genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.730.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  730  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230938060--230938249	78	2.4	80	82	8	221	24	22	28	24	1.99
230938113--230938249	39	3.5	39	85	6	170	24	21	29	24	1.99
230944686--230944892	53	3.8	53	73	3	189	22	24	15	37	1.93
230946277--230946346	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
230948125--230948149	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
230951489--230951637	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
230951530--230951637	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
230959820--230959991	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
230959813--230959988	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
230962473--230962573	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
230970393--230970493	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
230973651--230973949	50	6.0	50	79	0	285	23	16	25	34	1.95
230973645--230973899	100	2.5	100	86	1	332	24	15	24	34	1.95
230977852--230977893	20	2.1	20	100	0	84	50	19	4	26	1.67
230981318--230981484	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
230989289--230989430	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
230989330--230989490	40	4.2	38	82	10	177	23	23	27	25	2.00
230989370--230989469	34	2.7	36	90	9	150	24	26	26	24	2.00
230996380--230996565	37	4.9	39	90	7	292	24	22	31	22	1.98
230996380--230996565	75	2.4	76	92	2	311	24	22	31	22	1.98
230998272--230998341	27	2.5	28	93	2	115	30	28	14	27	1.95
231003905--231003945	15	2.7	15	85	14	66	14	19	14	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231006517--231006724	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
231006617--231006724	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
231014076--231014182	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
231014036--231014182	79	1.9	79	81	5	181	23	30	24	21	1.99
231014045--231014188	39	3.7	40	82	1	139	23	28	23	24	2.00
231020373--231020539	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
231024531--231024991	123	3.8	123	96	0	816	30	10	25	33	1.90
231024682--231024874	64	3.1	64	59	13	148	28	11	26	33	1.91
231024994--231025203	40	5.2	40	90	1	287	23	20	27	28	1.99
231031439--231031777	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
231031746--231031989	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
231033698--231033801	29	3.6	28	74	10	93	27	17	25	28	1.97
231046790--231046952	71	2.3	70	98	1	317	35	17	27	19	1.94
231054246--231054413	40	4.2	40	88	2	223	27	29	22	21	1.99
231056207--231056281	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
231056265--231056338	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
231064080--231064154	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
231064138--231064211	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
231069462--231069666	24	8.6	24	93	2	324	20	19	24	35	1.96
231069460--231069688	48	4.8	47	81	9	182	22	18	24	34	1.96
231077196--231077378	24	7.6	24	96	0	312	20	18	25	36	1.95
231077196--231077400	48	4.3	48	93	1	304	22	18	24	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231084895--231085113	40	5.5	40	92	3	345	24	28	23	23	2.00
231084895--231085113	81	2.7	79	91	4	343	24	28	23	23	2.00
231089367--231089550	40	4.7	40	82	9	186	23	21	28	26	1.99
231089419--231089583	79	2.1	79	82	8	194	25	20	27	26	1.99
231097414--231097603	40	4.8	38	81	6	177	24	22	27	24	2.00
231099264--231099448	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
231099257--231099448	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
231107313--231107497	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
231107306--231107497	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
231111673--231111781	38	2.8	38	83	10	132	24	24	28	22	1.99
231111633--231111781	39	3.8	38	79	11	142	26	24	26	22	2.00
231111669--231111812	78	1.8	78	83	2	191	24	23	27	24	2.00
231119692--231119875	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
231119732--231119920	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
231122820--231122982	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
231130380--231130497	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
231130348--231130511	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
231133471--231133602	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
231141204--231141335	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
231143245--231143421	46	3.9	44	78	14	187	29	28	20	20	1.98
231143252--231143423	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	20	1.98
231150755--231150928	45	3.8	45	80	13	194	29	30	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231150762--231150931	92	1.8	92	93	2	297	28	30	20	20	1.98
231154747--231154841	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
231154747--231154840	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
231154892--231154951	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
231154994--231155041	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
231162736--231162857	31	4.1	31	94	4	198	24	21	14	39	1.91
231163049--231163120	24	3.0	24	84	10	85	26	25	20	27	1.99
231163171--231163230	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
231163271--231163318	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
231166115--231166145	16	1.9	16	100	0	62	51	9	12	25	1.70
231167707--231167774	32	2.1	32	94	0	118	25	7	25	42	1.80
231168467--231168517	22	2.3	22	93	0	84	27	15	19	37	1.92
231168523--231168587	25	2.6	25	83	11	80	32	24	20	23	1.98
231172770--231172953	40	4.6	40	85	5	214	25	22	26	25	2.00
231172823--231172978	80	2.0	79	80	11	176	27	21	26	25	1.99
231175769--231175881	26	4.3	26	82	6	120	37	23	22	17	1.94
231175769--231175881	54	2.1	52	83	3	136	37	23	22	17	1.94
231177481--231177587	26	4.2	26	89	2	171	36	24	7	31	1.83
231177481--231177587	51	2.1	52	92	1	180	36	24	7	31	1.83
231182727--231182841	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
231182727--231182841	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
231184442--231184544	25	4.2	25	93	3	174	36	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231185606--231185658	17	2.9	19	80	11	65	20	13	7	58	1.59
231185675--231185725	18	2.8	19	77	14	54	35	0	1	62	1.06
231185694--231185726	9	3.7	9	91	0	57	30	0	3	66	1.06
231185675--231185726	15	3.2	16	83	10	61	34	0	1	63	1.06
231186161--231186200	12	3.6	12	83	12	50	30	5	0	65	1.14
231186347--231186392	23	2.0	23	83	4	58	36	10	8	43	1.71
231187595--231187878	134	2.1	137	96	2	520	31	25	18	24	1.97
231188126--231188177	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
231189656--231189762	26	4.2	25	95	3	171	37	24	5	32	1.79
231189656--231189762	50	2.1	51	91	5	173	37	24	5	32	1.79
231193463--231193745	133	2.1	137	95	2	511	31	25	18	24	1.97
231194237--231194289	26	2.0	26	100	0	106	41	22	11	24	1.86
231195528--231195635	25	4.2	25	93	2	171	37	23	5	34	1.78
231199306--231199480	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
231199313--231199483	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
231202045--231202220	46	3.8	46	79	12	207	20	21	29	28	1.98
231202042--231202213	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
231205134--231205210	15	5.4	15	75	16	74	10	16	12	59	1.60
231210311--231210356	19	2.4	19	100	0	92	21	32	23	21	1.98
231212928--231213073	57	2.6	57	80	9	165	31	22	15	30	1.95
231222459--231222499	19	2.1	19	86	4	55	26	17	7	48	1.73
231230388--231230553	66	2.5	66	84	1	219	31	17	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231230912--231231061	42	3.5	42	72	7	149	34	18	22	24	1.96
231230866--231231140	86	3.2	86	86	3	356	35	20	22	22	1.96
231230868--231231004	44	3.2	44	70	8	136	35	19	21	22	1.96
231230913--231231183	86	3.1	86	83	5	253	34	19	22	22	1.96
231232897--231232930	17	2.0	17	88	11	52	20	8	5	64	1.43
231233057--231233102	3	15.3	3	95	0	83	32	2	0	65	1.05
231233473--231233514	3	14.3	3	80	5	50	30	4	2	61	1.29
231233477--231233517	14	2.9	15	89	7	59	31	4	2	60	1.30
231235623--231235738	54	2.1	54	81	12	132	46	3	7	42	1.49
231236475--231236499	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770