genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  144  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42413164--42413239	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
42427086--42427293	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
42427086--42427291	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
42434100--42434151	25	2.1	25	100	0	104	71	7	11	9	1.32
42434478--42434610	45	3.0	44	82	11	159	23	15	27	33	1.95
42434491--42434647	41	3.6	45	79	13	168	25	17	28	29	1.97
42437432--42437600	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
42445453--42445621	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
42449690--42449722	16	2.0	17	88	5	50	72	3	12	12	1.23
42449770--42449806	19	1.9	19	94	0	65	70	0	29	0	0.88
42450908--42450942	18	1.9	18	88	0	52	34	17	17	31	1.93
42450931--42450972	18	2.3	18	83	0	57	38	11	16	33	1.86
42460934--42461102	43	4.0	42	77	6	153	27	16	25	30	1.97
42472363--42472445	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
42472665--42472734	25	2.8	25	82	0	77	25	18	24	31	1.98
42473180--42473221	17	2.5	17	92	0	66	23	33	33	9	1.87
42473560--42473637	27	2.9	26	74	11	77	19	19	23	38	1.93
42473678--42473907	27	8.4	27	77	9	103	31	7	20	40	1.81
42473742--42473892	81	1.9	81	84	2	205	28	6	21	43	1.77
42473656--42473893	54	4.4	54	73	8	203	31	7	19	41	1.80
42473696--42473983	54	5.3	54	72	9	201	31	7	19	40	1.80
42473740--42473979	27	8.9	27	77	6	166	30	7	21	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42478849--42478999	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
42478853--42479039	80	2.3	80	82	9	229	24	26	22	26	2.00
42486816--42486966	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
42486820--42487006	80	2.3	80	82	9	229	24	26	22	26	2.00
42489061--42489196	24	5.7	24	80	3	141	24	12	28	34	1.92
42491155--42491251	6	15.8	6	70	16	65	46	13	18	21	1.83
42491164--42491274	31	3.5	31	87	1	132	48	12	17	21	1.80
42491682--42491958	27	10.3	27	87	0	374	25	19	19	35	1.95
42491943--42492004	27	2.3	27	94	0	106	27	9	24	38	1.86
42491954--42492014	27	2.3	27	85	0	77	32	11	16	39	1.84
42492008--42492270	27	9.8	27	83	0	321	36	8	25	30	1.85
42492016--42492270	134	1.9	135	90	0	404	36	8	25	29	1.86
42494267--42494383	6	18.8	6	71	16	78	48	14	17	19	1.81
42494267--42494383	31	3.5	31	80	14	117	48	14	17	19	1.81
42494267--42494360	37	2.5	37	89	0	134	46	14	18	20	1.83
42494793--42494978	27	6.9	27	86	1	230	25	20	18	35	1.95
42494793--42495040	81	3.1	80	82	8	270	27	18	18	35	1.94
42494791--42495017	54	4.2	54	86	2	278	25	18	19	36	1.95
42494971--42495032	27	2.3	27	94	0	106	27	9	24	38	1.86
42494982--42495042	27	2.3	27	85	0	77	32	11	16	39	1.84
42495044--42495299	27	9.5	27	84	0	323	37	8	24	29	1.84
42495036--42495299	81	3.3	81	85	0	357	37	7	24	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42496394--42496568	45	3.8	46	81	10	223	20	21	29	28	1.98
42496390--42496563	46	3.8	46	79	13	189	20	22	29	27	1.99
42499589--42499705	6	18.8	6	71	16	78	48	14	17	19	1.81
42499589--42499705	31	3.5	31	80	14	117	48	14	17	19	1.81
42499589--42499682	37	2.5	37	89	0	134	46	14	18	20	1.83
42500111--42500416	27	11.4	27	83	2	366	25	17	19	36	1.94
42500117--42500440	80	4.0	80	81	6	352	26	17	19	36	1.94
42500435--42500697	27	9.8	27	82	2	287	37	7	23	30	1.84
42500435--42500697	81	3.3	80	82	3	321	37	7	23	30	1.84
42500432--42500724	81	3.6	81	80	2	248	36	8	23	31	1.85
42502692--42502808	6	18.8	6	71	16	78	48	14	17	19	1.81
42502692--42502808	31	3.5	31	80	14	117	48	14	17	19	1.81
42502692--42502785	37	2.5	37	89	0	134	46	14	18	20	1.83
42503215--42503490	27	10.3	27	86	0	365	25	19	19	35	1.95
42503215--42503521	54	5.7	54	87	2	332	25	18	19	36	1.95
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42503486--42503546	27	2.3	27	85	0	77	32	11	16	39	1.84
42503540--42503800	27	9.8	27	82	1	294	37	8	24	29	1.84
42503566--42503827	134	2.0	134	86	1	373	36	8	24	30	1.86
42503537--42503827	80	3.6	81	79	1	237	37	8	24	30	1.85
42505786--42505902	6	18.8	6	71	16	78	48	14	17	19	1.81
42505786--42505902	31	3.5	31	80	14	117	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42505788--42505879	37	2.5	37	89	0	130	46	15	17	20	1.84
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42506308--42506604	27	11.3	27	86	4	392	24	21	18	35	1.95
42506589--42506660	27	2.7	27	84	4	92	29	9	20	40	1.85
42506678--42506769	22	4.2	21	86	9	64	38	7	23	30	1.83
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42506662--42506899	53	4.8	49	84	9	265	38	7	23	29	1.83
42506653--42506926	53	5.4	50	81	10	233	37	8	22	31	1.84
42508883--42508999	6	18.8	6	71	16	78	48	14	17	19	1.81
42508883--42508999	31	3.5	31	80	14	117	48	14	17	19	1.81
42508883--42508976	37	2.5	37	89	0	134	46	14	18	20	1.83
42509364--42509427	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
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42509760--42510047	27	10.7	27	87	0	371	38	9	22	29	1.86
42517197--42517332	24	5.7	24	90	0	191	21	12	30	36	1.90
42517197--42517350	72	2.1	72	84	0	191	22	12	29	35	1.90
42520218--42520318	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42524597--42524663	30	2.2	30	89	0	98	25	20	34	19	1.96
42531017--42531184	40	4.2	40	83	5	198	26	27	22	24	2.00
42531017--42531184	80	2.1	80	85	4	223	26	27	22	24	2.00
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42536663--42536692	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
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42537117--42537274	48	3.3	47	73	5	129	25	12	27	34	1.92
42540884--42541144	27	9.7	27	86	3	328	29	22	7	40	1.81
42542445--42542501	9	5.9	9	73	15	51	36	7	19	36	1.79
42542443--42542513	20	3.5	20	90	0	97	36	9	19	33	1.85
42542560--42542749	23	8.1	23	93	2	308	27	22	21	28	1.99
42542559--42542771	23	9.0	23	90	3	293	28	22	21	28	1.99
42542558--42542770	94	2.3	94	91	2	347	27	22	21	28	1.99
42548685--42548740	19	2.9	19	89	0	76	17	23	23	35	1.95
42551444--42551623	40	4.5	40	92	0	261	31	27	20	21	1.98
42552132--42552302	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
42552127--42552299	46	3.7	46	77	10	190	30	27	19	22	1.98
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42579783--42579939	27	5.9	27	80	4	158	27	14	17	40	1.88
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42579783--42579936	80	1.9	80	85	2	211	27	14	17	40	1.89
42583731--42583994	27	9.8	27	86	4	311	24	14	19	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42584311--42584345	18	1.9	18	100	0	70	17	17	14	51	1.77
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42593736--42593836	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42601646--42601746	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42604068--42604155	37	2.4	37	80	3	97	25	14	23	36	1.93
42604078--42604159	37	2.2	37	88	0	119	25	15	25	32	1.96
42604777--42604808	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
42611646--42611691	20	2.3	20	82	14	60	26	15	28	30	1.96
42616803--42616854	24	2.2	24	100	0	104	3	30	46	19	1.68
42616803--42616854	12	4.3	12	85	0	68	3	30	46	19	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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