Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  107  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30704102--30704126
3
8.3
3
100
0
50
68
0
32
0
0.90
30705011--30705052
21
2.0
21
85
0
57
30
23
16
28
1.96
30707362--30707425
23
2.8
24
80
7
69
59
0
4
35
1.18
30707353--30707415
30
2.0
32
82
11
78
58
1
4
34
1.29
30707384--30707430
24
2.0
23
91
4
76
57
0
4
38
1.18
30707480--30707531
21
2.3
23
84
15
74
71
0
0
28
0.87
30709235--30709933
197
3.4
206
87
4
1026
28
20
18
32
1.96
30717626--30717662
15
2.5
16
87
12
53
43
13
24
18
1.86
30721267--30721325
29
2.0
29
83
6
75
62
0
6
30
1.21
30721762--30721813
21
2.3
23
84
15
74
71
0
0
28
0.87
30733821--30734031
64
3.2
64
62
22
144
30
24
18
27
1.97
30733787--30734073
137
2.1
137
97
0
538
31
23
19
25
1.98
30734381--30734450
28
2.5
29
74
21
69
24
14
10
51
1.72
30735853--30735988
26
5.2
26
96
0
227
36
23
5
34
1.77
30739694--30739978
136
2.1
136
97
1
536
31
24
18
24
1.98
30741706--30741841
26
5.2
26
97
0
236
36
24
5
33
1.78
30742930--30742972
18
2.4
18
88
7
61
69
2
2
25
1.12
30744287--30744356
29
2.4
29
85
7
97
58
10
8
22
1.57
30744974--30745008
13
2.7
13
90
0
61
65
0
2
31
1.07
30745103--30745127
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
30746728--30747706
210
4.7
210
88
2
1366
29
21
18
30
1.97
30755016--30755313
82
3.6
83
83
9
322
28
17
28
25
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30755193--30755949
44
17.4
44
81
13
831
27
16
33
22
1.96
30755193--30755949
210
3.7
212
80
15
908
27
16
33
22
1.96
30755716--30755949
86
2.8
83
89
7
334
26
17
33
22
1.96
30755230--30755946
233
3.0
233
82
12
825
27
16
32
22
1.96
30757439--30757476
19
2.0
19
94
0
67
31
23
10
34
1.89
30767347--30767494
47
3.3
46
65
25
116
28
18
25
27
1.98
30767311--30767534
88
2.6
88
92
0
360
26
17
28
27
1.98
30767496--30768292
44
18.4
44
89
3
1161
29
16
31
21
1.96
30767496--30768273
301
2.6
304
90
2
1215
29
16
32
21
1.96
30768583--30768627
8
5.5
8
85
12
56
84
0
6
8
0.78
30768873--30768910
18
2.1
18
85
9
51
13
2
2
81
0.90
30768910--30768937
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
30769814--30769851
19
2.0
19
94
0
67
31
23
10
34
1.89
30771178--30771228
25
2.0
25
100
0
102
33
7
19
39
1.81
30774848--30774893
17
2.8
17
81
18
62
65
2
0
32
1.05
30774861--30774906
23
2.0
24
86
4
67
65
0
4
30
1.12
30775051--30775104
26
2.1
26
82
0
63
64
5
1
27
1.26
30775143--30775177
13
2.8
12
83
8
52
57
0
5
37
1.23
30775160--30775218
24
2.6
22
79
10
66
66
0
5
28
1.13
30777007--30777151
72
2.0
72
89
0
218
28
15
31
24
1.95
30784447--30784524
36
2.2
35
84
15
106
37
11
14
37
1.82
30784457--30784524
19
3.7
19
92
7
122
36
11
14
36
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30787563--30787611
10
5.0
10
76
18
50
22
22
10
44
1.82
30787663--30787715
2
27.0
2
96
3
99
50
0
49
0
1.00
30792109--30792242
42
3.1
42
93
2
214
25
18
23
32
1.97
30792109--30792266
42
3.8
40
89
6
185
24
20
24
31
1.98
30793256--30793302
20
2.3
21
92
7
80
82
0
17
0
0.66
30793257--30793303
13
3.5
13
77
16
51
85
0
14
0
0.61
30793256--30793302
7
7.0
7
81
18
64
82
0
17
0
0.66
30793264--30793303
13
2.8
15
81
14
57
85
0
15
0
0.61
30794393--30794676
88
3.2
87
72
16
287
28
15
24
32
1.95
30794301--30794720
176
2.4
175
87
3
592
29
14
25
31
1.94
30794526--30794852
132
2.5
132
93
0
555
28
16
25
29
1.97
30794658--30795778
176
6.5
176
89
4
1751
29
16
26
27
1.97
30794948--30795778
44
18.9
44
73
14
644
28
16
27
28
1.97
30794452--30795382
466
2.0
461
85
6
1236
29
15
26
28
1.96
30794301--30795558
642
2.0
638
85
5
1691
29
15
26
28
1.96
30795925--30796109
44
4.2
44
75
10
153
29
17
26
26
1.98
30795838--30796050
44
4.7
45
71
11
141
30
18
25
24
1.98
30795831--30796180
134
2.6
134
85
2
452
29
18
25
26
1.98
30796173--30796372
45
4.5
45
78
5
208
32
13
29
25
1.94
30796715--30796765
19
2.9
17
81
13
59
37
9
17
35
1.83
30796725--30796767
19
2.1
21
91
8
72
37
9
18
34
1.83
30800161--30800199
21
1.9
19
85
10
51
64
0
7
28
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30802225--30802270
24
1.9
24
90
0
74
39
4
8
47
1.54
30802225--30802280
24
2.3
24
84
6
69
37
5
8
48
1.58
30802929--30802970
21
2.0
21
100
0
84
38
4
28
28
1.77
30805911--30805964
26
2.1
26
96
0
99
31
14
29
24
1.95
30809959--30810010
24
2.2
24
85
0
68
38
3
7
50
1.50
30822496--30822559
3
21.3
3
100
0
128
67
0
0
32
0.91
30822883--30822915
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
30823001--30823111
26
4.4
27
69
22
80
59
1
6
32
1.33
30826546--30826582
2
18.5
2
94
0
65
54
0
0
45
1.00
30826571--30826668
43
2.3
43
98
0
187
33
2
10
54
1.46
30830614--30830988
135
2.8
135
83
1
423
25
22
20
31
1.98
30830882--30831050
88
1.9
88
96
0
311
26
26
20
27
1.99
30830616--30831052
44
9.8
44
70
7
220
26
22
20
30
1.98
30832311--30832650
129
2.6
129
78
8
284
36
19
16
27
1.93
30833331--30833360
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
30833796--30833821
11
2.4
11
100
0
52
61
7
7
23
1.49
30842074--30842308
39
6.1
39
94
1
402
21
25
30
23
1.99
30842074--30842316
116
2.1
116
92
3
400
22
24
29
23
1.99
30842074--30842308
77
3.0
77
95
0
416
21
25
30
23
1.99
30847900--30848174
39
7.1
39
92
0
453
21
24
30
24
1.99
30850807--30850957
40
3.8
40
80
6
164
27
23
27
22
1.99
30850807--30850957
80
1.9
79
85
6
207
27
23
27
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30858631--30858952
127
2.5
126
87
4
475
38
20
16
25
1.92
30863021--30863056
8
4.4
8
89
3
54
61
0
2
36
1.11
30862972--30863104
68
1.9
70
82
14
170
50
0
1
48
1.10
30863020--30863078
16
3.1
21
77
22
60
54
0
1
44
1.10
30865342--30865451
26
4.2
25
91
4
157
34
3
24
37
1.73
30865342--30865451
52
2.1
52
91
0
175
34
3
24
37
1.73
30871142--30871249
25
4.2
25
92
3
171
34
3
25
37
1.74
30871142--30871249
51
2.1
51
92
0
180
34
3
25
37
1.74
30877812--30877846
15
2.2
17
90
10
56
37
2
5
54
1.39
30878241--30878274
4
8.8
4
87
6
52
76
2
0
20
0.92
30878238--30878270
15
2.3
14
94
5
57
75
3
0
21
0.93
30878241--30878278
19
2.0
19
100
0
76
73
5
0
21
1.02
30878720--30878749
15
1.9
16
93
6
53
16
40
13
30
1.87
30879889--30880475
3
193.7
3
66
17
112
28
8
1
60
1.37
30880282--30880327
20
2.3
20
85
7
58
30
6
2
60
1.34
30880266--30880343
35
2.2
36
84
8
99
29
6
1
62
1.28
30883464--30883498
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
30883525--30883582
3
19.3
3
92
0
98
31
1
1
65
1.13
30884852--30885352
132
3.8
130
78
5
431
29
18
17
34
1.94
30896983--30897383
45
8.9
46
67
14
149
31
17
21
28
1.96
30896983--30897384
90
4.5
88
72
10
330
32
17
21
28
1.96
30897033--30897111
41
1.9
41
86
0
113
31
18
20
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30896871--30897243
88
4.2
89
69
11
233
29
17
23
29
1.97
30896806--30897434
268
2.3
268
92
1
1021
30
18
22
28
1.97
30897301--30897379
41
1.9
41
89
0
122
31
20
20
27
1.97
30897389--30897563
89
2.0
89
93
2
298
33
23
19
24
1.97
30897389--30897600
89
2.4
89
87
1
255
32
23
19
24
1.97
30899511--30899601
3
30.3
3
88
4
121
31
4
2
61
1.28
30900844--30901355
132
4.0
130
77
6
430
28
19
17
34
1.94
30900873--30901355
256
1.9
257
78
4
537
27
19
17
34
1.95
30910069--30910539
132
3.6
129
77
6
423
28
18
17
35
1.94
30912690--30912812
18
6.8
18
86
0
138
30
19
13
36
1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770