genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  133  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38868556--38868581	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
38869257--38869347	29	3.2	29	81	6	107	29	32	13	24	1.93
38872515--38872698	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
38872555--38872743	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
38875774--38875852	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
38879161--38879225	22	3.0	22	73	13	71	33	21	23	21	1.97
38879367--38879487	41	3.0	41	92	0	197	25	30	23	20	1.98
38879727--38880142	27	15.4	27	80	5	265	31	9	19	40	1.83
38880137--38880214	27	2.9	26	85	9	95	30	17	16	34	1.93
38883489--38883561	28	2.6	29	86	2	103	30	31	15	23	1.95
38887681--38887750	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
38900586--38900761	46	3.8	46	78	12	207	20	21	29	28	1.98
38900583--38900754	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
38903331--38903390	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
38909112--38909212	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
38913828--38913867	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
38914925--38915314	191	2.0	191	98	0	762	36	28	11	24	1.89
38917643--38917729	29	3.0	29	81	1	104	27	13	28	29	1.94
38926089--38926189	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
38932784--38932850	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
38932902--38932982	24	3.3	24	86	6	110	27	19	23	29	1.98
38933192--38933255	31	2.1	31	93	0	110	37	17	21	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38935579--38935729	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
38935616--38935745	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
38940947--38941047	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
38940976--38941051	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
38947149--38947199	20	2.5	20	96	0	93	41	11	17	29	1.85
38947918--38948212	143	2.1	143	98	0	563	21	10	29	38	1.87
38948695--38948826	29	4.6	29	86	0	156	30	15	30	24	1.95
38950285--38950354	24	2.9	24	89	6	106	30	22	18	28	1.98
38950564--38950655	38	2.7	31	76	22	103	34	16	23	25	1.95
38960443--38960475	12	2.8	12	95	0	57	48	0	21	30	1.50
38963281--38963358	40	2.0	40	94	0	138	29	28	19	23	1.98
38973627--38973809	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
38981718--38981863	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
38981750--38981901	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
38983667--38983788	44	2.8	45	80	8	128	33	22	19	24	1.97
38987107--38987264	42	3.7	42	78	8	160	32	23	18	24	1.97
38997899--38998011	42	2.7	42	82	6	113	31	24	20	23	1.98
38997894--38998011	43	2.8	42	79	5	121	33	24	19	22	1.97
39002863--39002992	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
39008976--39009225	40	6.3	40	92	4	395	26	26	22	24	2.00
39011141--39011187	24	2.0	24	100	0	94	40	12	29	17	1.86
39016668--39016752	27	3.1	27	90	5	120	15	23	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39024285--39024348	26	2.4	26	84	5	74	32	23	12	31	1.92
39024453--39024564	27	4.2	26	80	12	118	17	23	21	37	1.94
39024453--39024564	54	2.1	54	84	3	145	17	23	21	37	1.94
39028110--39028206	28	3.5	28	82	0	122	23	14	31	29	1.94
39029585--39029628	22	2.1	20	83	8	52	34	6	18	40	1.77
39032358--39032468	56	2.0	56	96	0	204	33	26	14	26	1.94
39034913--39035036	45	2.7	46	82	9	139	20	20	29	30	1.97
39039391--39039572	46	4.0	46	88	1	240	40	14	23	21	1.91
39039386--39039557	92	1.9	92	88	2	265	40	13	23	22	1.89
39052098--39052126	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
39053306--39053342	5	7.2	5	90	3	56	2	56	40	0	1.13
39053360--39053397	15	2.4	16	86	8	51	28	0	0	71	0.87
39053447--39053502	21	2.7	21	83	8	62	26	0	3	69	1.04
39062471--39062530	20	3.3	19	86	13	83	35	11	20	33	1.88
39062475--39062526	16	3.3	16	86	10	72	36	13	19	30	1.90
39062576--39062743	24	7.0	24	84	4	214	29	19	21	29	1.98
39068806--39068968	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
39076379--39076541	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
39082709--39082811	29	3.6	29	87	0	143	28	15	32	24	1.95
39084397--39084435	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
39084486--39084631	24	6.0	24	89	5	204	29	22	21	26	1.99
39090937--39090973	16	2.3	16	100	0	74	32	16	8	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39095088--39095126	18	2.1	19	85	4	53	30	23	0	46	1.53
39097240--39097445	40	5.2	40	81	5	195	26	20	26	25	1.99
39098876--39099014	45	3.1	45	85	5	190	38	20	20	20	1.93
39098876--39099008	46	3.1	41	84	11	112	39	20	19	21	1.93
39099649--39099757	16	6.7	17	67	20	56	36	19	0	43	1.57
39105239--39105406	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
39113285--39113452	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
39118644--39118834	40	4.8	40	89	2	287	24	22	28	24	1.99
39118640--39118827	79	2.4	80	88	4	290	25	22	27	25	2.00
39118640--39118860	79	2.8	78	84	6	284	25	21	27	24	1.99
39121487--39121654	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
39123029--39123208	40	4.5	40	89	1	263	23	22	28	24	1.99
39128249--39128347	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
39135918--39136016	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
39141928--39142279	49	7.3	49	92	3	563	33	8	28	28	1.87
39155756--39155822	34	2.0	34	100	0	134	35	2	31	29	1.73
39156525--39156565	21	2.0	21	90	0	64	36	21	12	29	1.90
39157346--39157370	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
39162387--39162430	2	21.5	2	90	4	70	47	0	2	50	1.13
39164798--39164922	17	7.5	17	66	22	70	54	2	3	40	1.29
39168591--39168624	9	3.8	9	84	0	50	47	0	2	50	1.16
39168589--39168624	18	1.9	19	88	5	56	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39171248--39171332	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
39173387--39173492	29	3.7	29	97	0	194	25	16	33	24	1.95
39173976--39174074	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
39176966--39177050	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
39179385--39179409	13	1.9	13	100	0	50	40	32	16	12	1.84
39180813--39180868	28	2.0	29	85	3	78	21	41	19	17	1.91
39182723--39182754	16	2.0	16	100	0	64	25	25	25	25	2.00
39197702--39197781	6	13.2	6	81	7	72	67	2	3	26	1.20
39199332--39199534	49	4.2	47	82	6	192	29	19	29	21	1.98
39203548--39203617	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
39211468--39211537	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
39219119--39219149	11	2.8	11	100	0	62	58	22	0	19	1.40
39221758--39221808	24	2.1	24	88	0	75	25	25	29	19	1.99
39221768--39221815	24	2.0	24	87	0	69	25	20	27	27	1.99
39226718--39226999	142	2.0	142	83	4	363	26	19	29	25	1.99
39226823--39227001	49	3.8	48	74	7	161	25	17	30	26	1.98
39230553--39230636	30	2.8	30	85	3	107	19	29	34	16	1.94
39231810--39231842	17	1.9	17	88	11	50	24	18	12	45	1.83
39234090--39234209	41	3.2	41	65	24	118	12	35	1	50	1.50
39234047--39234209	71	2.3	72	91	2	265	12	33	3	51	1.55
39236607--39236691	44	1.9	44	90	4	136	29	11	15	43	1.82
39237295--39237361	33	2.0	33	88	0	98	25	14	20	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39237830--39237860	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
39237809--39237878	25	2.7	26	78	13	72	52	0	1	45	1.09
39238059--39238113	16	3.4	16	79	0	65	36	27	3	32	1.74
39239421--39239468	20	2.6	19	81	12	55	43	14	4	37	1.65
39242553--39242591	14	2.8	14	92	0	60	25	7	28	38	1.83
39245863--39245949	37	2.3	36	90	5	129	26	31	19	22	1.98
39245985--39246143	49	3.2	49	91	0	264	29	27	8	33	1.87
39250644--39250852	46	4.5	46	74	14	180	22	29	19	29	1.98
39250745--39250855	48	2.4	46	79	10	127	22	29	18	28	1.98
39254055--39254103	24	2.0	24	88	0	71	26	20	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770