genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.400.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  400  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122953561--122954613	73	14.3	73	85	5	1259	34	19	15	30	1.93
122953561--122954593	220	4.7	220	93	1	1696	33	19	15	30	1.93
122954698--122954819	41	3.0	40	88	7	176	30	21	23	24	1.99
122955415--122955441	14	1.9	14	100	0	54	14	0	48	37	1.45
122955622--122955769	41	3.6	41	93	0	244	23	19	29	27	1.98
122956468--122956506	14	2.8	14	92	0	60	12	0	30	56	1.37
122958191--122958308	39	3.0	39	96	0	209	20	24	32	22	1.98
122960250--122960300	20	2.5	20	74	0	57	19	0	33	47	1.50
122960250--122960300	13	3.8	13	72	12	50	19	0	33	47	1.50
122960504--122960537	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
122964075--122964146	33	2.2	33	80	5	83	19	26	12	41	1.87
122965186--122965236	13	3.8	13	75	12	50	72	3	0	23	1.01
122965665--122965694	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
122969908--122969943	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
122979363--122979504	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
122979402--122979530	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
122987358--122987499	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
122987397--122987525	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
122995791--122995816	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
123002456--123002643	39	4.8	39	88	0	223	23	30	21	23	1.99
123002492--123002644	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
123002461--123002643	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123010461--123010613	39	3.9	39	92	0	243	23	31	20	24	1.98
123017121--123017181	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
123021560--123021620	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
123026103--123026145	16	2.7	16	85	0	59	9	20	18	51	1.74
123034686--123034846	29	5.6	29	87	0	214	26	15	32	25	1.95
123042718--123042878	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
123043701--123043734	17	2.1	16	88	5	50	52	0	17	29	1.45
123049430--123049600	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
123057443--123057613	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
123068323--123068381	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
123070814--123071044	48	4.8	49	79	11	228	25	20	29	24	1.99
123070676--123071041	194	1.9	187	81	8	434	26	18	29	25	1.98
123070819--123071042	96	2.3	97	83	9	271	25	20	29	24	1.99
123074586--123074729	46	3.1	44	72	15	114	30	29	18	21	1.97
123075267--123075303	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
123078067--123078268	46	4.4	45	80	12	175	23	29	20	26	1.99
123078103--123078318	46	4.7	45	77	10	161	22	30	19	27	1.98
123081649--123081685	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
123087126--123087375	46	5.4	45	74	15	167	29	18	28	24	1.98
123097971--123098102	30	4.5	30	85	9	164	28	25	13	31	1.94
123097970--123098102	59	2.3	58	84	5	169	28	26	13	31	1.94
123105460--123105590	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123105459--123105590	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
123112836--123112957	46	2.7	46	86	10	153	20	21	28	29	1.98
123115907--123115975	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
123115898--123115985	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
123118371--123118546	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
123118367--123118538	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
123120931--123121032	29	3.6	29	81	4	118	21	16	32	29	1.95
123122952--123123166	46	4.6	47	77	8	179	28	21	26	22	1.99
123123186--123123307	49	2.5	49	81	4	129	28	23	27	20	1.99
123124466--123124521	21	2.7	21	100	0	112	16	37	25	21	1.93
123128574--123128645	29	2.5	29	100	0	144	26	31	15	26	1.95
123128515--123128645	58	2.3	58	81	2	147	23	34	16	25	1.95
123128485--123128646	87	1.9	86	80	5	191	24	33	17	25	1.96
123136578--123136708	29	4.5	29	82	7	140	23	33	16	25	1.96
123140959--123141008	24	2.1	24	100	0	100	30	16	20	34	1.94
123147857--123147926	29	2.3	29	80	9	79	31	22	0	45	1.53
123154369--123154575	38	4.9	38	71	20	153	28	16	24	30	1.96
123154397--123154535	48	2.9	48	86	1	199	30	16	21	30	1.95
123156135--123156166	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
123156134--123156426	49	5.9	49	75	9	234	26	17	25	29	1.98
123156180--123156463	149	1.9	151	84	2	385	27	19	26	27	1.98
123156636--123156665	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123158077--123158193	18	6.5	18	96	2	200	19	28	36	15	1.92
123158616--123159294	337	2.0	336	85	3	911	33	21	13	30	1.93
123164553--123164653	52	1.9	52	97	0	193	34	16	28	19	1.94
123168768--123168811	22	2.0	22	100	0	88	45	4	9	40	1.56
123170331--123170493	70	2.3	71	97	1	310	19	27	17	35	1.94
123170331--123170527	70	2.8	69	90	4	265	20	27	17	34	1.95
123177903--123178066	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
123177903--123178100	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
123186707--123186855	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
123186748--123186855	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
123192251--123192458	40	5.2	40	77	4	177	26	22	26	25	2.00
123192255--123192462	80	2.6	80	78	2	195	26	22	26	25	2.00
123195243--123195425	66	2.8	64	77	9	194	30	17	29	22	1.97
123200091--123200268	46	3.8	46	78	7	180	30	27	19	22	1.98
123207406--123207489	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
123210592--123210691	29	3.5	29	79	1	112	27	32	16	25	1.96
123212366--123212409	21	2.0	22	83	12	56	54	13	11	20	1.69
123218594--123218761	40	4.2	40	78	6	153	23	25	22	27	2.00
123218610--123218759	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	28	1.99
123221159--123221351	43	4.5	43	78	6	169	25	15	24	34	1.94
123221158--123221351	86	2.3	86	79	3	212	26	14	24	34	1.94
123234731--123234827	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123235449--123235509	27	2.3	27	91	0	95	29	14	13	42	1.84
123235465--123235615	54	2.8	54	85	2	142	30	9	19	41	1.82
123235463--123235615	81	1.9	81	85	5	211	31	9	18	40	1.82
123235492--123235615	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
123235599--123235669	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
123235492--123235615	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
123235489--123235642	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
123239790--123239976	71	2.7	68	92	5	272	19	28	17	34	1.94
123239813--123239976	71	2.3	71	98	0	319	19	28	17	35	1.94
123239815--123240010	71	2.8	70	91	3	263	20	28	16	34	1.95
123246619--123246773	72	2.2	71	84	13	196	19	29	20	31	1.97
123254869--123255018	39	3.9	39	92	3	259	26	24	23	26	2.00
123254873--123255018	76	1.9	77	94	1	258	26	23	23	26	2.00
123258191--123258423	99	2.3	101	84	2	292	26	16	27	30	1.97
123258192--123258436	49	4.9	49	82	2	256	26	17	26	29	1.97
123266515--123266579	26	2.4	26	82	5	76	33	23	12	30	1.91
123267647--123267719	26	2.8	26	97	0	137	24	23	26	26	2.00
123267769--123267845	20	3.8	20	96	0	136	32	19	12	35	1.90
123267769--123267844	11	7.5	11	74	16	83	31	19	13	35	1.90
123272905--123273081	46	3.8	46	75	4	167	29	28	19	22	1.98
123272913--123273085	93	1.9	93	91	0	283	28	28	19	22	1.98
123278924--123279072	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123278965--123279072	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
123287021--123287169	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
123287062--123287169	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
123289799--123289871	26	2.8	26	82	0	101	27	21	24	26	2.00
123289929--123289985	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
123289921--123289997	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
123289921--123289996	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
123291811--123291922	27	4.2	26	81	12	127	16	23	22	37	1.94
123291811--123291922	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
123294013--123294057	20	2.2	20	88	0	63	46	2	13	37	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770