genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.691.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  691  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217767308--217767478	67	2.6	66	81	8	170	32	16	29	21	1.96
217767332--217767514	67	2.8	64	78	9	203	28	16	31	22	1.96
217779139--217779180	19	2.3	19	91	4	68	40	14	11	33	1.82
217780613--217780665	26	2.0	27	88	3	81	20	9	15	54	1.68
217782146--217782284	56	2.4	58	80	8	142	31	20	17	29	1.96
217791138--217791163	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
217791167--217791209	11	3.7	11	79	11	50	83	0	13	2	0.74
217791167--217791205	20	2.0	20	89	0	60	84	0	12	2	0.72
217791236--217791277	21	2.0	22	90	4	68	73	0	26	0	0.83
217793289--217793613	46	7.0	46	84	4	393	40	14	23	21	1.90
217793341--217793412	21	3.2	21	66	27	58	36	11	26	26	1.90
217793304--217793658	96	3.8	93	88	4	416	41	14	23	20	1.89
217793302--217793617	137	2.3	132	80	12	339	41	14	23	20	1.89
217794612--217794754	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
217794612--217794753	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
217794611--217794754	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
217794804--217794864	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
217794906--217794953	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
217796188--217796285	26	3.7	26	85	6	117	42	8	18	30	1.79
217798482--217798560	39	2.0	39	85	9	108	22	30	22	24	1.99
217800238--217800420	40	4.6	39	86	7	219	25	22	26	25	2.00
217800238--217800455	80	2.8	80	80	12	245	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217808265--217808450	40	4.7	40	85	5	218	25	22	26	25	2.00
217808265--217808483	80	2.8	80	78	12	229	26	22	26	24	2.00
217809230--217809277	19	2.6	19	96	3	89	25	27	37	10	1.88
217813354--217813409	31	2.0	30	83	16	75	76	1	12	8	1.08
217814477--217814575	27	3.5	28	88	5	128	27	13	26	33	1.93
217814507--217814588	27	3.0	27	87	5	76	29	14	23	32	1.94
217825572--217825735	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
217832643--217832806	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
217832643--217832840	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
217837801--217838072	48	5.7	48	87	1	305	27	17	24	30	1.97
217837801--217838076	96	2.9	96	85	0	374	27	17	24	30	1.97
217840779--217840869	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
217840965--217841268	49	6.4	49	90	6	482	28	32	9	28	1.88
217840986--217841263	89	3.0	89	91	6	430	28	33	8	29	1.88
217840965--217841214	138	1.8	138	97	0	473	29	33	9	28	1.88
217844642--217844834	29	6.7	29	96	0	341	24	32	16	26	1.96
217845008--217845212	40	5.1	40	93	0	293	24	26	20	27	1.99
217847030--217847120	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
217847216--217847524	49	6.4	49	82	15	401	29	32	9	29	1.88
217847237--217847519	89	3.0	89	89	7	386	28	32	8	29	1.87
217847400--217847516	58	2.1	53	84	9	153	26	32	11	29	1.91
217855066--217855166	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217855066--217855248	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
217858728--217859006	40	7.2	40	93	5	450	29	24	22	23	1.99
217860382--217860407	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
217866897--217867169	40	7.2	40	91	7	421	28	25	22	23	1.99
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217941687--217941818	58	2.3	58	81	4	158	27	25	14	32	1.94
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217984108--217984352	79	3.1	80	87	5	340	25	23	28	22	1.99
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218076334--218076500	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
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218091157--218091322	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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