6	43	75	10	163	31	22	16	29	1.95
38691334--38691485	42	3.6	42	80	3	171	27	23	17	31	1.97
38693740--38693766	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
38693800--38693872	29	2.5	29	84	0	83	23	35	19	21	1.96
38693859--38693931	29	2.5	29	95	0	128	26	30	16	27	1.97
38704277--38704369	46	2.0	46	93	0	159	39	12	9	37	1.77
38707019--38707135	27	4.4	26	81	7	119	35	16	19	28	1.93
38707019--38707135	54	2.2	54	85	1	155	35	16	19	28	1.93
38707483--38707542	28	2.1	28	84	0	75	26	26	23	23	2.00
38714025--38714200	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
38714022--38714192	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38717141--38717209	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
38717132--38717219	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
38719575--38719750	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
38719572--38719742	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
38721168--38721200	16	2.1	16	94	0	57	39	6	15	39	1.72
38723461--38723512	22	2.4	22	75	18	54	44	25	0	30	1.54
38727772--38727823	5	10.4	5	100	0	104	78	0	0	21	0.74
38731345--38731447	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
38736766--38736817	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
38751597--38751781	40	4.7	40	83	6	216	27	27	21	23	1.99
38751625--38751781	79	2.0	80	86	6	221	26	28	21	24	1.99
38759648--38759829	79	2.3	80	84	8	230	25	28	21	24	1.99
38759627--38759829	40	5.1	40	81	9	238	25	28	21	24	1.99
38764525--38764900	191	2.0	191	90	0	590	32	13	22	31	1.93
38767991--38768147	43	3.7	43	78	8	187	24	17	29	29	1.97
38767992--38768147	84	1.9	84	88	8	237	24	16	29	29	1.97
38772877--38772906	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
38779219--38779367	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38779260--38779367	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38787314--38787462	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38787355--38787462	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38789286--38789469	40	4.6	40	82	5	201	26	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38797502--38797685	27	6.9	27	84	1	226	40	20	8	31	1.81
38797509--38797685	54	3.3	53	93	1	291	40	20	7	31	1.81
38797533--38797731	27	7.4	27	75	9	99	39	19	11	29	1.86
38797509--38797713	54	3.8	52	89	4	221	40	20	9	30	1.84
38797509--38797713	107	1.9	106	87	5	297	40	20	9	30	1.84
38801362--38801595	27	8.7	27	77	6	145	39	21	8	30	1.83
38801418--38801595	54	3.3	54	94	0	302	40	20	7	30	1.81
38801411--38801625	81	2.7	81	84	1	252	39	20	9	30	1.85
38801418--38801626	27	7.8	26	82	4	186	39	20	9	30	1.85
38801418--38801625	54	3.8	53	89	2	227	39	20	9	30	1.85
38803900--38804075	46	3.8	46	79	10	214	21	21	28	28	1.99
38803896--38804067	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
38808107--38808283	27	6.6	27	85	1	239	40	20	7	31	1.81
38808107--38808283	54	3.3	54	92	1	293	40	20	7	31	1.81
38808186--38808327	27	5.4	26	79	9	94	40	19	11	28	1.87
38808107--38808312	54	3.8	52	89	4	223	39	20	9	30	1.84
38808107--38808312	107	1.9	106	87	5	299	39	20	9	30	1.84
38808131--38808327	27	7.4	27	75	11	90	39	19	11	29	1.86
38811933--38812190	27	9.6	27	77	5	157	38	21	8	31	1.84
38812014--38812190	54	3.3	53	92	2	291	40	20	7	31	1.81
38812007--38812193	81	2.3	80	88	0	266	39	20	8	31	1.82
38812007--38812218	81	2.6	81	86	2	257	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38812014--38812235	27	8.3	26	77	9	119	39	19	10	29	1.86
38812014--38812219	54	3.8	52	88	5	223	39	20	9	30	1.84
38817358--38817459	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
38818928--38818998	27	2.6	27	72	0	70	36	23	7	32	1.82
38818982--38819159	27	6.6	27	85	1	241	41	20	7	30	1.81
38818982--38819159	54	3.3	54	94	0	302	41	20	7	30	1.81
38818975--38819189	81	2.7	81	83	2	236	40	20	9	30	1.84
38819142--38819205	27	2.4	27	86	0	92	42	20	14	23	1.88
38818982--38819189	54	3.8	51	85	7	236	40	20	9	29	1.83
38822834--38822902	27	2.6	26	74	4	66	37	26	7	28	1.83
38822888--38823066	27	6.7	27	83	1	218	40	20	8	31	1.82
38822888--38823063	53	3.3	54	91	2	284	40	19	7	31	1.81
38822872--38823063	80	2.4	80	85	1	224	40	20	7	31	1.81
38822966--38823108	27	5.4	26	80	8	103	40	18	11	28	1.86
38822910--38823092	54	3.4	52	87	5	222	40	20	9	29	1.84
38822911--38823108	27	7.4	27	75	10	99	39	19	11	29	1.86
38826789--38826962	27	6.6	27	82	5	212	40	20	7	31	1.80
38826789--38826989	78	2.5	79	85	3	253	40	19	8	30	1.83
38826789--38826961	53	3.3	53	89	3	260	41	19	7	31	1.79
38826789--38826989	27	7.6	26	81	4	206	40	19	8	30	1.83
38838798--38838929	29	4.6	28	84	3	124	26	25	15	31	1.96
38841288--38841388	24	4.2	24	96	0	175	32	3	42	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38841294--38841387	12	7.8	12	64	13	50	30	4	42	22	1.72
38842817--38842931	27	4.3	27	82	5	126	16	24	21	37	1.93
38842817--38842928	54	2.1	53	85	5	145	16	24	21	38	1.93
38845350--38845481	49	2.7	49	83	8	180	28	17	28	26	1.98
38848163--38848212	26	1.9	26	100	0	100	32	12	20	36	1.89
38856451--38856658	46	4.6	43	77	11	159	28	18	28	24	1.98
38858764--38858846	39	2.0	41	93	6	143	24	14	18	43	1.87
38865812--38865869	29	2.0	30	83	10	75	46	12	8	32	1.71
38867172--38867200	14	2.0	15	93	6	51	13	27	27	31	1.94
38868147--38868192	21	2.2	21	80	3	58	47	0	17	34	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770