Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  762  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
241935168--241935316
80
1.9
80
82
2
192
23
30
24
22
1.99
241935209--241935316
40
2.7
39
86
2
135
22
29
25
23
1.99
241943289--241943395
39
2.7
38
87
7
135
21
28
26
23
1.99
241943289--241943438
40
3.8
39
79
7
142
22
26
24
26
2.00
241948161--241948261
39
2.5
40
85
1
132
30
22
24
21
1.99
241948161--241948311
40
3.8
40
84
4
180
28
22
25
23
1.99
241948157--241948328
40
4.4
38
77
10
161
29
21
26
23
1.99
241956065--241956234
40
4.3
39
77
10
159
28
21
26
24
1.99
241960772--241960922
40
3.8
39
80
6
153
27
23
27
22
1.99
241960809--241960938
40
3.3
39
80
4
161
24
23
27
24
2.00
241968716--241968881
40
4.2
39
79
9
169
26
22
27
23
2.00
241973010--241973398
49
8.1
49
90
7
629
33
8
26
30
1.86
241973235--241973312
39
2.0
39
100
0
156
33
5
28
33
1.79
241973183--241973361
88
2.0
90
94
2
317
34
7
26
31
1.84
241973467--241973553
37
2.3
36
94
5
147
20
19
33
26
1.97
241975430--241975741
40
7.8
40
95
0
500
27
20
25
26
1.99
241976486--241976624
40
3.5
40
78
8
113
26
24
25
23
2.00
241976486--241976588
41
2.5
41
80
10
113
27
24
25
23
2.00
241979368--241979757
49
8.2
49
89
7
624
33
8
27
30
1.86
241979594--241979669
39
2.0
38
94
5
136
32
5
28
32
1.80
241979368--241979755
186
2.0
192
92
5
644
34
8
27
30
1.86
241979542--241979718
86
2.0
90
92
4
299
33
7
27
31
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
241979825--241979911
37
2.3
36
94
5
147
20
19
33
26
1.97
241981783--241982091
40
7.8
40
90
2
419
28
19
24
27
1.98
241981783--241982091
79
3.9
80
87
3
437
28
19
24
27
1.98
241981783--241982091
118
2.6
119
86
2
433
28
19
24
27
1.98
241982267--241982316
24
2.0
25
88
3
75
30
8
32
30
1.86
241984859--241985001
39
3.6
40
83
6
182
23
26
23
25
2.00
241992850--241992999
79
1.9
80
87
4
223
24
27
23
25
2.00
241992850--241993001
39
3.8
40
82
6
191
24
26
23
25
2.00
241993698--241993724
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
241997507--241997569
21
3.1
21
80
8
60
23
0
7
68
1.16
242000104--242000212
43
2.6
42
85
1
128
20
19
22
37
1.94
242010324--242010533
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
242018440--242018685
40
6.2
40
89
3
349
21
28
24
25
1.99
242023189--242023337
38
3.8
39
79
11
137
26
24
26
22
2.00
242031207--242031390
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
242031251--242031399
80
1.9
80
81
2
183
22
24
30
22
1.99
242034222--242034448
39
5.9
39
86
2
316
22
25
29
22
1.99
242034222--242034448
77
2.9
78
88
2
334
22
25
29
22
1.99
242034222--242034431
116
1.8
116
91
0
348
21
25
30
22
1.99
242035289--242035313
11
2.3
11
100
0
50
0
24
0
76
0.80
242036365--242036412
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
242036451--242036507
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
242036449--242036519
20
3.5
20
94
0
124
35
11
21
32
1.89
242036460--242036514
11
5.4
11
70
16
55
36
12
20
30
1.90
242036566--242036731
23
7.1
23
92
2
278
27
21
21
29
1.98
242036564--242036731
47
3.6
47
95
1
302
27
22
20
29
1.98
242044499--242044544
24
1.9
24
90
0
74
32
26
15
26
1.95
242044583--242044639
9
5.9
9
73
15
51
35
8
21
35
1.84
242044581--242044651
20
3.5
20
94
0
124
35
11
21
32
1.89
242044592--242044646
11
5.4
11
70
16
55
36
12
20
30
1.90
242044697--242044836
23
6.1
23
90
5
230
28
22
20
28
1.98
242044695--242044857
46
3.5
47
89
6
235
28
22
21
27
1.99
242048379--242048531
40
3.8
40
80
2
148
26
21
26
25
2.00
242056546--242056700
39
4.0
39
87
3
197
25
21
26
25
2.00
242061033--242061133
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
242067055--242067256
99
2.0
101
93
6
349
21
29
24
25
1.99
242068930--242069030
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
242073050--242073210
29
5.6
29
87
1
112
26
31
16
26
1.96
242073049--242073210
58
2.8
59
85
3
204
25
31
16
26
1.96
242081016--242081147
29
4.6
29
83
1
149
25
32
16
25
1.96
242085476--242085682
40
5.2
39
82
2
209
25
26
22
26
2.00
242085476--242085681
79
2.6
80
82
4
238
25
26
22
25
2.00
242093617--242093824
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
25
2.00
242093617--242093822
80
2.6
81
84
3
247
25
26
22
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
242100633--242100774
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
242100672--242100800
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
242110637--242110705
34
2.0
34
100
0
138
28
28
20
21
1.98
242110585--242110765
40
4.7
40
82
9
189
24
28
22
24
1.99
242118621--242118794
40
4.5
39
84
7
205
24
28
20
26
1.99
242123163--242123346
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
242123203--242123391
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
242131264--242131443
40
4.6
39
81
8
170
26
22
27
23
1.99
242131308--242131488
78
2.3
78
79
5
179
22
23
30
23
1.99
242133983--242134122
23
6.1
23
89
4
212
27
20
20
31
1.97
242133983--242134122
45
3.1
45
89
5
210
27
20
20
31
1.97
242133983--242134122
68
2.0
69
91
1
228
27
20
20
31
1.97
242134331--242134390
31
1.9
31
89
0
93
38
16
20
25
1.93
242148071--242148276
39
5.3
39
84
5
272
25
24
27
22
2.00
242156174--242156422
40
6.2
40
89
2
376
24
24
28
22
1.99
242156174--242156422
119
2.1
120
89
2
376
24
24
28
22
1.99
242160441--242160624
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
242160481--242160669
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
242168555--242168738
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
242168595--242168783
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
242172592--242172831
40
6.3
39
89
6
297
25
28
22
23
1.99
242172737--242172842
34
3.2
33
85
8
142
24
26
22
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
242180739--242180921
38
4.7
40
87
6
241
25
28
21
23
1.99
242180739--242180925
78
2.4
78
85
5
245
25
28
21
24
1.99
242183788--242183839
15
3.7
15
73
17
58
0
51
23
25
1.48
242183813--242183861
22
2.3
21
89
3
71
4
51
20
24
1.65
242184275--242184303
14
2.1
14
93
6
51
58
6
0
34
1.25
242184469--242184507
17
2.4
17
86
4
53
48
0
10
41
1.37
242189490--242189679
9
20.6
9
72
11
107
37
1
13
47
1.52
242189490--242189652
71
2.3
69
84
4
202
38
1
12
47
1.50
242189466--242189679
114
1.9
114
84
5
290
38
1
13
47
1.51
242189526--242189710
87
2.1
87
84
7
234
38
2
12
47
1.54
242189784--242189839
15
3.8
15
76
21
64
51
0
1
46
1.11
242190777--242190805
15
1.9
15
100
0
58
48
20
6
24
1.74
242191260--242191289
14
2.2
13
94
5
51
36
13
0
50
1.42
242192987--242193016
16
1.9
16
93
6
53
43
26
10
20
1.83
242197538--242197640
29
3.6
29
89
0
152
25
32
15
27
1.96
242197509--242197640
58
2.3
58
81
0
156
25
33
15
25
1.95
242205247--242205375
29
4.6
29
90
4
192
24
33
15
26
1.95
242205220--242205375
84
1.9
83
82
4
197
24
34
16
25
1.95
242207244--242207296
27
2.0
27
84
0
70
41
7
11
39
1.69
242209718--242209869
80
1.9
80
82
2
189
23
29
24
22
1.99
242209759--242209869
40
2.8
39
85
9
136
22
28
25
23
1.99
242217790--242217938
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
242217831--242217938
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
242222180--242222249
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
242222180--242222261
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
242230005--242230074
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
242230005--242230086
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
242234822--242234984
40
4.1
40
79
7
179
25
21
28
25
1.99
242242834--242242996
39
4.1
40
81
4
179
25
21
27
25
1.99
242245406--242245477
35
2.1
35
92
5
119
37
12
23
26
1.90
242250627--242250698
35
2.1
35
92
5
119
37
12
23
26
1.90
242254786--242254830
22
2.0
22
100
0
90
17
31
33
17
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770