genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  93  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27147474--27147582	41	2.7	39	86	6	155	31	20	22	26	1.98
27147474--27147606	39	3.3	38	78	13	133	26	18	22	32	1.97
27152466--27152594	63	2.0	63	86	0	177	24	24	23	27	2.00
27160333--27160461	63	2.0	63	83	2	161	25	24	21	27	1.99
27160663--27160705	20	2.0	22	82	8	54	39	4	20	34	1.74
27162929--27162958	16	1.9	15	93	6	51	76	3	6	13	1.11
27168493--27168518	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
27168881--27168919	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
27170018--27170047	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
27188500--27188673	86	2.0	86	96	0	321	47	5	8	38	1.57
27189258--27189294	9	4.1	9	85	0	56	29	2	13	54	1.53
27189345--27189377	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
27189345--27189379	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
27189912--27190141	114	2.0	115	93	0	390	32	26	13	27	1.94
27191437--27191482	21	2.2	21	96	3	85	30	30	13	26	1.93
27191620--27191661	13	3.2	13	79	0	57	66	7	11	14	1.43
27194190--27194374	39	4.7	39	94	0	307	29	27	22	21	1.99
27202237--27202449	38	5.6	39	88	5	285	27	28	22	21	1.99
27202237--27202417	39	4.7	39	92	4	280	29	27	21	22	1.99
27202237--27202449	77	2.8	77	87	7	267	27	28	22	21	1.99
27218563--27218644	11	7.8	11	72	20	52	54	2	1	41	1.21
27218441--27218579	19	7.7	18	65	26	64	48	4	2	45	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27224222--27224285	32	2.0	32	93	0	110	37	28	10	23	1.89
27227227--27227270	19	2.2	20	84	4	54	36	20	15	27	1.93
27231770--27231883	28	3.9	27	72	19	79	25	27	20	27	1.99
27231747--27231891	61	2.3	60	85	8	177	26	26	19	26	1.99
27231830--27231883	27	2.0	28	85	7	76	24	29	22	24	1.99
27231912--27231967	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
27232565--27232597	8	4.1	8	92	0	57	3	24	21	51	1.62
27237295--27237351	28	2.0	28	100	0	114	21	28	21	29	1.98
27241251--27241280	12	2.5	12	94	0	51	23	30	0	46	1.52
27243161--27243191	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
27248011--27248048	15	2.7	14	84	8	51	57	5	0	36	1.21
27250780--27250882	29	3.5	28	79	7	91	21	17	33	28	1.96
27252386--27252461	33	2.4	33	80	8	88	18	35	22	23	1.96
27254259--27254516	27	9.6	27	79	6	220	38	21	8	30	1.84
27254259--27254461	53	3.8	53	82	7	216	40	20	8	30	1.83
27254280--27254480	80	2.5	80	82	4	251	39	21	8	29	1.84
27254508--27255016	27	18.9	27	86	0	624	38	18	19	24	1.93
27255447--27255511	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
27255662--27255749	26	3.4	26	84	4	97	15	22	20	40	1.90
27255677--27255749	27	2.8	26	85	4	92	17	24	19	38	1.93
27255867--27255952	6	14.0	6	70	13	50	22	19	10	47	1.79
27255870--27255933	25	2.6	25	89	0	92	21	21	10	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27255942--27255975	18	1.9	18	88	5	52	20	11	14	52	1.73
27257949--27258077	27	4.8	26	78	11	109	39	20	9	30	1.84
27257928--27258093	80	2.1	80	81	4	192	40	21	9	29	1.83
27257928--27258130	107	1.9	106	81	1	244	38	21	8	31	1.84
27258123--27258523	27	14.9	27	86	0	489	38	17	19	24	1.93
27258954--27259018	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
27259169--27259256	26	3.4	26	80	7	81	18	21	20	39	1.92
27259374--27259459	6	14.0	6	70	13	59	20	19	11	47	1.81
27259377--27259440	25	2.6	25	89	0	92	20	21	12	45	1.84
27259449--27259482	18	1.9	18	88	5	52	20	11	14	52	1.73
27262739--27262800	20	3.2	19	73	13	54	48	4	1	45	1.33
27275583--27275644	27	2.3	26	81	8	72	62	1	3	32	1.20
27276520--27276577	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
27279287--27279494	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
27279287--27279493	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
27285808--27286032	40	5.6	40	83	3	290	26	28	22	23	1.99
27285808--27286032	83	2.8	80	83	4	283	26	28	22	23	1.99
27295908--27295965	26	2.2	26	84	0	71	34	12	13	39	1.82
27305096--27305165	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
27305096--27305177	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
27308538--27308574	13	2.8	13	95	0	65	48	5	13	32	1.65
27328382--27328544	44	3.8	42	76	11	145	24	19	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27328383--27328544	43	3.8	43	76	10	143	24	19	24	32	1.98
27330452--27330762	39	8.0	39	90	0	460	24	27	25	23	2.00
27339786--27339943	42	3.7	42	79	14	157	22	18	27	31	1.97
27350198--27350358	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
27358090--27358250	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
27361469--27361508	13	3.1	13	77	0	53	27	7	27	37	1.84
27363621--27363786	27	6.0	27	75	7	136	33	22	9	34	1.87
27377770--27377806	18	2.1	18	94	0	65	35	32	13	18	1.90
27379922--27380106	40	4.6	39	84	4	208	27	23	25	23	2.00
27379921--27380127	80	2.6	80	83	4	238	26	22	26	25	2.00
27379920--27380127	40	5.2	40	83	4	204	26	22	25	25	2.00
27382676--27382741	25	2.6	25	78	0	78	25	10	27	36	1.89
27388937--27389035	42	2.4	42	86	3	128	32	16	22	29	1.95
27389968--27390150	83	2.2	83	90	1	278	31	27	18	22	1.97
27389998--27390171	83	2.1	83	90	0	267	29	24	20	24	1.99
27391311--27391509	29	6.8	29	69	13	102	32	17	18	31	1.94
27401022--27401129	43	2.5	43	82	5	121	21	15	25	37	1.93
27410522--27410728	24	8.6	24	96	0	360	36	25	17	20	1.94
27418416--27418569	24	6.5	24	91	6	228	37	25	16	20	1.93
27418416--27418569	71	2.2	72	88	8	228	37	25	16	20	1.93
27418524--27418570	15	3.5	15	70	27	50	40	25	14	19	1.90
27423343--27423473	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27423342--27423473	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
27430699--27430828	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
27430715--27430866	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
27430715--27430864	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
27434460--27434588	46	2.8	46	94	2	206	30	29	20	20	1.97
27434468--27434607	46	3.0	44	84	12	133	29	29	20	21	1.98
27437081--27437158	31	2.5	31	93	0	129	20	15	11	52	1.73
27445708--27445762	3	18.7	3	88	3	85	0	27	0	72	0.85
27448169--27448268	52	1.9	52	82	8	123	53	1	0	46	1.07
27450308--27450384	39	2.0	39	86	0	109	54	2	9	33	1.46
27450899--27450958	23	2.6	24	79	12	72	48	1	1	48	1.21
27451466--27451505	18	2.2	19	86	4	55	65	0	10	25	1.24
27458452--27458603	40	3.8	40	80	5	155	26	23	26	23	2.00
27458490--27458619	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
27461120--27461156	8	4.5	8	96	3	65	35	29	10	24	1.89
27468402--27468483	42	2.0	42	87	0	119	35	24	13	26	1.92
27476111--27476218	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
27477045--27477180	61	2.2	61	89	1	211	37	14	5	41	1.70
27477079--27477185	31	3.5	31	69	7	101	38	15	7	38	1.76
27511766--27511872	42	2.5	42	78	3	126	31	13	26	28	1.93
27511716--27511884	42	3.9	43	73	10	121	31	12	26	30	1.93
27531257--27531294	12	3.0	12	92	7	58	18	26	39	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27531278--27531339	23	2.7	23	85	5	81	12	27	30	29	1.93
27535365--27535420	25	2.2	25	83	0	76	25	23	21	30	1.99
27535376--27535427	25	2.1	25	88	0	77	25	21	23	30	1.99
27538230--27538282	26	2.2	25	83	10	65	39	1	13	45	1.54
27539181--27539235	29	1.9	28	85	3	74	21	16	29	32	1.95
27539735--27539778	23	1.9	23	85	0	61	29	4	18	47	1.68
27542934--27542992	28	2.1	28	100	0	118	28	10	28	32	1.90
27542942--27542999	28	2.3	24	85	14	73	24	8	27	39	1.84
27553056--27553097	20	2.1	20	100	0	84	19	23	19	38	1.93
27553195--27553366	93	1.8	93	89	0	272	28	28	20	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770