genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.378.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  378  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116410781--116410851	27	2.6	27	80	4	72	32	22	22	22	1.98
116411193--116411275	33	2.8	28	77	18	87	22	24	26	26	2.00
116411207--116411314	33	3.3	33	93	0	171	25	21	25	28	1.99
116411573--116411629	18	3.4	16	77	13	60	43	21	12	22	1.85
116426689--116426737	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
116427560--116427726	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
116434681--116434729	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
116435550--116435715	40	4.2	39	79	8	160	25	21	27	25	1.99
116441917--116441950	12	2.8	12	86	0	50	35	17	17	29	1.93
116445943--116446123	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
116445945--116446115	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
116457607--116457674	11	6.1	11	72	17	52	66	2	0	30	1.07
116457607--116457645	19	2.0	20	90	5	62	69	0	0	30	0.89
116457607--116457678	12	6.4	11	73	20	51	65	2	0	31	1.07
116462246--116462322	39	2.0	39	97	0	145	20	23	2	53	1.58
116466125--116466207	41	2.0	41	100	0	166	39	14	19	26	1.90
116469537--116469635	26	3.8	26	87	2	137	19	16	25	39	1.91
116470536--116470582	21	2.2	21	96	0	85	29	8	6	55	1.55
116476060--116476118	29	2.0	29	96	0	109	20	13	5	61	1.51
116476423--116476473	21	2.5	21	90	3	77	25	17	54	1	1.53
116476768--116477001	43	5.5	42	83	4	263	25	17	22	34	1.96
116478698--116478860	43	3.8	43	75	13	140	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116480702--116480754	24	2.2	25	93	3	90	67	15	7	9	1.39
116481002--116481041	21	2.0	20	90	5	62	12	32	37	17	1.87
116482195--116482627	96	4.5	97	77	6	369	25	27	17	29	1.97
116482302--116482627	144	2.3	144	88	1	474	26	28	16	28	1.97
116482200--116482613	48	8.6	48	75	4	298	25	28	17	29	1.97
116487504--116487688	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
116487497--116487688	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
116490012--116490216	68	3.0	68	85	2	279	24	21	15	37	1.93
116490023--116490221	66	3.0	68	85	3	267	25	22	14	38	1.92
116490824--116490888	32	2.0	32	100	0	130	26	33	6	33	1.81
116493468--116493550	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
116501046--116501295	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
116509221--116509467	40	6.2	40	88	4	358	22	28	23	25	1.99
116509221--116509467	77	3.1	80	88	4	358	22	28	23	25	1.99
116514367--116514517	40	3.8	40	76	11	132	26	23	27	22	2.00
116514404--116514533	40	3.2	40	76	2	145	23	23	28	24	2.00
116527500--116527707	40	5.2	40	78	4	186	25	23	25	25	2.00
116534292--116534491	27	7.4	27	88	0	283	34	19	21	24	1.96
116535141--116535191	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
116535226--116535259	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
116535256--116535315	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
116541911--116542109	27	7.4	27	87	0	256	34	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116542760--116542810	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
116542865--116542924	27	2.3	26	85	2	75	21	21	21	35	1.96
116555942--116556074	45	3.0	45	89	1	205	27	25	21	24	1.99
116562544--116562616	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
116562544--116562676	29	4.6	30	84	6	141	26	16	31	25	1.96
116576094--116576146	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
116578002--116578132	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
116588734--116588884	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
116588771--116588900	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
116596760--116596901	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
116596798--116596927	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
116614922--116614994	28	2.6	28	86	6	85	45	2	13	38	1.58
116614939--116614994	28	2.0	28	96	0	103	42	3	12	41	1.60
116615172--116615319	40	3.7	40	86	5	199	23	13	28	34	1.93
116618288--116618379	27	3.4	27	87	0	112	26	22	10	40	1.87
116618411--116618534	27	4.7	26	80	10	126	43	20	7	28	1.78
116618511--116618596	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
116618637--116618714	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
116619523--116619591	24	2.8	25	88	4	104	27	24	23	24	2.00
116619522--116619616	24	3.9	24	78	12	86	28	23	23	25	1.99
116619809--116619891	31	2.7	30	87	7	123	30	15	26	27	1.96
116619821--116619891	31	2.3	31	95	2	126	30	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116619905--116619959	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
116619897--116619990	33	2.9	33	74	18	99	23	21	26	28	1.99
116622234--116622324	27	3.4	27	87	1	112	26	23	9	40	1.85
116622355--116622424	27	2.6	27	88	4	97	45	24	4	25	1.71
116622380--116622482	27	3.8	28	76	10	88	44	18	6	30	1.75
116622402--116622486	27	3.1	27	80	13	102	40	15	9	35	1.79
116622527--116622604	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
116623406--116623475	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
116623405--116623500	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
116623406--116623500	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
116623694--116623775	30	2.7	30	92	3	139	29	17	25	28	1.97
116626103--116626192	27	3.4	27	89	3	130	25	22	10	42	1.84
116626223--116626345	27	4.6	27	82	7	144	42	22	7	27	1.80
116626191--116626344	80	1.9	80	84	7	206	40	20	10	28	1.85
116626323--116626408	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
116626449--116626526	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
116627330--116627399	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
116627329--116627424	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
116627330--116627424	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
116627619--116627699	30	2.7	30	92	5	130	29	16	25	28	1.96
116627713--116627766	28	1.9	28	85	7	74	22	22	27	27	1.99
116629987--116630074	27	3.3	27	85	0	104	23	25	9	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116630070--116630212	27	5.3	26	71	13	110	39	20	9	30	1.84
116630068--116630209	54	2.6	54	82	5	164	40	21	9	29	1.84
116630077--116630232	81	1.9	81	85	5	217	42	19	8	29	1.81
116630110--116630233	27	4.6	27	81	6	144	44	20	5	29	1.74
116630110--116630234	54	2.3	54	86	2	171	44	20	5	29	1.75
116630211--116630296	27	3.1	27	79	11	93	41	15	6	36	1.74
116630336--116630413	27	2.9	27	71	17	72	39	20	17	21	1.92
116631222--116631291	25	2.8	25	84	0	86	27	18	22	31	1.97
116631511--116631593	31	2.7	30	90	7	132	30	15	25	28	1.96
116641603--116641703	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
116651892--116651928	11	3.4	11	88	0	56	16	2	0	81	0.81
116651893--116651930	16	2.4	16	90	0	58	18	2	0	78	0.86
116654476--116654621	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
116654508--116654659	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
116661952--116662158	40	5.2	39	81	4	193	24	26	23	25	2.00
116661952--116662157	80	2.6	80	81	4	229	24	26	23	25	2.00
116669992--116670199	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
116669992--116670198	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
116671926--116671957	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
116672774--116672861	37	2.4	37	92	0	140	11	50	12	26	1.74
116674432--116674468	14	2.5	15	91	8	67	54	0	10	35	1.36
116675910--116675943	17	2.0	17	100	0	68	52	5	5	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116675968--116676093	9	14.8	9	71	21	69	47	15	1	35	1.55
116675968--116676233	16	16.9	16	69	17	121	47	15	2	34	1.57
116675985--116676156	30	5.5	30	75	17	147	46	14	2	36	1.57
116675969--116676126	46	3.3	46	87	6	235	46	14	1	36	1.56
116675985--116676219	127	1.9	125	94	1	416	47	14	2	35	1.57
116676112--116676218	46	2.3	46	98	0	205	48	15	1	33	1.56
116681731--116681773	21	2.0	21	90	0	68	27	18	51	2	1.59
116681996--116682081	31	2.7	31	85	3	109	15	6	20	56	1.61
116686497--116686604	26	4.2	26	93	0	189	32	8	24	35	1.85
116693475--116693582	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770