genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  112  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32092525--32092611	27	3.2	28	80	4	90	40	18	19	21	1.92
32092567--32092626	27	2.2	27	88	5	86	40	25	20	15	1.90
32093276--32093397	27	4.6	27	86	5	158	25	21	19	33	1.97
32093294--32093399	27	3.9	27	88	4	160	24	19	20	34	1.96
32093398--32093869	27	17.5	27	74	7	212	31	9	20	38	1.84
32094711--32094808	39	2.5	40	83	5	128	32	24	20	22	1.98
32106744--32107042	149	2.0	149	99	0	589	36	21	9	32	1.86
32112307--32112493	40	4.7	39	77	7	164	25	23	27	23	2.00
32112302--32112486	79	2.3	82	82	7	220	24	24	27	23	2.00
32112354--32112519	79	2.1	79	79	4	183	25	23	27	24	2.00
32115965--32116131	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
32115981--32116131	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
32127647--32127776	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
32131243--32131431	79	2.4	79	89	8	296	29	20	24	25	1.99
32131236--32131431	40	4.9	40	91	6	287	28	21	25	25	1.99
32131327--32131478	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
32131236--32131466	79	2.9	80	84	10	269	27	21	25	25	1.99
32138272--32138341	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
32146350--32146419	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
32153754--32153881	46	2.8	46	79	9	118	32	27	18	21	1.97
32162768--32162820	24	2.3	23	81	12	63	52	16	18	11	1.73
32163055--32163144	29	3.1	30	82	7	107	24	14	30	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32165473--32165543	37	1.9	37	97	0	133	43	2	42	11	1.55
32171576--32171624	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
32172447--32172613	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
32179590--32179638	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
32180460--32180626	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
32181989--32182075	29	3.0	28	80	8	95	25	12	29	32	1.93
32200777--32200817	20	2.0	20	86	9	57	26	0	19	53	1.45
32202219--32202382	71	2.3	71	97	0	319	19	28	17	35	1.94
32206643--32206725	43	1.9	43	83	9	107	28	26	19	25	1.98
32215189--32215259	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
32215243--32215366	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
32215227--32215338	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
32215243--32215366	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
32215349--32215410	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
32215243--32215392	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
32215243--32215395	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
32216003--32216067	29	2.2	29	97	2	121	32	13	23	30	1.93
32216059--32216155	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
32219365--32219435	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
32219403--32219541	54	2.6	53	85	5	136	41	20	7	30	1.80
32219419--32219541	27	4.6	27	83	4	160	42	19	7	30	1.78
32219419--32219567	53	2.8	53	84	5	149	41	18	9	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32219524--32219585	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
32219419--32219587	80	2.1	81	82	7	202	40	18	11	30	1.85
32220206--32220302	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
32223513--32223583	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
32223551--32223689	54	2.6	53	85	5	136	41	20	7	30	1.80
32223567--32223689	27	4.6	27	83	4	160	42	19	7	30	1.78
32223567--32223715	53	2.8	53	84	5	149	41	18	9	30	1.82
32223672--32223733	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
32223567--32223735	80	2.1	81	82	7	202	40	18	11	30	1.85
32224340--32224391	26	2.0	26	100	0	104	30	26	19	23	1.98
32224379--32224474	28	3.5	28	88	7	144	45	25	8	20	1.79
32226484--32226511	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
32229814--32229967	6	25.5	6	74	16	122	50	14	17	18	1.79
32229814--32230000	30	6.4	30	79	11	181	48	14	17	19	1.81
32229814--32229999	85	2.2	85	92	0	300	48	14	17	18	1.80
32230132--32230233	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
32230391--32230455	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
32230881--32231417	27	20.3	27	86	4	736	24	21	20	33	1.97
32231151--32231190	19	2.1	19	100	0	80	27	25	20	27	1.99
32231186--32231471	81	3.5	80	82	6	310	25	19	20	34	1.96
32231609--32231781	27	6.4	27	87	2	249	38	6	25	29	1.82
32231609--32231781	81	2.1	81	92	2	285	38	6	25	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32231402--32231805	27	15.1	26	78	7	199	32	8	24	35	1.86
32231609--32231826	81	2.7	81	85	1	222	37	6	23	32	1.82
32233770--32233977	30	7.1	29	79	12	194	48	15	17	19	1.82
32233791--32233977	85	2.2	85	93	0	320	48	15	17	19	1.82
32233791--32233952	6	26.8	6	75	15	147	48	14	16	19	1.81
32234109--32234210	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
32234368--32234432	22	3.0	22	80	13	80	36	23	20	20	1.95
32234857--32235391	27	20.3	27	87	4	700	25	21	19	33	1.97
32235126--32235165	19	2.1	19	100	0	80	27	25	20	27	1.99
32235350--32235579	54	4.3	54	78	4	200	27	10	22	39	1.87
32235375--32235579	81	2.6	79	81	8	227	28	8	22	40	1.84
32235377--32235579	27	7.6	26	73	12	128	28	8	22	40	1.84
32235493--32235606	52	2.2	53	82	4	133	32	7	21	38	1.82
32235583--32235755	27	6.4	27	84	2	222	37	8	25	28	1.84
32235583--32235755	81	2.1	81	89	2	258	37	8	25	28	1.84
32235583--32235780	81	2.5	80	82	5	193	36	8	24	30	1.84
32242125--32242188	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
32242294--32242375	28	3.0	27	78	7	85	20	24	21	32	1.98
32245067--32245340	49	5.7	49	89	2	403	32	9	29	28	1.88
32245067--32245340	145	1.9	144	89	4	426	32	9	29	28	1.88
32245067--32245340	96	2.8	96	93	1	440	32	9	29	28	1.88
32247324--32247362	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32250011--32250226	50	4.3	50	76	3	182	32	26	15	25	1.95
32256262--32256457	40	4.9	40	88	7	269	28	21	26	24	1.99
32256262--32256457	79	2.5	78	87	8	281	28	21	26	24	1.99
32256263--32256484	39	5.6	39	85	6	238	27	21	26	24	1.99
32256262--32256491	79	2.9	79	82	8	245	27	21	26	24	1.99
32261695--32261932	40	5.9	40	91	3	349	28	21	25	24	1.99
32261725--32261967	120	2.0	120	87	6	350	29	19	25	25	1.99
32270031--32270280	50	5.0	50	72	3	198	29	24	17	28	1.97
32274228--32274361	37	3.6	37	94	0	241	26	32	16	25	1.96
32274396--32275259	48	18.0	48	90	1	1284	31	26	6	35	1.81
32278733--32279002	40	6.8	40	96	0	463	27	28	19	25	1.99
32280176--32280272	37	2.6	37	100	0	194	24	32	17	24	1.97
32280306--32281195	48	19.0	48	88	4	1273	31	26	6	35	1.81
32280815--32280894	39	2.2	33	77	22	106	31	25	7	36	1.84
32284145--32284187	22	1.9	23	90	4	70	20	0	53	25	1.46
32287626--32287702	40	1.9	40	81	5	93	35	19	20	24	1.96
32288452--32288511	14	4.3	14	79	8	68	35	45	0	20	1.51
32288535--32288588	22	2.5	22	88	8	76	50	24	0	25	1.50
32289044--32289172	42	3.1	41	85	2	150	22	2	31	43	1.66
32289094--32289166	21	3.5	21	79	7	85	21	2	31	43	1.67
32289518--32289702	84	2.2	84	91	0	289	32	15	20	31	1.93
32291802--32291952	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32291839--32291968	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
32299817--32299967	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
32299854--32299983	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
32303810--32303840	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
32304288--32304317	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
32304319--32304391	9	8.1	9	74	6	58	43	20	2	32	1.66
32304301--32304391	45	2.0	45	86	0	128	45	18	2	34	1.62
32306177--32306202	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
32306632--32307198	280	2.0	280	97	0	1071	28	17	18	34	1.94
32309801--32309829	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770