genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.621.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  621  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194623772--194623943	94	1.8	95	86	3	249	27	18	30	23	1.98
194623768--194623944	47	3.8	47	77	10	200	27	18	31	23	1.98
194625086--194625124	21	1.9	20	84	5	51	15	38	25	20	1.92
194631483--194631666	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
194646629--194646734	37	2.8	38	94	2	187	24	22	13	39	1.90
194646688--194646751	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
194646942--194647013	24	3.0	24	84	10	85	26	25	20	27	1.99
194647064--194647123	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
194647166--194647213	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
194650016--194650046	16	1.9	16	100	0	62	51	9	12	25	1.70
194651608--194651675	32	2.1	32	94	0	118	25	7	25	42	1.80
194652368--194652418	22	2.3	22	93	0	84	27	15	19	37	1.92
194652424--194652488	25	2.6	25	83	11	80	32	24	20	23	1.98
194656673--194656856	40	4.6	40	85	5	214	25	22	26	25	2.00
194656726--194656881	80	2.0	79	80	11	176	27	21	26	25	1.99
194658476--194658533	25	2.3	25	87	0	80	22	15	24	37	1.93
194658488--194658528	14	3.1	14	76	16	52	21	14	29	34	1.93
194658488--194658563	25	3.0	25	82	0	89	21	15	26	36	1.93
194663001--194663200	40	5.1	40	84	5	248	23	21	28	27	1.99
194671098--194671303	40	5.1	40	88	2	279	22	20	29	27	1.99
194671094--194671307	82	2.7	80	88	3	306	23	21	28	27	1.99
194677281--194677447	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194678268--194678313	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
194685286--194685452	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
194686274--194686319	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
194692633--194692784	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
194692633--194692784	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
194719687--194719969	48	6.0	47	72	12	211	27	17	30	25	1.97
194733354--194733503	40	3.8	40	74	14	123	26	24	27	22	1.99
194733435--194733535	39	2.5	40	82	3	114	23	24	28	22	1.99
194741281--194741500	123	1.8	121	83	4	289	32	10	23	33	1.89
194741501--194741600	40	2.6	40	90	4	152	24	27	28	21	1.99
194743344--194743406	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
194743616--194743733	23	5.1	23	94	3	211	28	21	22	27	1.99
194743616--194743735	47	2.6	47	96	2	217	28	20	22	28	1.99
194743782--194743848	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
194743782--194743837	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
194743882--194743929	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
194751645--194751772	24	5.4	24	92	4	215	28	21	21	28	1.99
194751652--194751771	23	5.1	23	93	3	204	29	20	21	28	1.98
194751652--194751773	47	2.6	47	97	0	226	28	20	22	28	1.98
194751818--194751888	20	3.5	20	92	0	115	32	22	11	33	1.90
194751823--194751877	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
194762784--194762972	49	3.9	49	95	2	346	32	8	28	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194762782--194762972	96	2.0	96	97	0	364	32	8	28	30	1.87
194763065--194763149	37	2.3	37	89	0	134	24	18	34	22	1.96
194765058--194765211	40	3.9	40	91	0	229	28	19	24	27	1.98
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194766602--194766783	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
194774593--194774798	40	5.2	40	80	3	175	21	26	24	27	1.99
194774647--194774797	78	1.9	78	86	0	212	22	27	23	27	1.99
194777795--194778214	136	3.1	136	97	1	781	32	25	17	24	1.97
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194779997--194780104	51	2.1	51	94	0	189	37	24	5	33	1.79
194783886--194784102	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
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194789079--194789188	26	4.2	26	95	0	193	33	4	24	37	1.76
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194806183--194806265	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
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194843203--194843370	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
194851090--194851297	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
194851091--194851297	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
194853532--194853620	28	3.1	27	77	7	97	29	25	15	29	1.96
194853990--194854016	14	1.9	14	100	0	54	37	18	0	44	1.50
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194881877--194882002	29	4.6	24	92	7	101	23	24	14	37	1.92
194888002--194888168	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
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194900923--194901054	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
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194900923--194901054	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
194903988--194904154	40	4.2	40	77	6	151	26	22	26	24	2.00
194911935--194912101	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
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194923690--194923840	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
194923727--194923856	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
194925807--194925955	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
194925848--194925955	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
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194931433--194931502	26	2.8	24	83	12	79	31	21	1	45	1.60
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194963195--194963427	40	5.8	40	80	11	185	23	26	23	27	2.00
194963195--194963428	80	2.9	79	80	5	238	23	26	23	26	2.00
194965351--194965518	40	4.2	40	83	2	205	26	27	21	25	1.99
194973246--194973413	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194981113--194981279	40	4.2	40	82	3	196	25	27	22	24	2.00
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194997717--194997826	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
195004709--195004954	49	4.9	50	79	4	264	26	18	26	28	1.98
195004712--195004954	100	2.4	100	81	3	267	25	18	26	29	1.98
195006881--195006941	30	2.0	30	83	0	77	39	6	26	27	1.81
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195010411--195010581	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	21	1.98
195010403--195010578	46	3.8	46	79	7	194	30	28	19	21	1.97
195015925--195016093	47	3.7	44	73	11	153	30	28	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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