Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  9  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2384277--2384316
20
2.0
20
100
0
80
50
0
0
50
1.00
2384272--2384316
20
2.4
18
85
7
54
46
2
0
51
1.13
2385275--2385327
24
2.2
24
100
0
106
33
43
0
22
1.54
2387200--2387258
30
1.9
32
86
10
88
38
8
3
49
1.50
2395829--2396005
91
2.0
90
91
1
291
35
16
13
35
1.88
2407942--2407969
9
3.1
9
100
0
56
57
0
10
32
1.33
2408374--2408432
31
1.9
30
83
13
75
37
15
25
22
1.93
2413019--2413084
31
2.2
31
86
2
89
21
6
13
59
1.56
2417445--2417586
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
2417484--2417612
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
2419450--2419494
23
2.0
23
86
0
63
6
8
13
71
1.31
2419633--2419678
25
1.9
24
82
8
58
41
4
4
50
1.42
2426739--2426808
31
2.3
31
80
11
74
50
8
2
38
1.48
2431127--2431242
43
2.7
42
85
6
153
31
6
18
43
1.76
2438797--2438852
3
18.7
3
92
0
85
30
30
37
1
1.68
2449115--2449182
30
2.3
30
84
5
84
48
5
17
27
1.70
2449444--2449480
8
4.6
8
90
9
58
24
0
0
75
0.80
2450533--2450565
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
2451629--2451810
46
4.0
46
91
1
276
39
14
23
22
1.91
2457093--2457178
43
2.0
43
93
0
145
53
1
24
20
1.53
2457151--2457201
19
2.7
18
85
8
75
52
0
23
23
1.47
2457693--2457739
24
2.0
24
83
8
60
21
0
23
55
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2458968--2459082
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
2458968--2459101
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
2464919--2465033
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
2464919--2465052
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
2469192--2469282
44
2.1
44
89
0
137
30
13
9
46
1.75
2470426--2470592
49
3.4
48
68
17
128
44
12
13
29
1.80
2470323--2470572
97
2.6
97
88
1
376
47
13
12
26
1.79
2471656--2471688
15
2.1
16
88
5
50
48
3
0
48
1.17
2473636--2473816
62
3.0
61
88
2
247
14
28
13
43
1.83
2479064--2479107
2
21.5
2
90
4
70
50
0
2
47
1.13
2480522--2480551
15
1.9
16
93
6
53
70
10
6
13
1.34
2480751--2480789
19
2.1
19
85
0
51
61
5
5
28
1.39
2480565--2481093
3
177.3
3
70
9
269
60
2
7
29
1.36
2487396--2487429
12
2.9
12
86
4
52
32
0
0
67
0.91
2487550--2487614
30
2.2
30
88
5
96
61
9
1
27
1.35
2489876--2489915
11
3.5
11
86
6
62
37
0
10
52
1.35
2489867--2489915
23
2.1
23
100
0
98
38
0
12
48
1.41
2489867--2489915
12
4.3
11
84
7
62
38
0
12
48
1.41
2495127--2495190
27
2.4
26
89
7
94
40
3
6
50
1.43
2495217--2495243
3
9.0
3
100
0
54
33
0
0
66
0.92
2498715--2498744
2
15.0
2
92
0
51
46
0
0
53
1.00
2498761--2498810
20
2.5
20
77
6
57
34
0
4
62
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2499572--2499634
29
2.2
29
88
0
90
44
9
20
25
1.82
2507328--2507392
30
2.2
30
86
5
87
43
7
6
43
1.58
2518430--2518473
15
2.8
17
74
19
51
22
22
0
54
1.45
2518416--2518497
43
1.9
43
89
0
128
24
24
1
50
1.57
2519401--2519460
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
2519881--2520012
47
2.8
46
78
7
158
21
18
28
31
1.97
2522444--2522484
18
2.4
17
84
11
57
51
4
0
43
1.23
2525036--2525075
20
2.0
20
100
0
80
35
5
35
25
1.78
2531730--2531773
19
2.3
20
80
11
56
6
6
9
77
1.13
2535448--2535489
21
2.0
21
100
0
84
14
14
28
42
1.84
2536243--2536282
21
1.9
21
89
0
62
37
7
0
55
1.29
2539567--2539673
26
4.1
26
92
0
178
36
23
7
32
1.83
2539660--2539686
13
2.1
13
100
0
54
29
40
0
29
1.57
2539634--2539712
39
2.0
39
92
0
131
32
27
5
34
1.79
2539673--2539739
26
2.6
26
92
0
116
34
26
5
32
1.81
2539608--2539738
65
2.0
65
100
0
262
33
26
6
33
1.81
2542437--2542603
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
2542432--2542603
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
2549927--2550093
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
2549922--2550093
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
2560837--2560913
37
2.2
35
81
6
84
42
1
5
50
1.32
2561759--2561787
12
2.3
13
94
5
51
0
0
68
31
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2562448--2562477
15
1.9
16
93
6
53
26
0
0
73
0.84
2576829--2576889
26
2.4
25
76
13
61
36
26
1
36
1.66
2582484--2582509
10
2.6
10
100
0
52
11
0
0
88
0.52
2589032--2589071
20
2.0
20
85
5
53
40
12
0
47
1.41
2590344--2590434
29
3.1
29
78
6
92
39
4
9
46
1.57
2590529--2590589
31
2.0
30
81
9
70
49
6
18
26
1.71
2591416--2591459
20
2.2
20
84
8
54
47
13
4
34
1.63
2595132--2595177
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
2595139--2595183
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
2600948--2601009
28
2.1
28
91
5
97
50
6
1
41
1.38
2608194--2608713
126
4.1
126
85
2
681
28
15
16
38
1.90
2608908--2608989
41
2.0
41
92
0
137
45
28
0
26
1.54
2608913--2608998
41
2.1
41
89
4
129
47
25
0
26
1.52
2609529--2609574
16
2.7
18
83
12
53
21
0
10
67
1.21
2609522--2609573
22
2.5
20
81
9
59
25
0
7
67
1.17
2615702--2615736
17
2.0
18
88
5
54
71
0
0
28
0.86
2618965--2619017
24
2.2
24
86
6
72
0
16
41
41
1.49
2618974--2619023
24
2.1
24
85
7
66
2
14
42
42
1.56
2618965--2619024
27
2.2
27
84
0
84
1
15
41
41
1.56
2621190--2621225
11
3.2
12
88
11
58
30
0
0
69
0.89
2621204--2621261
26
2.1
28
87
6
84
48
0
0
51
1.00
2621301--2621360
30
2.0
30
90
0
93
58
13
1
26
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2627773--2627867
46
2.1
46
100
0
190
35
15
24
24
1.94
2627842--2627891
24
2.1
24
100
0
100
32
20
26
22
1.98
2627796--2627934
70
2.0
70
100
0
278
35
16
24
23
1.94
2627866--2628213
46
7.6
46
88
1
475
40
14
24
20
1.90
2627866--2628208
92
3.7
92
92
0
526
41
14
24
20
1.89
2628492--2628524
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
2643272--2643337
33
2.0
33
100
0
132
45
18
6
30
1.73
2644795--2644848
23
2.3
23
81
9
65
20
3
14
61
1.49
2646121--2646153
11
3.0
11
95
0
57
9
24
9
57
1.58
2648972--2649138
46
3.9
40
80
16
185
38
15
23
22
1.92
2649015--2649187
46
3.8
46
85
0
220
41
15
22
21
1.90
2650171--2650264
46
2.0
46
91
0
152
17
26
21
35
1.95
2651902--2652001
50
2.0
50
92
3
166
34
20
12
34
1.89
2652986--2653019
17
2.0
17
100
0
68
52
5
17
23
1.66
2653552--2653687
26
5.2
26
94
3
229
34
5
23
36
1.77
2657740--2657785
20
2.3
20
92
0
74
15
26
17
41
1.88
2660637--2660683
19
2.5
19
86
10
62
36
0
2
61
1.08
2660637--2660693
18
3.1
19
76
16
50
35
0
1
63
1.05
2660782--2660822
2
20.5
2
100
0
82
51
0
0
48
1.00
2671598--2671646
24
2.0
24
96
0
89
63
4
14
18
1.46
2673765--2673790
11
2.4
11
100
0
52
34
19
15
30
1.93
2674789--2674834
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2674796--2674840
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
2679515--2679562
23
2.0
25
84
8
64
56
18
6
18
1.62
2685655--2685687
14
2.3
15
89
5
50
63
0
3
33
1.10
2686287--2686322
18
1.9
19
88
5
56
19
0
2
77
0.88
2686883--2686930
24
2.0
25
88
12
73
10
0
37
52
1.36
2687046--2687393
46
7.6
46
85
2
405
21
23
13
41
1.88
2689136--2689225
36
2.5
36
98
0
171
25
16
10
47
1.78
2691758--2691818
30
2.0
30
84
6
79
60
3
9
26
1.43
2696881--2696917
18
2.1
18
89
0
56
81
0
16
2
0.81
2696876--2696921
24
1.9
24
86
8
67
78
0
17
4
0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770