genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  58  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16875456--16875714	29	8.7	29	91	6	419	27	16	32	24	1.96
16875623--16875694	37	1.9	37	97	0	135	30	13	29	26	1.94
16879014--16879276	49	5.4	49	96	0	447	28	9	33	29	1.88
16879377--16879498	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
16881305--16881388	39	2.1	40	82	2	98	28	20	27	23	1.99
16881586--16881863	29	9.7	29	98	0	533	26	16	32	24	1.96
16885162--16885473	49	6.4	49	97	0	536	28	9	33	29	1.88
16885574--16885695	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
16887505--16887588	39	2.1	40	82	2	98	28	20	27	23	1.99
16887785--16888119	29	11.7	29	98	1	640	27	17	31	23	1.96
16890960--16891044	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
16892856--16892939	39	2.1	40	82	2	98	28	20	27	23	1.99
16893136--16893471	29	11.7	29	98	1	640	26	16	32	24	1.96
16896310--16896431	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
16898847--16898912	30	2.2	30	97	2	123	39	15	16	28	1.89
16908126--16908163	15	2.5	15	83	8	51	34	13	0	52	1.40
16913492--16913572	20	4.1	20	79	9	76	37	19	7	35	1.80
16913779--16913827	22	2.2	22	92	0	80	30	22	24	22	1.99
16913730--16913874	23	6.3	23	76	7	100	33	20	21	25	1.97
16919527--16919568	21	2.0	21	100	0	84	52	14	4	28	1.62
16921266--16921522	53	4.8	52	81	6	259	21	24	17	36	1.94
16921314--16921515	108	1.8	111	89	5	322	22	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16928759--16929013	55	4.8	53	81	7	236	21	25	17	36	1.94
16928806--16929006	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.95
16930342--16930407	20	3.3	20	76	0	60	34	16	12	36	1.86
16930637--16930750	23	5.0	23	76	8	90	35	18	21	23	1.95
16932645--16932714	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
16935908--16936143	48	4.9	46	73	7	141	26	29	17	26	1.97
16935908--16936143	96	2.5	96	79	2	278	26	29	17	26	1.97
16949898--16950082	40	4.7	40	83	4	205	28	27	19	24	1.98
16957902--16958113	40	5.4	39	82	7	225	26	26	20	26	1.99
16960645--16960669	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
16964590--16964774	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
16964591--16964782	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
16964590--16964807	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
16975161--16975262	31	3.1	31	87	9	123	23	22	15	38	1.93
16975138--16975245	38	2.8	38	92	1	180	23	23	14	38	1.92
16975454--16975572	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
16975454--16975572	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
16975623--16975682	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
16975725--16975772	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16978259--16978483	49	4.5	50	77	2	229	29	23	18	28	1.98
16984200--16984375	49	3.6	48	80	9	228	31	26	17	25	1.97
16984188--16984376	100	1.9	100	92	2	317	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16984628--16984681	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
16986813--16986850	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
16992582--16992741	87	1.8	87	89	2	250	28	14	30	26	1.95
16992582--16992712	29	4.5	29	98	0	253	30	13	28	27	1.94
16992582--16992770	87	2.2	87	85	3	247	28	15	30	26	1.96
17000755--17000796	6	7.0	6	78	10	50	23	0	0	76	0.79
17000713--17000801	24	3.6	24	71	15	74	28	2	1	68	1.08
17002232--17002339	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
17007964--17008071	55	2.0	54	81	7	128	12	28	26	31	1.93
17009577--17009619	22	2.0	22	85	0	59	11	16	32	39	1.84
17021374--17021597	48	4.7	49	79	10	230	26	28	18	25	1.98
17021370--17021597	96	2.4	96	83	5	266	26	28	18	25	1.98
17031662--17031804	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
17031663--17031844	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
17039486--17039629	39	3.7	39	89	0	225	26	20	29	22	1.99
17039487--17039669	78	2.3	79	88	1	260	24	22	29	23	1.99
17041318--17041506	50	3.8	49	85	4	236	28	25	19	26	1.98
17041315--17041506	49	3.9	49	85	5	235	29	25	18	26	1.98
17041315--17041515	99	2.0	99	85	1	267	28	25	18	26	1.98
17042812--17042871	30	2.0	30	96	0	111	13	18	5	63	1.47
17045653--17045783	45	2.9	45	90	0	199	23	22	25	27	2.00
17072903--17072939	7	5.3	7	96	0	65	16	0	37	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17089700--17089761	29	2.1	29	84	0	79	27	14	30	27	1.95
17097402--17097519	29	4.2	27	79	15	107	27	13	29	28	1.94
17103162--17103204	19	2.3	19	100	0	86	11	23	41	23	1.87
17103162--17103222	9	6.3	10	74	12	56	13	22	42	21	1.87
17103169--17103222	19	2.8	19	88	2	72	12	22	44	20	1.85
17103749--17103825	34	2.3	34	90	0	127	25	23	22	28	1.99
17107359--17107534	46	3.8	46	78	7	203	22	21	27	28	1.99
17107356--17107526	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
17114208--17114250	22	1.9	23	90	4	70	20	6	53	18	1.67
17115423--17115479	26	2.2	25	81	9	69	36	10	3	49	1.55
17116452--17116505	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
17126926--17126975	25	2.0	25	96	0	91	44	12	26	18	1.84
17131448--17131786	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
17131755--17131997	40	6.1	40	87	2	292	24	21	26	27	1.99
17131755--17131997	79	3.0	80	86	3	303	24	21	26	27	1.99
17138906--17139149	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
17143517--17143976	47	9.7	47	94	0	749	32	8	29	29	1.86
17151403--17151495	24	3.9	24	94	0	159	35	4	37	22	1.74
17155807--17156002	89	2.2	90	92	0	322	32	7	18	41	1.79
17158251--17158569	46	7.0	46	90	1	417	22	24	13	39	1.90
17160640--17160691	11	4.5	11	76	9	50	63	1	1	32	1.16
17162406--17162463	22	2.6	22	97	2	107	29	25	3	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17166153--17166343	39	4.8	40	77	7	176	24	23	28	23	2.00
17166153--17166336	79	2.3	81	83	8	227	24	23	27	23	2.00
17171232--17171395	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
17171232--17171429	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
17178305--17178468	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
17178305--17178502	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
17183497--17183681	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
17183498--17183689	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
17183497--17183714	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
17191510--17191677	40	4.2	40	75	6	160	25	21	28	25	1.99
17193412--17193685	46	6.0	46	90	2	372	22	22	13	41	1.89
17195811--17195862	11	4.5	11	81	9	59	63	0	1	34	1.06
17196030--17196084	24	2.3	24	93	0	101	25	16	7	50	1.70
17203776--17203830	26	2.1	26	83	6	67	30	23	25	20	1.98
17203825--17203877	27	2.0	27	92	0	88	35	20	22	20	1.96
17203983--17204052	27	2.6	27	81	4	70	25	18	18	37	1.94
17207453--17207650	27	7.4	27	74	4	114	28	20	22	28	1.98
17207475--17207612	53	2.6	54	82	1	179	28	21	20	29	1.98
17220348--17220383	19	2.0	18	89	10	56	72	0	19	8	1.10
17222127--17222240	41	2.7	43	83	5	144	29	13	27	29	1.94
17224272--17224304	14	2.4	14	94	0	57	90	3	6	0	0.52
17224928--17224961	17	2.1	16	94	5	59	47	5	0	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17225056--17225087	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
17232111--17232373	70	3.7	69	83	5	330	25	13	22	38	1.91
17232253--17232498	121	2.0	123	89	3	381	24	13	22	39	1.91
17231946--17232535	262	2.3	259	94	2	1033	25	14	22	37	1.92
17232395--17232813	72	5.8	71	71	12	311	25	17	22	34	1.96
17232603--17232813	74	2.9	73	84	5	257	27	18	23	31	1.97
17232803--17232837	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
17232656--17233316	164	4.0	164	87	4	863	28	17	20	33	1.95
17232818--17232978	74	2.1	77	86	4	220	28	18	21	32	1.96
17233000--17233142	73	1.9	75	87	5	211	31	17	22	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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