genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.720.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  720  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227706155--227706325	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
227707745--227707781	18	2.1	18	100	0	74	21	35	27	16	1.94
227709627--227709651	12	2.1	12	100	0	50	24	12	32	32	1.91
227713437--227713511	38	2.0	38	84	5	98	32	18	25	24	1.97
227715226--227715327	29	3.5	29	78	2	98	20	17	33	28	1.96
227716746--227716892	40	3.7	40	97	0	267	25	22	28	23	1.99
227720183--227720651	49	9.8	49	94	2	785	33	8	29	29	1.86
227720183--227720651	195	2.4	192	93	2	802	33	8	29	29	1.86
227723009--227723169	40	4.1	40	90	0	252	24	21	29	24	1.99
227726458--227726828	49	7.8	49	94	3	607	33	8	29	29	1.86
227735915--227736044	40	3.3	39	78	6	154	23	27	23	25	2.00
227735931--227736040	39	2.8	37	84	9	130	21	29	24	24	1.99
227735931--227736081	40	3.8	40	77	11	141	22	26	23	27	1.99
227743854--227744021	40	4.2	40	80	3	169	24	26	22	26	2.00
227743870--227744019	80	1.9	80	82	8	189	23	26	23	26	2.00
227749893--227750060	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
227749909--227750058	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
227759372--227759497	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
227759311--227759497	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
227766399--227766596	40	4.9	40	89	4	278	29	20	24	25	1.99
227766399--227766624	40	5.7	40	87	4	264	28	20	25	25	1.99
227771689--227771728	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227773380--227773440	1	61.0	1	80	0	50	86	1	3	8	0.73
227773379--227773440	11	6.0	10	83	12	81	85	1	3	9	0.78
227773380--227773440	10	5.6	11	78	14	65	86	1	3	8	0.73
227773379--227773441	33	1.9	32	87	3	90	84	1	4	9	0.84
227778650--227778688	18	2.1	18	85	4	51	25	35	15	23	1.94
227779927--227779974	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
227782721--227782972	47	5.3	47	91	3	378	28	29	8	32	1.87
227782771--227782849	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
227782726--227782972	49	5.1	49	93	2	376	28	29	8	32	1.88
227787009--227787213	40	5.1	40	87	0	293	25	28	21	24	1.99
227789291--227789636	49	7.2	48	95	1	565	28	30	9	32	1.88
227791001--227791168	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
227798999--227799166	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
227805489--227805657	40	4.2	40	90	1	259	21	17	30	30	1.96
227824887--227825064	40	4.4	40	91	0	284	21	20	29	28	1.98
227827862--227827970	51	2.1	52	98	1	211	33	5	23	36	1.78
227827862--227827970	26	4.2	26	92	2	184	33	5	23	36	1.78
227829743--227830027	135	2.1	136	97	1	536	24	18	25	31	1.98
227829823--227830034	64	3.2	64	64	22	157	24	20	25	29	1.99
227833685--227833792	50	2.1	52	93	3	184	33	4	25	37	1.76
227833685--227833792	26	4.2	26	94	4	184	33	4	25	37	1.76
227835571--227835856	136	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227839535--227839643	51	2.1	52	94	1	193	33	4	24	37	1.76
227839535--227839643	26	4.2	26	96	2	193	33	4	24	37	1.76
227841122--227841174	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
227841422--227841680	134	1.9	136	97	1	495	25	17	25	31	1.97
227842506--227842730	9	24.6	9	76	8	150	47	13	1	38	1.51
227842506--227842730	18	12.3	18	75	8	168	47	13	1	38	1.51
227842506--227842677	27	6.2	27	78	9	166	45	13	1	38	1.54
227842534--227842754	113	1.9	114	85	4	304	47	13	1	38	1.51
227848369--227848419	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
227848671--227848737	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
227848810--227849098	43	6.8	43	90	4	444	25	31	19	24	1.98
227848810--227849098	85	3.4	86	90	3	444	25	31	19	24	1.98
227850937--227851012	22	3.4	22	89	7	118	28	25	17	28	1.97
227851069--227851145	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
227851058--227851147	40	2.3	41	88	1	123	31	21	12	35	1.90
227851078--227851136	11	5.7	11	69	15	54	30	20	13	35	1.91
227851069--227851147	20	4.0	20	93	0	140	32	20	11	35	1.88
227851184--227851231	25	1.9	25	82	0	60	27	16	22	33	1.96
227852466--227852802	27	12.6	27	84	5	389	39	9	23	28	1.85
227852473--227852833	80	4.5	80	81	5	302	38	9	24	28	1.86
227863949--227864116	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
227872052--227872203	38	3.9	40	71	13	129	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227876212--227876393	40	4.6	39	79	8	181	25	21	26	26	1.99
227876211--227876390	79	2.3	80	80	10	208	25	21	26	26	2.00
227878645--227878683	21	1.9	20	89	5	60	41	20	5	33	1.74
227879818--227879893	36	2.1	36	82	4	91	31	11	13	43	1.80
227879832--227879923	36	2.6	34	78	14	87	35	14	7	42	1.74
227883372--227883556	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
227883373--227883564	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
227899143--227899323	78	2.3	80	84	7	237	25	27	22	24	2.00
227899141--227899323	40	4.7	40	84	9	225	26	27	21	24	2.00
227906337--227906424	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
227913778--227913865	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
227917301--227917479	78	2.3	80	84	8	233	25	27	22	25	2.00
227917299--227917479	40	4.6	39	84	8	208	25	27	22	24	2.00
227932273--227932330	30	1.9	30	86	6	82	18	29	31	20	1.97
227933816--227933869	23	2.3	23	100	0	108	33	16	11	38	1.84
227946600--227946828	40	5.8	40	93	2	365	21	23	28	25	1.99
227946600--227946854	78	3.2	79	90	4	374	22	23	28	25	1.99
227956487--227956654	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
227963991--227964157	40	4.2	40	82	2	176	24	26	22	26	2.00
227970853--227971037	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
227970852--227971058	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
227970851--227971058	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227975030--227975118	38	2.3	40	80	7	103	31	22	20	25	1.98
227974936--227975394	153	3.0	153	87	2	654	31	18	23	26	1.98
227975452--227975495	21	2.0	23	86	8	65	25	2	25	47	1.63
227975742--227975786	19	2.3	20	78	17	51	42	4	6	46	1.50
227980206--227980413	9	24.0	9	72	10	105	47	17	0	34	1.55
227980216--227980282	33	2.1	30	86	8	89	55	14	0	29	1.40
227980227--227980303	24	3.5	24	67	20	76	55	12	0	31	1.38
227980202--227980405	42	4.8	42	81	8	207	47	17	0	33	1.55
227980258--227980325	33	2.1	33	85	0	91	52	11	2	32	1.53
227982456--227982606	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
227993892--227993966	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
227994002--227994028	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
227999906--228000044	44	3.2	42	76	13	138	29	17	22	30	1.97
228001745--228001793	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
228002615--228002781	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
228009746--228009794	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
228010616--228010782	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
228014285--228014421	46	2.8	49	87	9	176	27	29	21	20	1.98
228018010--228018181	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
228018002--228018177	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
228020560--228020648	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
228020560--228020639	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228020571--228020648	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
228023586--228023758	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
228023594--228023763	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
228025341--228025547	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
228025341--228025545	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
228033390--228033597	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
228033390--228033595	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
228037169--228037258	27	3.2	27	79	7	92	33	24	23	18	1.97
228044961--228045118	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
228044961--228045148	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770