genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  251  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75222633--75222715	37	2.2	37	95	2	148	21	19	32	26	1.97
75222646--75222723	37	2.1	37	95	0	138	26	20	30	21	1.98
75225839--75225876	20	1.9	20	94	0	67	18	21	31	28	1.97
75225842--75225885	20	2.2	20	83	0	52	20	25	31	22	1.98
75226285--75226320	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
75231888--75231960	35	2.1	35	94	0	128	38	5	16	39	1.72
75243437--75243519	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
75243637--75244233	47	12.3	47	86	8	777	27	29	9	32	1.89
75243687--75243765	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
75243818--75243857	19	2.1	19	100	0	80	32	20	10	37	1.85
75243771--75243904	66	2.0	66	97	0	250	29	26	10	33	1.90
75243728--75243951	113	2.0	113	98	0	430	28	28	10	32	1.90
75243837--75244233	187	2.1	188	94	0	706	27	29	10	32	1.89
75253236--75253492	40	6.5	39	86	4	288	22	24	28	24	2.00
75253236--75253460	120	1.9	120	85	3	319	22	24	28	24	1.99
75261396--75261619	40	5.7	40	93	1	353	23	23	27	25	2.00
75261353--75261652	80	3.8	80	84	5	344	24	23	27	24	2.00
75261353--75261652	120	2.5	119	83	5	394	24	23	27	24	2.00
75268590--75268772	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	23	2.00
75268569--75268772	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
75273996--75274308	163	1.9	162	94	0	554	25	26	18	29	1.98
75276509--75276727	37	5.9	37	91	0	339	25	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75276772--75277681	48	19.0	48	90	1	1423	30	27	6	35	1.82
75279652--75279677	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
75281167--75281303	40	3.4	40	95	0	229	24	27	21	25	1.99
75281278--75281326	23	2.1	23	100	0	98	26	24	22	26	2.00
75281238--75281366	63	2.0	63	96	0	240	27	25	20	26	1.99
75281301--75281421	40	3.0	40	97	0	224	28	26	19	26	1.98
75281198--75281406	103	2.0	103	97	0	391	27	26	20	25	1.99
75282652--75282867	37	5.9	37	89	3	330	25	32	18	23	1.97
75282912--75283816	48	19.0	48	91	1	1448	30	27	6	35	1.82
75295877--75296015	42	3.2	43	81	3	172	26	16	25	31	1.96
75295877--75296027	43	3.5	43	79	6	162	25	17	25	31	1.97
75297673--75297817	40	3.6	40	99	0	281	22	23	28	25	1.99
75298075--75298118	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
75307431--75307581	40	3.8	40	76	7	130	22	25	23	28	1.99
75314810--75314842	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
75315348--75315417	27	2.5	28	90	2	106	31	14	25	28	1.95
75316958--75316993	15	2.3	15	90	4	54	61	8	8	22	1.51
75319929--75320065	68	2.0	68	92	0	229	35	8	26	30	1.85
75319996--75320296	48	6.3	48	94	0	467	34	7	26	30	1.85
75320341--75320463	37	3.3	37	97	0	228	24	19	32	23	1.97
75322314--75322624	40	7.8	40	90	1	464	26	19	27	26	1.99
75326485--75326996	48	10.7	48	93	0	817	34	8	26	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75327041--75327126	37	2.3	37	95	0	154	22	19	34	23	1.96
75337893--75337952	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
75338234--75338310	8	9.6	8	76	10	77	7	33	32	25	1.85
75338234--75338310	24	3.2	24	90	3	111	7	33	32	25	1.85
75347857--75348073	79	2.7	81	80	11	245	25	26	21	25	2.00
75347890--75348074	40	4.7	40	81	10	218	26	27	22	24	2.00
75353150--75353236	25	3.4	26	67	10	81	45	6	14	32	1.72
75353137--75353238	51	2.0	51	100	0	204	47	7	13	31	1.72
75354307--75354651	48	7.1	48	91	3	557	36	6	25	31	1.83
75354307--75354648	98	3.5	98	93	2	582	36	7	25	30	1.83
75354307--75354651	146	2.4	146	92	2	561	36	6	25	31	1.83
75354800--75354905	37	2.9	37	92	0	167	25	17	30	26	1.98
75357375--75357453	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75358096--75358133	2	19.0	2	88	0	58	44	2	2	50	1.30
75363023--75363204	39	4.6	39	81	11	210	25	27	21	25	1.99
75363004--75363206	40	5.1	40	81	10	222	25	27	21	25	2.00
75366568--75366871	48	6.3	48	88	0	439	26	18	27	27	1.98
75366843--75366955	43	2.6	42	75	14	113	26	19	28	25	1.99
75372190--75372292	29	3.6	29	80	2	109	23	17	32	27	1.97
75373835--75373873	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
75378230--75378448	39	5.6	39	87	1	287	27	24	18	30	1.98
75378231--75378449	117	1.9	117	88	1	332	27	24	17	30	1.97
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75391739--75391850	40	2.8	41	86	9	151	20	28	26	24	1.99
75399782--75399911	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
75404481--75404649	46	3.7	46	76	10	182	24	19	26	30	1.98
75404474--75404644	93	1.8	93	91	0	279	23	20	26	29	1.99
75404874--75404911	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
75409129--75409234	29	3.7	29	89	0	167	39	12	29	18	1.87
75411299--75411514	24	9.0	24	90	1	317	28	20	22	28	1.98
75411565--75411624	20	3.0	20	95	0	111	33	20	11	35	1.88
75411565--75411619	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
75411667--75411714	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
75414040--75414083	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
75414215--75414245	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
75415020--75415052	5	6.8	5	86	6	50	0	24	0	75	0.80
75419132--75419161	14	2.1	15	93	6	53	13	46	0	40	1.43
75429679--75429754	29	2.6	29	85	6	100	27	31	15	25	1.96
75431472--75431526	27	2.0	27	96	0	101	52	25	5	16	1.65
75435126--75435319	27	7.2	27	81	2	176	40	19	9	30	1.83
75435126--75435330	81	2.5	81	80	2	225	40	20	9	30	1.83
75435315--75435427	27	4.2	27	93	0	172	37	15	19	27	1.92
75435315--75435457	54	2.6	54	85	4	173	37	17	19	25	1.94
75435793--75435851	22	2.7	23	81	7	68	20	23	22	33	1.97
75436009--75436116	27	4.0	26	80	5	99	21	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75436234--75436299	6	10.8	6	73	9	53	19	18	10	51	1.75
75441866--75442037	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
75441859--75442034	46	3.8	47	79	12	211	30	29	19	20	1.97
75441867--75442053	46	4.0	44	73	16	139	29	29	19	21	1.98
75449996--75450205	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75456136--75456341	24	8.6	24	96	1	360	36	25	16	20	1.94
75456136--75456341	95	2.2	96	94	0	360	36	25	16	20	1.94
75464033--75464239	24	8.6	24	95	0	351	36	25	17	20	1.94
75465760--75465928	47	3.6	47	74	13	186	28	30	18	21	1.97
75465748--75465974	46	4.9	46	73	13	214	29	29	18	22	1.97
75465748--75465978	93	2.5	93	97	0	435	29	29	19	22	1.98
75467300--75467324	13	1.9	13	100	0	50	16	32	32	20	1.94
75467385--75467521	55	2.5	55	79	2	123	20	27	27	24	1.99
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75477453--75477555	49	2.1	50	81	5	120	22	10	27	39	1.87
75477516--75477564	25	2.0	24	84	4	62	22	10	24	42	1.84
75480368--75480409	22	2.0	22	85	4	59	16	26	42	14	1.86
75481603--75481923	49	6.6	48	80	9	298	23	30	18	27	1.98
75483266--75483435	43	4.0	43	81	3	207	25	17	25	30	1.97
75486014--75486321	47	6.5	48	73	12	176	27	19	27	25	1.99
75488374--75488549	40	4.5	39	82	10	173	25	27	21	26	1.99
75495967--75496137	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75495959--75496134	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
75498508--75498596	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
75498508--75498587	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
75498519--75498596	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
75501564--75501734	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
75501556--75501731	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
75504810--75504981	40	4.3	40	84	2	195	26	26	20	27	1.99
75511945--75512156	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
75511945--75512156	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
75519972--75520182	79	2.7	80	80	3	239	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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