genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  147  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43279116--43279317	48	4.2	47	85	4	260	26	18	29	25	1.98
43279116--43279317	96	2.1	97	85	0	289	26	18	29	25	1.98
43284634--43284841	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
43284636--43284841	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
43286401--43286608	40	5.2	40	82	2	231	26	26	21	25	1.99
43294633--43294809	40	4.4	40	82	0	203	25	25	21	26	1.99
43299886--43300278	49	7.9	49	83	3	464	29	25	18	26	1.98
43299886--43300279	149	2.6	149	92	1	655	28	25	18	27	1.98
43299899--43300278	198	1.9	198	83	3	487	29	25	18	26	1.98
43303825--43303864	14	2.9	14	84	0	62	20	32	5	42	1.73
43304230--43304268	12	3.2	12	85	7	60	61	5	7	25	1.44
43304744--43304769	11	2.4	11	100	0	52	38	26	26	7	1.83
43308201--43308301	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
43308224--43308317	31	3.1	31	96	1	172	23	22	14	39	1.91
43308341--43308432	42	2.2	42	84	3	114	39	21	10	28	1.87
43308574--43308762	23	8.1	23	92	2	315	28	21	22	27	1.99
43308572--43308763	47	4.1	47	94	1	332	27	21	22	28	1.99
43308574--43308763	70	2.7	70	91	3	319	27	21	22	27	1.99
43308814--43308874	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
43308917--43308964	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
43310204--43310550	27	12.9	27	87	4	414	40	8	22	28	1.82
43310474--43310778	27	11.3	27	84	3	251	32	8	20	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43312409--43312600	40	4.8	40	86	4	264	25	27	22	24	2.00
43320377--43320569	40	4.9	39	81	5	208	22	28	23	25	1.99
43327059--43327515	48	9.1	48	71	17	322	36	6	26	30	1.81
43327177--43327216	19	2.1	19	100	0	80	35	15	27	22	1.94
43327129--43327264	67	2.0	67	98	0	263	36	8	27	27	1.86
43327081--43327312	115	2.0	115	100	0	464	36	7	27	28	1.85
43327059--43327360	163	1.9	163	98	0	586	35	6	27	30	1.83
43327196--43327515	48	6.6	48	94	0	568	36	6	25	30	1.81
43328995--43329338	40	8.6	40	86	0	436	23	20	28	27	1.99
43328997--43329357	120	3.0	120	87	0	506	23	19	28	27	1.99
43329517--43329567	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
43329564--43329654	28	3.2	28	75	9	94	21	15	30	31	1.94
43333010--43333413	48	8.1	48	84	9	540	36	5	26	30	1.81
43333200--43333237	15	2.4	16	86	13	60	39	0	23	36	1.55
43333207--43333238	15	2.1	15	100	0	64	37	0	28	34	1.57
43333159--43333286	63	2.0	63	98	0	247	36	4	27	31	1.77
43333111--43333334	111	2.0	111	97	0	421	37	5	26	30	1.79
43333063--43333382	159	2.0	159	98	0	613	36	5	26	30	1.80
43333015--43333413	207	1.9	207	96	0	744	36	6	26	30	1.81
43336034--43336092	14	4.2	14	78	8	66	22	33	5	38	1.76
43336415--43336454	14	2.9	14	84	0	62	20	32	5	42	1.73
43338697--43338864	40	4.2	40	77	3	178	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43349750--43349969	40	5.6	40	80	5	241	26	26	22	24	2.00
43349763--43349969	80	2.6	80	88	3	285	27	27	21	23	1.99
43357899--43358117	40	5.5	39	75	7	183	26	26	21	25	2.00
43357915--43358117	80	2.6	79	82	7	234	28	26	21	24	1.99
43359895--43359975	26	3.2	26	63	30	66	30	28	14	25	1.95
43359895--43360081	50	3.7	50	81	4	200	28	26	18	26	1.98
43363353--43363573	48	4.6	48	85	2	264	23	16	30	28	1.97
43368849--43368924	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
43368841--43369140	47	6.4	47	91	0	440	32	8	30	28	1.86
43371553--43371749	54	3.6	54	84	7	247	35	18	24	21	1.95
43371564--43371749	55	3.5	53	84	6	223	34	18	24	21	1.96
43377113--43377274	39	4.2	39	91	2	263	24	20	30	24	1.98
43377124--43377274	77	1.9	79	94	2	270	24	21	30	23	1.99
43381641--43381738	48	2.0	48	98	0	187	30	9	18	41	1.81
43384464--43384548	28	3.0	28	84	5	100	27	14	29	29	1.95
43385985--43386183	43	4.6	43	76	14	169	26	19	24	29	1.98
43385974--43386183	86	2.4	89	82	8	231	26	18	24	30	1.98
43387080--43387119	19	2.1	19	100	0	80	32	5	20	42	1.73
43392698--43392734	16	2.4	15	91	8	65	5	27	5	62	1.39
43393820--43393921	27	3.8	26	82	7	114	17	22	21	38	1.93
43393820--43393928	54	2.0	54	83	3	139	17	22	22	38	1.93
43394818--43394859	21	2.0	21	95	0	75	11	14	45	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43397354--43397383	10	3.0	10	95	0	51	53	10	0	36	1.35
43398751--43398779	11	2.5	12	88	11	51	48	0	10	41	1.37
43403838--43404009	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
43403830--43404005	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
43408357--43408604	40	6.2	40	91	1	374	22	21	29	26	1.99
43411332--43411388	26	2.2	26	83	3	69	28	15	19	36	1.92
43419155--43419211	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
43426200--43426387	43	4.4	43	71	16	129	25	15	24	35	1.94
43427907--43428111	27	7.6	27	81	7	191	43	18	11	26	1.83
43427914--43428111	54	3.6	54	83	2	227	42	18	11	27	1.85
43427907--43428111	81	2.5	82	85	0	277	43	18	11	26	1.83
43434072--43434116	23	1.9	24	90	4	74	24	51	2	22	1.60
43434377--43434512	27	5.0	27	81	0	146	36	24	15	23	1.93
43434377--43434512	54	2.5	54	83	2	166	36	24	15	23	1.93
43434503--43434625	27	4.5	27	79	8	115	23	16	16	43	1.87
43434503--43434628	54	2.3	55	81	1	155	23	15	18	42	1.88
43434937--43435056	41	2.9	41	72	9	109	29	25	15	30	1.96
43437977--43438042	32	2.1	32	94	0	114	40	22	12	24	1.88
43459284--43459341	26	2.3	25	82	11	66	67	1	6	24	1.25
43461058--43461083	13	2.0	13	100	0	52	7	15	61	15	1.55
43485217--43485389	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
43485210--43485385	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43489738--43489819	25	3.3	25	84	0	101	28	15	21	34	1.95
43492903--43492941	19	2.1	19	95	0	69	38	17	15	28	1.91
43507072--43507153	25	3.3	25	87	0	110	28	17	21	32	1.96
43507083--43507156	25	3.0	25	89	0	112	28	16	22	32	1.96
43509229--43509355	43	3.0	43	86	4	170	22	30	21	25	1.99
43512965--43513188	40	5.6	40	83	6	256	24	22	26	25	2.00
43512970--43513188	83	2.7	80	87	5	282	24	23	27	25	2.00
43517836--43517881	23	2.0	23	95	0	83	43	0	10	45	1.39
43521715--43521877	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
43521715--43521908	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
43529256--43529422	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
43529256--43529422	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
43530248--43530293	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
43532843--43533005	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
43532843--43533036	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
43536742--43536976	39	6.0	38	86	4	281	30	28	21	18	1.97
43539026--43539065	16	2.5	16	100	0	80	5	17	40	37	1.72
43541908--43542099	49	3.9	49	80	2	231	26	19	26	28	1.99
43541910--43542097	100	1.9	100	93	0	322	26	20	25	28	1.99
43545097--43545152	15	3.7	15	76	23	64	12	14	10	62	1.55
43547602--43547840	49	4.8	49	81	7	286	26	20	25	27	1.99
43547608--43547840	100	2.3	100	95	0	421	26	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43549421--43549463	20	2.2	20	100	0	86	48	20	4	25	1.69
43559417--43559519	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
43567425--43567527	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
43572342--43572399	29	2.0	29	83	6	73	27	25	6	39	1.81
43573420--43573517	44	2.3	42	82	8	117	24	18	25	31	1.97
43573444--43573579	43	3.2	44	76	13	131	23	17	26	32	1.97
43575463--43575550	42	2.1	42	91	4	142	32	9	21	36	1.85
43576961--43577033	33	2.2	33	82	2	83	30	24	20	24	1.99
43578736--43578868	63	2.1	63	100	0	266	32	29	11	27	1.91
43579527--43579625	28	3.5	28	79	6	101	29	27	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770