genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  201  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60150633--60150843	46	4.5	46	77	8	196	28	18	30	22	1.97
60152028--60152068	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
60168969--60169091	46	2.7	47	85	11	173	26	30	16	26	1.96
60173516--60173642	47	2.7	47	82	4	139	25	22	28	24	1.99
60180090--60180188	28	3.5	28	79	6	101	29	27	15	28	1.96
60183921--60184084	46	3.5	46	78	8	149	29	15	29	26	1.96
60186776--60186815	21	1.9	21	84	0	53	32	17	7	42	1.77
60188538--60188755	48	4.5	48	78	5	217	20	18	27	33	1.96
60188536--60188755	96	2.3	96	85	4	293	20	18	28	32	1.96
60196321--60196363	23	1.9	22	85	4	59	46	11	2	39	1.53
60201165--60201338	40	4.4	40	81	7	176	25	27	21	25	1.99
60201198--60201341	40	3.6	40	88	4	211	25	27	23	23	2.00
60204103--60204198	42	2.3	42	83	1	111	31	23	16	28	1.96
60204084--60204198	43	2.7	43	79	1	124	30	25	17	26	1.97
60214022--60214104	43	1.9	43	90	0	130	32	14	24	28	1.94
60214327--60214360	18	1.9	17	88	5	50	61	0	2	35	1.11
60216732--60216809	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
60216681--60217093	47	8.7	47	87	7	582	29	31	7	31	1.84
60216681--60217093	96	4.3	94	90	5	616	29	31	7	31	1.84
60220834--60221097	43	6.1	43	96	0	465	31	32	21	13	1.93
60221092--60221294	40	5.1	40	83	4	140	24	28	22	24	2.00
60228599--60228724	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60228538--60228724	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
60230731--60230820	25	3.6	25	93	0	153	24	24	25	25	2.00
60231027--60231194	27	6.3	27	76	6	171	27	19	16	36	1.93
60231026--60231194	54	3.1	54	93	1	277	27	18	17	36	1.93
60231177--60231625	27	16.6	27	78	6	189	30	9	21	38	1.86
60231232--60231604	54	6.9	54	81	4	362	30	10	21	38	1.86
60231232--60231625	81	4.9	81	78	5	359	29	9	21	38	1.86
60236141--60236316	46	3.8	46	75	12	171	21	21	28	28	1.99
60236138--60236309	93	1.8	93	91	0	281	22	22	28	27	1.99
60251622--60251738	47	2.5	47	80	9	130	36	19	21	22	1.95
60251766--60251947	55	3.4	54	85	5	251	35	17	24	22	1.95
60253893--60253971	39	2.0	39	97	0	149	30	25	12	31	1.93
60256128--60256254	62	2.0	62	83	3	157	25	26	22	25	2.00
60256713--60256807	33	2.8	33	83	1	118	25	29	20	25	1.99
60258526--60258569	22	2.0	22	100	0	88	36	13	18	31	1.90
60261909--60261948	19	2.2	19	90	4	64	50	0	12	37	1.41
60286615--60286787	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
60289737--60289805	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
60289728--60289815	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
60293588--60293714	41	3.1	41	89	1	193	37	23	1	37	1.65
60295202--60295341	40	3.5	40	76	6	149	25	25	26	23	2.00
60300996--60301179	40	4.6	40	81	9	216	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60300996--60301186	80	2.4	80	85	6	244	24	24	27	24	2.00
60307929--60307999	20	3.6	19	77	7	70	33	16	29	19	1.94
60307929--60308073	20	7.2	20	67	10	64	33	15	31	19	1.93
60307976--60308129	40	3.8	40	85	0	209	33	14	31	20	1.93
60307976--60308129	80	1.9	80	90	0	245	33	14	31	20	1.93
60308763--60308818	28	1.9	29	82	7	69	50	23	0	26	1.50
60312284--60312371	27	3.4	27	63	15	78	31	4	28	35	1.77
60312289--60312701	49	8.8	49	88	6	579	31	7	30	30	1.84
60312347--60312407	18	3.3	18	75	20	72	32	1	31	34	1.68
60312340--60312413	37	2.0	37	100	0	148	32	2	32	32	1.72
60312340--60312392	18	2.9	17	73	24	54	33	1	33	30	1.69
60315013--60315055	21	2.0	21	100	0	86	23	18	18	39	1.92
60322462--60322520	27	2.2	27	82	11	68	32	18	20	28	1.96
60322474--60322538	27	2.4	28	84	5	80	29	15	16	38	1.90
60324331--60324482	42	3.6	42	85	3	207	28	23	16	31	1.96
60326341--60326416	40	1.9	40	86	5	109	21	18	31	28	1.97
60326425--60326501	28	2.8	28	87	0	109	31	11	27	29	1.92
60336524--60336599	5	14.8	5	72	20	52	76	1	3	18	1.01
60336544--60336605	6	10.0	6	75	13	54	79	1	3	16	0.95
60340832--60340884	26	2.0	26	96	0	97	16	15	16	50	1.78
60341995--60342027	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
60344618--60344662	21	2.1	21	100	0	90	33	15	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60346668--60346761	42	2.2	42	90	0	143	30	23	14	30	1.95
60347605--60347633	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
60353331--60353389	23	2.5	24	88	2	84	37	16	20	25	1.93
60357006--60357341	47	7.1	47	91	2	510	30	12	30	25	1.93
60357028--60357341	145	2.2	143	93	2	524	30	12	30	25	1.93
60357174--60357249	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
60357315--60357402	46	1.9	46	85	0	122	31	9	32	26	1.87
60357554--60357732	37	4.8	37	95	0	304	24	17	31	26	1.97
60362148--60362189	20	2.1	20	90	0	66	35	7	11	45	1.69
60367053--60367193	55	2.6	55	84	6	178	27	29	27	14	1.96
60375376--60375595	40	5.6	40	92	2	347	25	30	20	22	1.99
60383448--60383628	40	4.6	40	90	2	267	25	30	21	22	1.99
60385415--60385759	40	8.7	40	82	3	367	28	26	22	22	1.99
60391431--60391556	39	3.2	39	86	2	173	21	21	26	30	1.98
60393426--60393528	37	2.8	37	92	0	179	24	31	20	24	1.98
60393661--60393871	48	4.2	48	80	12	244	33	24	6	36	1.80
60393708--60393873	58	3.0	57	76	16	206	33	22	6	37	1.79
60393659--60393873	106	2.0	105	91	0	349	33	23	6	36	1.80
60395899--60396083	40	4.6	40	81	4	221	23	27	23	24	2.00
60402917--60403083	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
60402917--60403083	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
60403906--60403951	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60415117--60415258	40	3.6	40	93	2	225	22	28	23	26	1.99
60418663--60418844	40	4.6	40	95	2	314	23	23	27	25	2.00
60424204--60424281	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
60429591--60429810	40	5.6	40	95	2	376	23	22	27	26	1.99
60434591--60434720	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
60437304--60437372	36	1.9	36	93	0	120	27	14	7	50	1.69
60441017--60441130	29	4.0	29	86	6	144	28	28	15	27	1.96
60441346--60441400	16	3.4	16	80	9	67	10	20	21	47	1.80
60441350--60441395	24	1.9	24	86	0	65	10	19	23	45	1.82
60441350--60441396	8	5.9	8	84	0	58	10	21	23	44	1.83
60444439--60444614	46	3.8	46	77	10	187	22	20	27	29	1.98
60444436--60444607	93	1.8	93	91	0	281	22	20	27	28	1.99
60453322--60453452	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
60453321--60453452	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
60455132--60455307	46	3.8	46	76	12	189	22	19	27	30	1.98
60455129--60455300	93	1.8	93	92	0	290	22	20	27	29	1.98
60471761--60471936	46	3.8	46	79	12	216	21	20	28	29	1.98
60471758--60471929	93	1.8	93	96	0	317	21	20	29	28	1.98
60482743--60482808	33	2.0	33	100	0	132	27	18	24	30	1.98
60484080--60484128	12	4.1	12	79	7	55	32	8	2	57	1.40
60490238--60490352	42	2.7	42	82	1	131	28	24	15	31	1.96
60490232--60490393	43	3.8	42	79	6	157	29	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60490232--60490393	85	1.9	84	80	9	186	29	25	15	30	1.96
60492002--60492096	20	4.8	20	89	0	118	41	21	5	32	1.75
60492002--60492096	40	2.4	40	87	0	136	41	21	5	32	1.75
60491971--60492096	60	2.1	58	82	5	146	42	19	5	32	1.74
60492273--60492339	24	2.9	23	75	6	73	37	19	19	23	1.94
60498322--60498429	6	17.8	6	75	16	89	51	14	13	19	1.75
60498324--60498429	30	3.5	30	87	6	151	51	15	13	19	1.75
60498785--60498843	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
60498931--60499013	27	3.1	26	84	5	103	38	21	20	19	1.93
60499212--60499407	27	7.3	27	86	0	248	25	19	19	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770