Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  171  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
50930153--50930325
93
1.9
93
93
0
301
19
21
31
27
1.97
50933332--50933589
40
6.5
40
91
2
396
25
27
22
24
2.00
50935757--50935792
18
2.0
19
89
10
58
36
27
8
27
1.86
50938681--50938726
20
2.3
20
85
3
58
63
13
0
23
1.30
50940775--50940904
65
2.0
65
100
0
260
26
15
24
33
1.95
50940999--50941148
40
3.8
40
83
5
169
29
22
25
23
1.99
50940995--50941182
40
4.8
38
77
9
155
28
22
25
23
1.99
50953120--50953173
25
2.2
24
83
9
65
59
1
3
35
1.26
50953844--50953887
22
2.0
21
83
12
54
54
0
6
38
1.27
50954198--50954287
41
2.2
41
97
0
171
42
6
11
40
1.67
50956102--50956282
40
4.5
40
90
1
265
24
28
22
24
1.99
50956075--50956286
80
2.7
79
87
3
300
26
27
21
24
1.99
50972249--50972421
46
3.8
45
74
13
163
23
21
26
28
1.99
50972246--50972416
93
1.8
93
89
0
270
23
21
26
28
1.99
50979745--50979916
46
3.8
45
80
11
215
21
21
27
29
1.99
50979742--50979911
92
1.8
92
96
0
313
21
21
28
28
1.99
50987552--50987718
40
4.2
40
79
2
158
22
27
23
26
2.00
50987568--50987716
80
1.9
79
84
6
203
21
27
24
26
1.99
50995530--50995656
40
3.2
39
76
8
130
22
28
24
24
2.00
50997611--50997749
53
2.6
53
78
6
156
25
25
18
30
1.98
50997611--50997769
54
3.0
52
77
8
167
25
25
17
32
1.97
51006592--51006682
37
2.4
38
98
1
175
21
8
15
53
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51014549--51014640
43
2.1
43
100
0
184
40
25
2
32
1.68
51023280--51023322
18
2.4
18
80
7
52
46
2
0
51
1.13
51024940--51025006
27
2.5
27
90
0
107
17
28
13
40
1.88
51036877--51036957
40
2.0
40
100
0
162
34
18
12
34
1.88
51039384--51039410
12
2.2
12
100
0
54
40
33
0
25
1.56
51041078--51041309
47
4.8
47
74
6
151
24
12
26
36
1.91
51041200--51041309
46
2.4
47
78
1
114
21
11
30
36
1.90
51041474--51041515
22
2.0
21
85
4
57
35
11
14
38
1.83
51042812--51042854
3
14.3
3
87
0
59
67
4
0
27
1.10
51042812--51042854
18
2.4
18
96
0
77
67
4
0
27
1.10
51042806--51042853
15
3.2
15
87
0
69
68
4
0
27
1.07
51042945--51042990
7
6.7
7
83
11
60
58
2
0
39
1.10
51042945--51042992
14
3.5
13
86
8
69
60
2
0
37
1.09
51043104--51043239
3
45.0
3
71
12
73
59
0
7
32
1.30
51043104--51043233
17
7.9
17
68
17
69
59
0
7
32
1.31
51043466--51043551
40
2.2
40
86
0
118
66
9
1
23
1.28
51043567--51043611
23
2.0
23
86
0
63
64
0
2
33
1.06
51043880--51043914
18
1.9
18
100
0
70
60
0
11
28
1.32
51046876--51046926
26
1.9
27
84
11
70
19
11
13
54
1.69
51049133--51049157
8
3.1
8
100
0
50
24
0
0
76
0.80
51052134--51052168
12
2.9
12
86
0
52
14
11
20
54
1.70
51052119--51052155
18
2.1
18
89
0
56
16
16
16
51
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51052738--51052845
26
4.2
26
92
0
180
32
6
24
37
1.81
51054466--51054624
27
5.9
27
83
7
182
18
23
22
35
1.95
51054466--51054624
54
3.0
53
90
2
230
18
23
22
35
1.95
51055748--51055802
26
2.1
26
86
0
74
74
10
14
0
1.07
51056959--51057056
24
4.0
25
77
9
112
36
7
2
54
1.40
51056959--51057055
48
2.0
49
88
6
144
37
6
2
54
1.37
51057116--51057163
25
1.9
25
82
0
60
33
8
2
56
1.41
51057325--51057375
23
2.2
23
83
13
61
25
9
3
60
1.45
51057373--51057399
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
51058502--51058568
18
3.7
18
72
4
64
35
11
16
35
1.86
51060128--51060237
44
2.5
44
84
3
139
34
12
22
30
1.92
51060132--51060256
44
2.8
45
81
4
135
33
13
24
28
1.93
51063538--51063631
48
2.0
48
91
0
152
28
27
10
32
1.90
51063890--51063929
11
3.6
11
96
0
71
47
2
17
32
1.61
51063885--51063932
11
4.4
11
91
0
69
45
6
18
29
1.74
51065243--51065301
31
1.9
31
82
0
73
30
23
15
30
1.95
51065259--51065350
46
2.0
46
85
4
123
28
22
21
27
1.99
51065305--51065363
31
1.9
31
100
0
118
25
25
20
28
1.99
51065343--51065519
50
3.5
50
93
0
291
25
22
16
35
1.94
51069249--51069445
105
1.9
105
89
2
306
36
14
12
36
1.85
51069506--51069597
47
2.0
47
88
0
139
32
11
13
42
1.80
51069724--51069880
76
2.1
76
92
0
260
35
15
13
35
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51107371--51107403
1
33.0
1
100
0
66
0
0
0
100
0.00
51116668--51116766
49
2.0
49
86
3
137
30
16
20
33
1.94
51117394--51117440
22
2.1
22
88
0
67
27
14
4
53
1.60
51130410--51130474
21
3.2
20
78
12
80
10
24
21
43
1.84
51130392--51130480
39
2.3
39
96
0
160
12
23
23
40
1.88
51136330--51136457
35
3.5
36
79
11
145
32
23
10
32
1.89
51145033--51145161
50
2.5
51
91
2
206
34
15
22
27
1.94
51145137--51145254
31
3.8
31
95
0
200
25
20
28
25
1.99
51145276--51145543
49
5.7
48
84
6
252
28
14
26
30
1.95
51145276--51145508
49
4.8
49
88
3
262
28
14
26
30
1.95
51145366--51145578
49
4.7
43
86
8
173
28
13
27
30
1.94
51147193--51147218
13
2.0
13
100
0
52
0
23
0
76
0.78
51147830--51147862
12
2.7
13
86
13
52
48
0
0
51
1.00
51147830--51147862
11
2.8
12
90
9
50
48
0
0
51
1.00
51147932--51147972
2
20.5
2
94
0
73
51
46
0
2
1.14
51149536--51149570
8
4.4
8
92
0
61
60
0
2
37
1.12
51149527--51149572
13
3.3
13
80
16
56
56
2
2
39
1.24
51151805--51151844
13
3.1
14
79
17
50
45
15
0
40
1.46
51153566--51153617
20
2.5
20
84
9
61
1
26
1
69
1.10
51154621--51154709
27
3.3
27
77
3
90
28
24
22
24
2.00
51155206--51155436
112
2.1
112
94
0
399
31
18
30
20
1.96
51156060--51156098
16
2.4
16
86
4
51
30
2
0
66
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51158788--51158895
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
51161040--51161501
255
1.8
255
97
0
879
36
17
20
25
1.94
51162657--51162760
55
1.9
55
81
0
127
25
26
28
18
1.98
51166273--51166304
2
16.0
2
93
0
55
50
3
0
46
1.17
51166799--51166902
20
5.2
21
67
17
78
12
25
21
40
1.88
51166781--51166920
39
3.6
39
89
0
208
12
25
22
38
1.90
51169333--51171294
985
2.0
982
88
2
2932
31
17
20
29
1.96
51171305--51172072
393
2.0
393
91
2
1238
33
16
14
34
1.90
51172126--51172320
54
3.6
54
79
10
209
37
15
23
23
1.93
51176403--51176457
25
2.3
25
76
17
64
52
7
3
36
1.47
51184603--51184646
23
1.9
23
90
0
70
25
13
4
56
1.56
51185115--51185141
11
2.5
11
100
0
54
44
0
0
55
0.99
51185939--51185987
25
2.0
25
84
8
64
8
8
34
48
1.62
51186023--51186126
7
13.6
7
72
13
55
25
0
29
43
1.61
51186023--51186224
15
13.7
15
73
15
66
21
0
36
41
1.60
51186023--51186158
14
8.7
15
71
15
62
22
0
33
43
1.59
51186024--51186153
39
3.3
39
90
1
197
23
0
31
43
1.59
51186136--51186614
7
67.0
7
83
8
270
9
4
48
38
1.55
51186598--51186888
7
42.9
7
95
4
438
0
13
60
25
1.39
51186884--51197720
7
1546.6
7
98
1
20952
14
0
42
42
1.45
51199881--51199910
15
2.0
15
100
0
60
46
13
26
13
1.80
51199814--51199981
86
2.0
86
100
0
336
36
16
27
18
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51202006--51202055
15
3.4
15
86
2
66
10
18
12
60
1.59
51203415--51203590
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
51203411--51203582
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
51207203--51207378
46
3.8
46
79
10
205
21
21
28
28
1.98
51207199--51207371
93
1.9
93
93
0
301
21
21
29
27
1.99
51210067--51210097
14
2.2
14
94
0
53
48
12
25
12
1.77
51213129--51213198
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
51213129--51213210
27
3.0
27
80
8
103
29
13
23
34
1.93
51221054--51221123
27
2.5
28
88
2
106
28
14
25
31
1.95
51221054--51221135
27
3.0
27
80
8
103
29
13
23
34
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770