genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  203  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60714319--60714465	27	5.6	27	87	3	192	39	9	21	29	1.85
60717922--60718022	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
60725845--60725945	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
60733959--60733993	17	2.1	17	100	0	70	28	17	28	25	1.97
60738559--60738619	28	2.2	28	91	5	97	24	13	31	31	1.93
60738893--60738932	3	13.7	3	85	15	57	70	0	0	30	0.88
60744863--60744956	40	2.3	40	83	0	116	29	26	13	29	1.94
60749649--60749757	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
60750560--60750592	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
60752056--60752265	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
60755879--60755911	14	2.4	14	85	5	50	36	0	21	42	1.53
60756903--60757169	49	5.4	49	82	5	274	26	14	24	34	1.94
60756903--60757169	98	2.7	97	84	7	310	26	14	24	34	1.94
60758023--60758140	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
60758046--60758140	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
60758332--60758498	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
60758331--60758498	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
60758550--60758609	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
60758652--60758699	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
60759857--60759912	27	2.1	27	86	6	78	21	23	23	32	1.98
60759975--60760026	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
60759983--60760231	27	9.1	27	79	7	119	35	8	18	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60760128--60760521	27	14.6	27	86	3	418	41	8	22	27	1.82
60760130--60760527	81	4.9	81	88	4	554	41	8	23	27	1.82
60760533--60760622	27	3.3	26	76	6	90	32	8	18	40	1.82
60760517--60760622	54	2.0	53	81	9	126	32	9	19	38	1.84
60761477--60761511	15	2.2	16	95	5	63	34	0	17	48	1.47
60765436--60765482	24	2.0	24	100	0	94	29	8	25	36	1.86
60766893--60767168	49	5.6	49	83	3	308	28	14	23	33	1.94
60766910--60767151	98	2.5	98	88	4	353	28	14	24	33	1.94
60769279--60769446	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
60777284--60777451	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
60786478--60786509	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
60787477--60787642	27	6.2	26	83	4	188	36	22	22	18	1.95
60787477--60787642	54	3.1	54	90	1	244	36	22	22	18	1.95
60790443--60790572	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
60790443--60790605	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
60798460--60798589	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
60798460--60798622	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
60800498--60800685	26	7.2	26	92	0	313	36	24	5	33	1.78
60800498--60800685	52	3.6	52	97	0	349	36	24	5	33	1.78
60814046--60814109	32	2.0	32	96	0	119	31	17	9	42	1.81
60814185--60814304	42	2.8	44	81	6	158	33	21	17	27	1.96
60816672--60816875	40	5.1	40	86	2	257	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60820012--60820103	28	3.3	28	87	0	130	21	15	34	28	1.94
60820418--60820890	27	17.6	27	79	8	407	38	20	10	30	1.86
60820418--60820864	107	4.2	108	82	6	500	38	21	9	30	1.85
60820844--60820909	27	2.4	27	82	0	78	39	16	18	25	1.91
60827800--60827967	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
60839903--60840070	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
60843541--60843708	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
60845984--60846082	39	2.5	39	88	0	135	47	20	2	30	1.61
60846655--60846702	7	6.6	7	81	9	60	47	33	0	18	1.49
60846656--60846702	15	3.1	15	84	9	60	48	34	0	17	1.47
60846655--60846702	22	2.2	22	92	7	80	47	33	0	18	1.49
60849756--60849897	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
60849795--60849923	40	3.2	39	84	6	152	24	21	27	26	1.99
60851667--60851736	27	2.6	27	88	4	97	28	17	17	37	1.92
60853210--60853453	49	4.9	49	80	3	283	25	18	26	29	1.98
60853217--60853440	100	2.3	99	85	3	281	25	17	26	29	1.98
60853209--60853486	149	1.9	150	86	3	400	26	18	26	28	1.98
60853773--60853825	24	2.2	24	96	3	99	49	3	15	32	1.62
60860736--60860808	27	2.7	27	87	6	94	26	15	19	39	1.90
60862162--60862186	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60865747--60865802	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60865736--60865802	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60865852--60865998	24	6.1	24	96	2	269	29	20	21	28	1.98
60865852--60865998	49	3.1	48	95	2	269	29	20	21	28	1.98
60865852--60865998	73	2.0	72	97	1	276	29	20	21	28	1.98
60874463--60874532	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
60876963--60877018	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60876952--60877018	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
60877068--60877142	25	3.1	25	94	5	136	32	20	20	28	1.97
60878371--60878474	27	3.9	27	81	0	109	40	18	20	21	1.92
60878890--60878959	27	2.6	27	88	0	113	32	14	12	40	1.84
60881463--60881491	11	2.5	12	88	11	51	55	13	0	31	1.39
60885256--60885367	35	3.3	35	75	5	102	47	16	18	17	1.83
60886411--60886583	46	3.7	45	76	17	185	21	18	28	31	1.97
60886408--60886578	93	1.8	93	93	2	299	21	18	29	30	1.97
60889798--60889834	12	3.2	12	88	3	58	56	2	24	16	1.53
60893552--60893724	46	3.7	46	79	13	219	21	20	28	30	1.98
60893549--60893719	93	1.8	93	96	0	315	21	20	29	29	1.98
60898833--60898895	32	1.9	33	87	3	92	22	14	33	30	1.93
60902062--60902227	40	4.2	40	93	0	271	28	27	21	22	1.99
60904145--60904316	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
60904138--60904313	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
60911678--60911849	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
60911671--60911846	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60919131--60919167	18	2.1	18	100	0	74	37	5	0	56	1.22
60919370--60919639	46	5.8	46	81	6	323	24	20	25	30	1.99
60921371--60921478	38	2.8	39	85	1	137	36	12	9	41	1.76
60927826--60927935	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
60930474--60930555	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
60937310--60937391	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
60939474--60939588	27	4.3	26	84	11	142	16	22	23	37	1.94
60939474--60939588	54	2.1	54	87	3	160	16	22	23	37	1.94
60941106--60941153	20	2.4	20	92	0	87	20	37	31	10	1.87
60942346--60942398	27	2.0	27	88	0	79	43	7	7	41	1.61
60946012--60946062	10	5.0	10	80	4	57	39	19	27	13	1.90
60946013--60946065	21	2.6	21	82	5	65	41	20	24	13	1.88
60947162--60947231	27	2.6	27	80	13	81	8	18	0	72	1.09
60947170--60947221	21	2.5	21	96	0	95	7	19	0	73	1.07
60947168--60947203	15	2.3	16	95	4	65	8	19	0	72	1.10
60947158--60947213	5	10.8	5	80	17	53	7	17	0	75	1.03
60947157--60947227	6	12.7	6	78	18	57	8	18	0	73	1.08
60952154--60952379	40	5.7	40	90	4	307	25	26	21	26	1.99
60956987--60957037	10	5.0	10	85	4	57	43	19	23	13	1.87
60956988--60957040	21	2.6	21	91	5	83	45	20	20	13	1.84
60958777--60959050	49	5.7	49	91	1	385	26	28	10	33	1.90
60962688--60962877	40	4.8	40	97	1	348	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60966934--60966988	27	2.0	27	92	0	92	41	32	1	23	1.65
60966992--60967110	28	4.2	28	80	5	123	23	33	14	28	1.94
60966992--60967110	56	2.1	57	82	4	143	23	33	14	28	1.94
60977489--60977603	27	4.3	26	85	5	140	37	20	23	19	1.94
60977495--60977598	55	1.9	54	86	5	147	35	19	24	21	1.96
60982018--60982201	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
60982058--60982246	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
60989941--60990124	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
60989981--60990169	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
60993984--60994048	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770