genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.708.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  708  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223572979--223573109	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
223578575--223578638	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
223591310--223591422	56	2.1	54	81	9	131	38	17	16	27	1.92
223592611--223592777	40	4.2	40	77	9	146	25	22	27	23	2.00
223598679--223598912	96	2.4	97	84	7	282	23	28	20	26	1.99
223598686--223598962	48	5.8	47	78	6	218	24	28	19	27	1.99
223598686--223598962	96	2.9	95	82	8	269	24	28	19	27	1.99
223599883--223599960	40	2.0	39	82	2	93	26	14	26	32	1.94
223599981--223600039	28	2.1	28	80	0	64	35	18	22	23	1.96
223602681--223602816	50	2.7	50	85	2	184	28	19	31	19	1.97
223602686--223602856	50	3.5	49	81	10	174	29	18	29	22	1.98
223602788--223602931	43	3.3	43	76	9	139	27	15	25	30	1.96
223607599--223607732	29	4.7	29	84	7	148	23	31	15	29	1.96
223607623--223607731	56	1.9	56	88	0	164	23	30	14	31	1.95
223608375--223608669	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
223616105--223616213	43	2.6	43	77	1	121	30	16	25	27	1.97
223619099--223619162	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
223619354--223619472	24	5.0	24	89	9	181	27	21	21	29	1.98
223619375--223619471	47	2.1	47	96	3	178	28	20	20	29	1.98
223619530--223619586	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
223619518--223619588	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
223619523--223619577	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223619625--223619672	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
223627170--223627233	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
223627423--223627541	24	5.0	24	89	9	181	27	21	21	29	1.98
223627444--223627540	47	2.1	47	96	3	178	28	20	20	29	1.98
223627599--223627655	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
223627595--223627657	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
223627694--223627741	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
223632680--223632815	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
223632655--223632814	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
223640482--223640617	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
223640457--223640616	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
223643773--223643875	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
223650457--223650605	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
223650498--223650605	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
223655348--223655514	40	4.2	40	81	6	178	26	21	26	25	1.99
223662420--223662468	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
223663289--223663455	40	4.2	40	81	6	178	26	21	26	25	1.99
223665568--223665615	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
223665659--223665717	20	3.0	20	92	0	100	35	11	18	33	1.88
223665770--223665907	23	6.0	23	90	3	197	26	23	22	27	1.99
223665769--223665908	47	3.0	45	85	6	199	27	22	22	27	1.99
223665769--223665907	70	2.0	70	90	2	217	27	23	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223667277--223667482	40	5.2	40	93	0	333	27	27	21	23	1.99
223669773--223669875	29	3.6	29	91	0	161	24	32	15	28	1.95
223669744--223669875	58	2.3	58	81	0	156	25	34	15	25	1.95
223671339--223671410	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
223673617--223673913	143	2.1	143	99	0	585	39	29	10	21	1.86
223685341--223685508	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
223693312--223693509	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
223693378--223693495	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
223693346--223693509	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
223700876--223701073	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
223700942--223701059	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
223700910--223701073	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
223711605--223711890	40	7.2	40	91	2	461	22	20	30	27	1.98
223719016--223719089	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
223718957--223719089	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
223726898--223726971	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
223726839--223726971	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
223730361--223730534	46	3.8	46	77	9	185	29	29	19	21	1.98
223730369--223730538	92	1.8	92	89	2	270	28	30	20	21	1.98
223730411--223730553	46	3.1	45	69	16	114	28	28	20	22	1.98
223733599--223733817	40	5.5	39	85	4	235	22	26	24	26	2.00
223741706--223741919	40	5.5	39	81	10	215	24	27	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223741706--223741918	76	2.7	79	81	7	231	24	27	21	26	1.99
223745926--223746173	40	6.2	40	86	0	289	25	26	23	25	2.00
223745926--223746173	120	2.1	120	84	4	331	25	26	23	25	2.00
223762090--223762238	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
223762131--223762238	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
223772061--223772244	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
223772101--223772289	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
223789097--223789248	40	3.8	40	80	5	155	26	23	26	23	2.00
223789135--223789264	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
223793301--223793433	60	2.3	58	82	5	151	24	31	15	27	1.96
223793351--223793433	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
223794593--223794660	32	2.3	27	83	14	82	5	14	1	77	1.02
223794597--223794660	27	2.2	32	83	13	84	6	15	1	76	1.06
223797174--223797533	180	2.0	179	98	0	702	33	26	13	26	1.93
223801421--223801514	29	3.2	29	95	0	161	25	26	15	31	1.96
223801384--223801514	58	2.3	58	83	2	156	25	31	16	27	1.96
223802675--223802738	27	2.2	31	79	20	77	6	14	1	78	1.02
223808942--223809137	40	5.2	40	83	11	252	29	27	20	22	1.99
223809000--223809061	31	2.0	31	100	0	124	32	25	19	22	1.97
223808967--223809101	71	1.9	71	98	0	261	29	28	20	21	1.98
223811078--223811269	27	7.1	27	79	3	190	26	19	17	36	1.94
223811107--223811271	54	3.1	54	88	3	226	24	19	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223811093--223811247	80	1.9	81	84	3	206	24	19	18	38	1.93
223811078--223811271	54	3.6	54	83	7	223	25	20	17	37	1.93
223811315--223811429	27	4.3	27	88	3	171	40	7	21	30	1.82
223811315--223811429	53	2.2	53	88	3	169	40	7	21	30	1.82
223812684--223812881	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
223812750--223812867	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
223812718--223812881	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
223820252--223820449	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
223820318--223820435	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
223820286--223820449	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
223826136--223826286	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
223826176--223826301	40	3.2	40	76	5	123	24	23	28	23	1.99
223829177--223829255	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
223837300--223837378	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
223846336--223846519	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
223846376--223846564	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
223854959--223855134	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
223854955--223855126	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
223858069--223858137	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
223858060--223858147	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
223860524--223860696	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
223863653--223863721	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223863644--223863731	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
223866118--223866293	46	3.8	46	80	10	223	20	21	29	28	1.98
223866114--223866285	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
223868207--223868309	25	4.1	25	80	0	107	30	19	18	32	1.96
223868202--223868297	50	1.9	50	82	0	120	25	19	21	33	1.97
223868218--223868330	50	2.3	48	79	7	120	29	20	16	33	1.95
223868660--223868755	47	2.0	47	95	0	174	38	21	2	37	1.66
223869114--223869163	24	2.1	24	100	0	100	50	22	12	16	1.77
223872413--223872507	48	2.0	48	95	0	172	33	6	28	31	1.82
223874402--223874605	85	2.4	84	94	3	349	11	25	31	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770