genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.368.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  368  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112914343--112914485	24	6.0	24	90	4	200	28	21	20	28	1.98
112914543--112914599	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
112914531--112914601	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
112914536--112914590	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
112917258--112917409	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
112917258--112917409	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
112925230--112925395	40	4.2	40	78	4	149	23	27	23	25	2.00
112925246--112925394	78	1.9	78	83	5	194	22	27	24	25	2.00
112930119--112930304	71	2.7	68	92	6	263	18	28	18	34	1.95
112930141--112930304	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
112930141--112930338	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
112939647--112939767	24	5.0	24	98	0	233	38	28	16	17	1.91
112947464--112947610	24	6.1	24	99	0	285	37	28	16	17	1.92
112957390--112957967	44	13.2	44	84	3	727	25	29	15	29	1.96
112969529--112969859	131	2.5	129	76	10	314	36	16	19	28	1.93
112970699--112970726	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
112985324--112985571	40	6.2	40	84	2	275	26	21	25	26	2.00
112993535--112993790	40	6.4	40	86	2	311	25	21	26	26	1.99
112999133--112999357	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
112999352--112999481	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
113014925--113015191	24	11.1	24	97	0	471	36	25	17	20	1.95
113021606--113021756	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113021643--113021772	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
113029590--113029740	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
113029627--113029756	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
113035600--113035690	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
113035730--113035929	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
113035922--113036211	49	5.9	49	91	4	451	30	27	8	33	1.87
113035922--113036213	95	3.0	96	92	4	469	30	28	8	32	1.87
113035922--113036211	144	2.0	148	91	5	480	30	27	8	33	1.87
113040339--113040722	49	7.9	49	92	2	652	32	8	28	30	1.87
113040339--113040722	144	2.7	145	92	2	657	32	8	28	30	1.87
113040339--113040722	193	2.0	194	95	0	698	32	8	28	30	1.87
113044413--113044678	142	1.9	142	84	1	354	28	19	27	24	1.98
113052381--113052485	49	2.2	47	82	3	120	33	20	25	20	1.97
113061569--113061699	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
113061586--113061736	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
113069601--113069769	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
113074630--113074837	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
113074630--113074836	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
113083718--113083820	29	3.6	28	78	10	109	22	16	33	28	1.95
113083718--113083849	29	4.6	28	75	6	104	23	15	31	29	1.95
113092050--113092233	40	4.7	40	84	7	209	25	26	22	26	2.00
113092078--113092200	39	3.1	39	88	4	167	26	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113100288--113100435	40	3.7	40	82	6	151	26	25	20	27	1.99
113103912--113104068	39	4.0	39	88	4	217	27	20	30	21	1.98
113109226--113109299	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
113109167--113109299	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
113117044--113117118	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
113117102--113117175	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
113122790--113122946	39	4.0	39	85	4	199	28	19	29	21	1.98
113125773--113125954	79	2.3	81	83	7	221	24	27	23	24	2.00
113125752--113125955	40	5.1	40	81	8	229	24	27	23	25	2.00
113140428--113140501	36	2.1	36	100	0	148	40	18	24	16	1.90
113143347--113143537	40	4.8	40	88	2	260	23	24	29	23	1.99
113153864--113153947	29	2.9	29	77	11	84	26	28	15	29	1.96
113159648--113159823	67	2.6	66	80	8	171	31	16	30	22	1.96
113159672--113159855	67	2.8	64	78	8	203	29	16	30	23	1.96
113161505--113161551	8	5.9	8	79	0	58	12	23	21	42	1.87
113163127--113163334	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
113163227--113163334	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
113175555--113175624	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
113179577--113179628	20	2.6	20	76	11	61	25	40	15	19	1.90
113181300--113181351	20	2.6	20	87	0	77	23	42	15	19	1.89
113187328--113187362	6	5.8	6	90	10	54	82	0	0	17	0.66
113187328--113187361	17	1.9	18	94	5	61	82	0	0	17	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113196481--113196652	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
113196474--113196649	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
113204033--113204204	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
113204026--113204201	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
113206967--113206996	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
113208881--113209009	43	3.0	44	84	5	158	25	20	30	24	1.98
113208899--113209089	43	4.6	41	73	10	147	26	19	29	24	1.98
113212860--113213008	40	3.7	40	80	8	160	24	27	22	25	2.00
113218947--113219008	31	2.0	31	93	0	106	41	9	27	20	1.84
113219241--113219274	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
113220758--113220799	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
113228493--113228645	39	3.9	39	90	0	225	23	18	32	25	1.97
113228500--113228675	39	4.5	40	86	0	151	23	21	31	23	1.98
113231656--113231693	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
113239096--113239137	18	2.5	17	84	7	50	42	9	0	47	1.36
113239358--113239468	46	2.4	47	86	4	145	25	14	27	33	1.94
113245710--113245861	39	3.9	39	91	2	243	23	21	32	23	1.98
113245711--113245891	39	4.6	39	88	2	238	23	22	31	23	1.98
113256002--113256171	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
113259053--113259243	40	4.8	40	86	0	238	25	23	27	24	2.00
113259053--113259285	40	5.8	39	82	8	202	27	23	26	22	2.00
113259052--113259285	80	2.9	80	79	5	258	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113265625--113265667	19	2.2	20	84	12	54	30	0	18	51	1.47
113271697--113271880	40	4.7	40	86	8	252	24	22	27	25	2.00
113271697--113271878	78	2.3	80	86	6	255	24	22	27	25	2.00
113274691--113274797	47	2.3	44	79	10	108	25	31	16	26	1.97
113285280--113285321	17	2.4	18	80	4	50	47	7	0	45	1.30
113287872--113287907	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
113291728--113291772	19	2.4	19	81	7	56	40	0	4	55	1.20
113291728--113291774	18	2.5	19	75	10	51	38	0	4	57	1.18
113292016--113292046	9	3.4	9	100	0	62	22	12	19	45	1.84
113294940--113295163	40	5.6	40	86	6	301	25	26	23	24	2.00
113294940--113295163	83	2.8	80	87	4	308	25	26	23	24	2.00
113297896--113297981	23	3.7	23	77	10	86	26	22	19	31	1.98
113299873--113299975	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
113307822--113307924	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
113316333--113316383	24	2.1	24	85	3	66	56	5	3	33	1.42
113316037--113316578	271	2.0	266	89	1	814	42	8	7	41	1.64
113316683--113316736	22	2.4	22	90	3	81	14	33	5	46	1.68
113319837--113320003	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113327650--113327865	120	1.8	119	82	7	276	31	10	24	33	1.89
113327823--113327989	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113330942--113331150	40	5.2	40	86	3	296	25	23	28	22	1.99
113330942--113331150	79	2.6	78	89	2	292	25	23	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113339064--113339273	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
113344749--113344803	9	6.0	9	74	17	51	23	1	1	72	1.04
113344768--113344808	19	2.1	20	90	4	66	24	0	0	75	0.80
113344769--113344812	20	2.2	20	88	8	63	25	0	0	75	0.81
113348690--113348897	40	5.2	39	81	1	200	25	25	22	26	2.00
113348690--113348896	80	2.6	80	80	5	222	26	25	22	26	2.00
113349396--113349449	16	3.5	16	85	10	85	24	25	20	29	1.99
113349405--113349446	14	2.8	15	85	10	59	21	26	26	26	1.99
113352682--113352709	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
113354091--113354138	18	2.8	18	78	9	64	33	4	0	62	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770