genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.393.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  393  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120646003--120646204	38	5.3	38	81	8	221	22	20	25	31	1.98
120646003--120646204	78	2.6	76	82	4	262	22	20	25	31	1.98
120646197--120646393	85	2.3	86	96	0	360	9	24	34	31	1.87
120646197--120646393	43	4.6	43	92	1	342	9	24	34	31	1.87
120650999--120651085	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
120650999--120651107	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
120650999--120651107	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
120653935--120654136	38	5.3	38	85	4	271	21	21	26	31	1.98
120653935--120654103	78	2.2	76	89	3	257	22	20	25	31	1.98
120654129--120654367	128	1.9	129	94	0	426	8	24	34	31	1.86
120654129--120654368	85	2.8	86	94	0	410	8	25	34	31	1.86
120654129--120654368	43	5.6	43	93	1	401	8	25	34	31	1.86
120656764--120656884	41	3.0	41	91	0	197	28	28	19	22	1.98
120657122--120657457	27	12.4	27	79	6	250	28	8	21	41	1.83
120657454--120657518	27	2.4	27	97	0	121	27	21	16	33	1.95
120658918--120658949	12	2.6	13	85	14	50	53	0	0	46	1.00
120666817--120667199	27	14.2	27	85	2	491	27	21	10	40	1.85
120667204--120667398	27	7.2	27	82	2	212	36	17	18	26	1.94
120667204--120667399	54	3.6	54	83	2	241	36	18	18	26	1.94
120667598--120667680	27	3.1	26	86	5	94	20	21	20	37	1.95
120667768--120667826	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
120667990--120668062	27	2.7	27	85	6	87	17	24	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120668178--120668352	6	28.8	6	71	19	123	20	18	13	47	1.82
120668235--120668299	31	2.1	31	97	0	121	18	21	13	46	1.84
120668211--120668347	24	5.6	24	76	11	136	20	18	13	47	1.82
120668388--120668457	33	2.2	32	82	7	79	25	14	27	32	1.94
120670362--120670901	27	20.2	27	83	4	657	25	21	10	41	1.85
120670906--120671099	27	7.3	27	82	2	230	36	19	18	25	1.95
120670906--120671097	80	2.4	81	83	4	237	36	18	18	26	1.94
120670906--120671100	53	3.7	53	82	6	216	36	19	18	25	1.94
120671297--120671379	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
120671467--120671525	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
120671695--120671760	27	2.5	26	82	7	78	18	22	22	36	1.95
120671902--120672062	6	26.8	6	76	16	156	20	15	13	50	1.76
120671877--120672062	84	2.2	85	91	3	304	20	15	13	50	1.77
120671877--120672062	30	6.4	30	82	10	224	20	15	13	50	1.77
120685540--120685695	77	2.0	77	100	0	312	47	7	23	21	1.76
120686184--120686221	18	2.1	18	100	0	76	47	5	42	5	1.48
120701383--120701481	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
120710525--120710691	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
120717635--120717683	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
120718545--120718654	39	2.8	38	83	6	130	21	23	30	24	1.99
120718505--120718670	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
120720032--120725065	541	9.3	542	94	1	8553	37	18	10	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120726206--120726264	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
120727810--120727847	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
120734119--120734187	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
120735731--120735768	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
120735799--120757190	539	38.7	539	75	13	15217	35	18	13	33	1.89
120746937--120757190	541	18.6	540	82	8	11199	36	18	11	33	1.87
120749004--120749462	231	2.0	231	94	0	810	40	17	17	23	1.90
120749235--120757190	540	14.8	540	94	1	13622	36	18	11	33	1.87
120758162--120758350	24	8.0	24	91	4	287	27	21	22	28	1.99
120758183--120758349	23	7.1	23	94	2	271	28	20	22	28	1.99
120758183--120758350	47	3.6	47	92	3	284	27	20	22	28	1.99
120758408--120758464	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
120758396--120758466	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
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120766271--120766482	24	9.0	24	91	4	317	27	21	23	28	1.99
120766271--120766481	70	3.0	71	88	6	313	27	21	23	27	1.99
120766271--120766483	94	2.3	94	90	4	331	27	21	23	28	1.99
120766540--120766596	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
120766528--120766598	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
120766533--120766587	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
120769027--120769209	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
120781099--120781215	31	3.5	34	84	13	154	22	24	16	36	1.94
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120781405--120781523	23	5.0	23	85	7	159	26	22	21	28	1.99
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120793541--120793762	56	4.0	56	83	1	230	34	24	12	28	1.92
120793541--120793762	112	2.0	112	81	1	266	34	24	12	28	1.92
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120802869--120802921	16	3.4	17	73	21	53	64	0	1	33	1.05
120802858--120802905	12	4.2	12	81	7	64	68	0	0	31	0.90
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120805321--120805414	28	3.3	28	83	2	125	28	29	14	26	1.95
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120809509--120809640	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
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120824552--120824610	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
120827564--120827708	44	3.4	43	76	16	165	31	28	15	23	1.96
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120827548--120827725	85	2.1	85	94	0	311	33	26	16	24	1.96
120841284--120841350	27	2.4	27	78	11	73	43	14	14	26	1.85
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120844558--120844662	43	2.4	43	83	0	129	35	23	15	25	1.94
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120905803--120906405	220	2.7	220	90	2	892	33	19	16	30	1.94
120905812--120906410	73	8.2	74	84	4	734	34	20	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120906580--120906624	13	3.4	13	81	6	63	71	6	8	13	1.31
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120935644--120935701	31	1.9	29	83	13	73	41	0	5	53	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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