genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.530.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  530  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164530620--164530734	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
164530620--164530753	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
164535889--164536001	42	2.6	45	87	8	162	35	23	20	20	1.96
164535843--164536132	44	6.7	43	72	11	191	34	21	25	19	1.96
164535929--164536343	86	4.8	88	77	9	368	34	21	23	20	1.97
164535839--164536088	131	1.9	131	83	6	328	33	22	24	19	1.97
164538105--164538203	24	4.0	24	74	12	94	35	7	2	55	1.39
164538106--164538198	49	1.9	48	86	6	134	34	6	2	56	1.37
164550922--164551047	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
164550861--164551047	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
164558994--164559119	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
164558933--164559119	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
164562186--164562299	45	2.6	45	90	5	171	35	24	20	20	1.96
164562136--164562394	44	5.9	44	73	11	192	33	22	24	18	1.97
164562147--164562430	44	6.5	44	72	11	167	34	21	25	18	1.96
164562226--164562641	86	4.7	87	78	9	380	34	21	24	19	1.97
164565122--164565307	80	2.3	79	81	9	209	26	22	26	24	2.00
164565159--164565311	40	3.8	40	82	3	182	24	23	26	24	2.00
164573232--164573417	80	2.3	81	83	10	224	26	22	25	25	2.00
164573231--164573421	40	4.8	40	79	4	190	26	22	26	25	2.00
164575653--164575683	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
164575859--164575957	24	4.0	24	74	12	94	35	7	2	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164575860--164575952	49	1.9	48	86	6	134	34	6	2	56	1.37
164576265--164576334	27	2.6	27	95	0	113	32	8	2	55	1.45
164580369--164580498	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
164588463--164588592	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
164590569--164590628	24	2.5	24	89	2	86	45	6	31	16	1.74
164590696--164590791	35	2.7	35	85	6	115	43	3	27	26	1.69
164594011--164594063	12	4.7	11	78	19	56	47	3	0	49	1.19
164595293--164595324	15	2.1	15	100	0	64	25	12	18	43	1.85
164599656--164599702	24	2.0	24	100	0	94	34	0	17	48	1.47
164605904--164605975	36	2.0	36	100	0	144	30	30	5	33	1.81
164607539--164607570	14	2.3	14	94	0	55	21	9	9	59	1.57
164614506--164614733	40	5.8	40	92	3	356	21	23	28	25	1.99
164614506--164614759	40	6.5	40	90	4	349	22	23	27	25	2.00
164614506--164614759	78	3.2	79	88	5	365	22	23	27	25	2.00
164634891--164635058	46	3.6	45	77	13	189	20	21	29	28	1.98
164634888--164635059	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
164637155--164637192	17	2.2	17	90	0	58	26	5	10	57	1.53
164649219--164649264	20	2.3	20	92	0	74	26	30	26	17	1.97
164651474--164651600	45	2.8	45	84	2	148	22	18	18	40	1.92
164657182--164657332	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
164657218--164657348	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
164665146--164665310	40	4.2	39	75	6	147	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164665147--164665294	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
164665146--164665310	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
164669444--164669491	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
164669630--164669748	24	5.0	24	89	9	181	29	21	21	27	1.98
164669631--164669727	47	2.1	47	96	3	178	29	20	20	28	1.98
164677437--164677484	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
164677596--164677715	24	5.0	24	84	11	149	29	23	21	25	1.99
164677598--164677716	47	2.5	47	86	9	161	29	22	21	26	1.99
164677908--164677971	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
164686655--164687020	49	7.7	49	92	3	538	29	30	7	32	1.85
164692029--164692066	19	2.0	19	85	10	51	71	0	13	15	1.16
164700194--164700365	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
164700186--164700361	46	3.8	46	81	10	223	28	30	21	20	1.98
164700237--164700380	46	3.1	46	75	11	150	29	29	20	20	1.98
164701353--164701493	40	3.5	40	80	5	135	21	26	24	27	1.99
164709334--164709485	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
164709334--164709485	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
164713126--164713290	40	4.2	40	79	5	167	24	27	21	25	1.99
164713142--164713250	38	2.8	37	84	5	128	24	30	22	22	1.99
164713142--164713289	78	1.9	77	83	6	192	24	28	22	25	1.99
164714116--164714161	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
164721124--164721290	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164721124--164721290	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
164722115--164722160	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
164733169--164733372	40	5.2	40	91	4	308	27	28	21	22	1.99
164733169--164733372	78	2.6	80	90	3	308	27	28	21	22	1.99
164739493--164739532	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
164741132--164741297	40	4.2	40	92	2	255	27	28	22	22	1.99
164753114--164753289	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
164753111--164753282	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
164763811--164763883	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
164768802--164768904	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
164771032--164771072	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
164773057--164773228	39	4.5	38	93	2	281	19	22	30	27	1.98
164773057--164773228	77	2.2	77	93	0	290	19	22	30	27	1.98
164775322--164775518	94	2.1	94	90	0	304	28	14	23	32	1.94
164775360--164775795	44	9.5	44	69	10	194	31	16	21	30	1.95
164775357--164775796	89	4.8	89	73	9	249	31	16	21	30	1.95
164776898--164776935	19	2.1	18	90	5	58	23	0	2	73	0.95
164776963--164777015	9	6.0	9	77	4	54	24	3	1	69	1.15
164777126--164777183	6	9.5	6	78	10	64	17	3	0	79	0.87
164777115--164777190	13	6.2	13	82	8	81	17	5	0	77	0.94
164777124--164777183	7	8.6	7	72	20	54	18	3	0	78	0.89
164779944--164780009	32	2.1	32	85	5	89	54	1	0	43	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164780582--164780639	17	3.2	19	69	11	50	63	1	1	32	1.14
164780582--164780660	36	2.2	34	84	6	95	64	2	1	31	1.15
164783989--164784030	18	2.4	18	92	4	68	45	4	28	21	1.72
164790598--164790743	40	3.7	39	73	6	107	26	22	26	23	2.00
164790601--164790752	80	1.9	80	80	8	175	25	23	27	24	2.00
164798714--164798822	40	2.7	40	81	0	119	21	24	30	23	1.99
164798671--164798822	80	1.9	80	81	8	184	25	23	27	23	2.00
164806681--164806829	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
164806722--164806829	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
164813181--164813254	33	2.2	33	95	0	130	29	22	21	25	1.99
164821814--164821868	28	2.0	28	100	0	110	18	10	23	47	1.80
164823367--164823404	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
164829642--164829710	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
164831337--164831374	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
164837184--164837350	40	4.2	40	79	2	167	23	27	22	25	2.00
164841190--164841373	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
164841230--164841418	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
164849713--164849747	15	2.4	15	90	4	54	48	0	2	48	1.16
164849776--164849811	12	3.3	11	88	11	56	61	0	0	38	0.96
164850010--164850040	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
164850102--164850141	12	3.4	12	82	3	55	60	2	0	37	1.11
164850602--164850644	20	2.2	20	88	12	63	34	2	62	0	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164855830--164856001	93	1.8	93	87	0	254	29	29	20	21	1.98
164855822--164856000	46	3.9	46	78	4	198	29	28	20	21	1.98
164858510--164858670	29	5.5	29	74	5	114	36	10	27	25	1.89
164858529--164858667	58	2.4	58	85	6	199	37	11	26	24	1.89
164858567--164858692	59	2.2	58	86	1	171	39	12	27	19	1.88
164871678--164871980	29	10.5	28	78	10	263	39	13	24	22	1.90
164871678--164871862	57	3.2	58	92	1	293	41	14	24	20	1.89
164871678--164871867	29	6.6	29	86	4	269	41	13	24	20	1.89
164871678--164871874	86	2.3	86	86	1	288	41	14	23	20	1.89
164871653--164871960	114	2.7	114	79	5	345	38	14	24	22	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770