genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.517.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  517  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160534645--160534692	21	2.3	21	85	0	69	0	56	18	25	1.42
160540695--160540823	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
160548059--160548187	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
160550160--160550287	9	13.6	9	76	9	112	31	0	20	47	1.56
160550160--160550287	57	2.2	57	84	0	166	31	0	20	47	1.56
160551433--160551801	183	2.0	183	97	0	693	42	15	15	26	1.87
160551872--160551901	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
160554166--160554237	28	2.5	29	82	10	94	40	30	1	27	1.65
160554196--160554257	21	3.0	21	83	4	74	40	32	1	25	1.66
160554225--160554292	28	2.5	28	81	9	77	47	35	0	17	1.48
160554372--160554440	28	2.4	29	83	9	88	46	27	0	26	1.53
160554408--160554462	21	2.6	21	88	5	76	43	29	0	27	1.55
160554475--160554515	21	2.0	21	90	4	66	39	36	0	24	1.56
160554184--160554656	258	1.9	252	93	2	811	44	26	2	27	1.66
160554645--160554690	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
160554848--160554991	43	3.3	43	83	2	191	30	29	15	24	1.96
160555001--160555038	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
160561522--160561630	26	4.2	26	92	4	177	34	4	23	36	1.76
160561522--160561630	51	2.1	52	91	5	177	34	4	23	36	1.76
160563235--160563347	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
160563234--160563347	54	2.1	54	88	3	167	16	23	22	36	1.94
160564421--160564479	18	3.3	18	85	2	75	22	32	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160566483--160566655	31	5.6	31	89	1	267	27	27	17	28	1.98
160570576--160570701	39	3.2	39	90	0	198	22	20	29	27	1.98
160570576--160570719	39	3.7	39	88	1	191	22	22	29	26	1.99
160578690--160578815	39	3.2	39	88	0	180	23	19	26	30	1.98
160578690--160578833	78	1.8	78	80	5	175	23	21	26	28	1.99
160578786--160578884	39	2.6	38	76	7	101	21	25	28	25	1.99
160582988--160583040	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
160583428--160583466	15	2.6	15	100	0	78	20	23	33	23	1.97
160585435--160585477	16	2.6	16	85	3	50	53	2	0	44	1.13
160587748--160587918	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
160587740--160587915	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
160590523--160590740	2	109.0	2	100	0	436	0	50	0	50	1.00
160596306--160596428	26	4.8	26	91	1	187	26	22	23	26	2.00
160596293--160596428	51	2.7	50	88	7	204	26	22	22	28	1.99
160596478--160596552	20	3.8	20	86	10	95	33	20	10	36	1.87
160598367--160598415	25	2.0	25	100	0	98	61	12	4	22	1.48
160598675--160598713	8	5.0	8	90	6	62	51	20	25	2	1.60
160598675--160598711	15	2.4	15	90	4	56	54	18	24	2	1.57
160598958--160599021	27	2.3	28	91	2	103	32	28	7	31	1.85
160599125--160599214	27	3.2	26	75	10	81	20	23	23	33	1.97
160599137--160599225	27	3.2	28	77	4	81	21	25	20	32	1.97
160602588--160602768	39	4.6	39	80	10	194	27	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160607218--160607381	40	4.1	40	82	10	194	24	22	27	25	2.00
160607218--160607369	79	1.9	80	84	6	202	24	22	27	25	2.00
160615219--160615403	40	4.7	39	82	9	214	24	21	27	25	1.99
160615219--160615401	79	2.3	81	85	7	241	25	21	27	25	2.00
160618857--160619112	40	6.5	40	91	4	387	22	23	28	25	1.99
160623280--160623440	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
160631294--160631396	29	3.6	29	83	0	116	23	16	35	24	1.95
160639950--160640179	39	5.9	39	89	1	275	23	30	20	24	1.98
160639980--160640179	39	5.2	39	92	1	305	24	31	20	25	1.98
160648054--160648283	39	5.9	39	90	2	293	23	31	20	23	1.98
160648084--160648283	39	5.2	39	93	2	323	24	32	20	24	1.98
160656997--160657066	27	2.5	28	90	2	106	30	12	25	31	1.93
160657021--160657078	27	2.1	27	87	0	80	32	15	20	31	1.94
160666011--160666113	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
160683907--160684054	28	5.3	28	91	0	224	21	14	35	28	1.92
160684371--160684896	27	19.6	27	80	6	534	38	21	9	30	1.85
160684769--160684938	27	6.3	27	83	2	130	37	18	14	29	1.90
160684371--160684896	81	6.5	81	83	3	600	38	21	9	30	1.85
160686507--160686605	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
160694498--160694596	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
160697426--160697670	40	6.2	40	90	2	379	25	20	26	27	1.99
160697426--160697670	117	2.1	120	89	2	379	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160701695--160701978	49	5.9	49	93	2	477	32	8	29	29	1.86
160701695--160701978	96	2.9	97	92	3	466	32	8	29	29	1.86
160701695--160701978	145	2.0	145	94	0	505	32	8	29	29	1.86
160701956--160702131	48	3.7	48	92	0	271	36	7	25	30	1.85
160701698--160702034	145	2.3	144	88	4	412	33	7	28	30	1.85
160703549--160703601	10	5.1	10	76	17	54	37	0	0	62	0.96
160703581--160703626	23	1.9	24	91	8	76	26	2	4	67	1.21
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160705027--160705073	17	2.9	17	78	6	53	57	6	0	36	1.24
160706383--160706421	20	2.0	20	85	10	53	25	17	10	46	1.80
160707277--160707310	16	2.2	15	89	5	50	35	0	2	61	1.11
160707399--160707434	18	2.1	18	89	5	56	47	0	0	52	1.00
160708597--160708643	21	2.2	21	88	7	69	21	2	0	76	0.89
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160708829--160708858	10	3.0	10	95	0	51	36	0	0	63	0.95
160709670--160709714	21	2.1	21	84	12	56	40	0	0	60	0.97
160711327--160711398	22	3.3	22	86	1	83	31	27	30	9	1.89
160711362--160711408	22	2.1	22	96	0	85	29	21	38	10	1.87
160712074--160712124	18	2.8	18	82	5	50	74	7	15	1	1.13
160713119--160713263	45	3.2	45	77	4	150	37	17	20	24	1.94
160715139--160715180	21	2.0	21	86	9	59	38	7	0	54	1.28
160715317--160715377	30	1.9	32	87	12	90	26	21	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160726412--160726602	39	4.9	39	92	0	310	24	22	31	21	1.98
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160747798--160747974	79	2.2	80	85	5	234	23	26	24	25	2.00
160755729--160755946	40	5.5	40	76	10	162	23	25	24	26	2.00
160760673--160760891	40	5.5	40	92	2	336	26	26	24	22	2.00
160760673--160760891	79	2.8	80	90	2	336	26	26	24	22	2.00
160762583--160762704	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
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160762806--160762928	65	1.9	65	100	0	246	29	30	13	27	1.94
160762867--160763034	49	3.5	49	91	3	277	27	32	10	29	1.89
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160766406--160766704	139	2.1	142	92	4	500	25	31	16	26	1.96
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160766879--160767081	78	2.6	79	88	3	291	24	26	20	28	1.99
160768894--160769015	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
160769117--160769330	49	4.4	49	93	1	349	28	33	9	28	1.88
160769117--160769330	97	2.2	98	91	0	349	28	33	9	28	1.88
160775440--160775550	55	2.0	55	96	0	204	36	23	12	27	1.91
160778371--160778521	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
160778407--160778537	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160786401--160786508	36	2.8	36	82	13	119	23	25	30	21	1.99
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160798418--160798455	18	2.1	19	85	5	51	2	21	0	76	0.91
160806604--160806751	40	3.7	40	83	0	161	27	22	26	24	2.00
160806604--160806771	80	2.1	80	81	3	187	26	21	26	26	1.99
160814803--160814970	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
160816617--160816799	40	4.6	39	77	11	185	24	27	22	25	2.00
160816617--160816799	79	2.3	81	84	8	232	24	27	22	25	2.00
160821566--160821630	30	2.1	32	94	5	116	47	3	23	26	1.66
160821561--160821636	31	2.5	30	85	10	109	43	3	26	26	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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