genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  279  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84704987--84705030	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
84706813--84706881	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
84714583--84714719	40	3.4	40	86	3	186	25	16	25	32	1.96
84714700--84714759	28	2.1	28	87	0	84	28	13	28	30	1.94
84716541--84716725	80	2.3	80	81	6	203	35	26	14	23	1.94
84716541--84716725	40	4.6	40	77	6	169	35	26	14	23	1.94
84717657--84717763	34	3.2	34	88	5	146	28	21	22	27	1.99
84720947--84721018	28	2.5	29	88	4	101	27	15	27	29	1.96
84725850--84725921	34	2.1	34	82	5	83	31	20	22	25	1.98
84726185--84726244	27	2.2	27	81	0	66	23	13	26	36	1.92
84732839--84732999	29	5.6	29	84	1	103	26	32	16	25	1.96
84732838--84732999	58	2.8	58	84	1	191	25	32	16	25	1.96
84732901--84732999	29	3.4	27	87	10	135	27	30	14	28	1.95
84740348--84740506	29	5.6	29	84	4	103	25	32	16	25	1.96
84740347--84740506	58	2.8	58	84	3	191	25	31	16	26	1.96
84740410--84740506	29	3.4	27	92	5	149	26	29	14	28	1.95
84752305--84752373	30	2.3	30	82	7	88	59	15	14	10	1.61
84752305--84752373	15	4.7	15	77	8	70	59	15	14	10	1.61
84759023--84759087	34	1.9	34	84	12	89	24	21	24	29	1.99
84762040--84762212	93	1.9	93	88	2	267	27	28	20	23	1.99
84762033--84762209	46	3.9	44	75	11	167	28	27	20	23	1.99
84764600--84764688	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84764600--84764679	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
84764611--84764688	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
84766480--84766664	40	4.6	40	80	3	210	23	27	23	25	2.00
84770940--84771112	46	3.9	43	78	12	204	28	28	19	22	1.98
84770948--84771115	92	1.8	90	94	2	300	27	29	20	22	1.98
84772432--84772494	29	2.2	29	91	0	99	39	6	11	42	1.66
84772440--84772497	29	2.0	29	96	0	107	39	6	8	44	1.62
84774133--84774281	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84774174--84774281	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84776923--84777166	55	4.6	53	76	13	184	36	15	24	22	1.94
84777369--84777399	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
84787025--84787127	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
84792561--84792624	31	2.1	31	87	0	92	23	26	14	35	1.93
84792835--84792971	26	5.3	26	85	3	190	25	22	21	29	1.99
84792835--84792972	52	2.7	52	93	4	228	25	22	21	30	1.99
84793021--84793095	20	3.8	20	89	6	102	32	18	10	38	1.85
84796107--84796361	55	4.8	53	75	9	209	36	15	24	23	1.93
84796114--84796314	108	1.8	110	82	4	264	33	16	24	24	1.96
84797460--84797558	39	2.5	39	93	0	171	38	20	25	16	1.92
84797461--84797525	20	3.2	21	72	12	73	40	20	26	13	1.89
84800787--84800964	54	3.5	49	79	13	166	30	27	15	26	1.96
84800822--84800964	54	2.7	55	85	9	197	30	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84800822--84800983	54	3.0	53	83	8	195	32	24	14	27	1.95
84802270--84802377	39	2.8	39	84	4	139	36	21	25	17	1.95
84804591--84804847	40	6.5	40	78	12	230	23	24	28	24	2.00
84804631--84804814	79	2.3	80	88	0	262	23	23	27	25	2.00
84804591--84804808	119	1.8	120	85	3	305	23	23	28	24	2.00
84804591--84804847	119	2.2	120	81	4	288	23	24	28	24	2.00
84804631--84804847	79	2.7	79	84	3	258	23	24	27	23	2.00
84807811--84807839	14	2.1	14	100	0	58	51	13	27	6	1.66
84818477--84818607	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
84818476--84818607	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
84823461--84823495	16	2.2	16	100	0	70	37	11	11	40	1.77
84824859--84824933	22	3.3	22	67	17	62	32	12	29	26	1.92
84824807--84825330	47	11.3	47	88	3	758	32	9	30	27	1.88
84834274--84834311	14	2.9	13	81	11	51	57	7	13	21	1.60
84837052--84837076	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
84845868--84845892	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
84850037--84850091	26	2.1	26	96	0	101	20	23	10	45	1.82
84851626--84851652	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
84856281--84856368	34	2.5	35	75	18	85	51	3	2	43	1.31
84870528--84870556	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
84874310--84874409	50	2.0	50	92	4	164	47	23	11	19	1.81
84884350--84884406	23	2.5	23	82	0	69	7	12	1	78	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84884369--84884402	6	5.8	6	89	6	52	2	11	0	85	0.71
84884370--84884395	11	2.4	11	100	0	52	0	15	0	84	0.62
84884350--84884401	17	3.1	17	80	0	59	5	13	1	78	1.01
84887353--84887399	20	2.4	19	78	3	58	19	10	0	70	1.16
84888494--84888524	15	2.1	15	93	0	53	45	25	22	6	1.76
84890575--84890620	22	2.0	23	87	4	67	30	2	0	67	1.03
84890643--84890673	16	1.9	16	100	0	62	25	0	0	74	0.82
84890780--84890839	3	20.3	3	96	3	113	31	0	0	68	0.90
84893918--84893966	19	2.6	19	84	12	57	22	30	6	40	1.78
84893930--84893968	19	2.1	19	90	9	62	20	33	2	43	1.65
84906841--84906892	10	5.1	10	77	11	52	71	0	7	21	1.11
84906843--84906892	20	2.5	20	78	18	59	72	0	8	20	1.10
84906909--84906942	13	2.8	12	91	8	52	50	14	0	35	1.44
84907549--84907734	95	2.0	95	90	0	291	32	26	13	27	1.94
84908882--84908975	8	13.0	7	79	18	72	73	0	3	23	0.98
84908897--84908973	5	14.4	5	73	24	52	75	0	2	22	0.93
84908890--84908956	16	4.1	16	81	14	84	73	0	2	23	0.97
84924896--84924954	29	2.0	31	80	12	70	37	1	20	40	1.63
84936583--84936642	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
84936689--84936740	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
84945307--84945494	40	4.7	39	84	2	214	25	25	23	26	2.00
84945307--84945494	80	2.3	80	85	3	236	25	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84952508--84952693	40	4.7	40	86	5	234	24	20	27	27	1.99
84960081--84960211	28	4.7	28	91	0	199	38	10	22	29	1.87
84966256--84966399	49	2.9	48	81	4	180	25	20	27	27	1.99
84970037--84970207	93	1.8	93	91	2	281	28	29	19	21	1.98
84970029--84970204	46	3.8	45	78	11	187	29	29	19	21	1.98
84974358--84974419	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
84974399--84974478	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
84974374--84974500	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
84974400--84974512	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
84974465--84974703	81	3.0	80	85	2	298	40	8	20	30	1.82
84974465--84974703	54	4.4	54	82	2	282	40	8	20	30	1.82
84974466--84974703	27	8.8	27	82	1	244	40	8	20	30	1.82
84974466--84974730	81	3.3	81	82	3	246	40	8	19	31	1.82
84974680--84974753	27	2.7	27	79	6	87	33	9	17	39	1.82
84974701--84974759	27	2.2	27	81	6	66	33	8	15	42	1.77
84976397--84976436	20	2.0	20	100	0	80	25	20	5	50	1.68
84978607--84978668	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
84978648--84978727	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
84978623--84978749	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
84978649--84978761	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
84978714--84978952	81	3.0	80	85	2	298	40	8	20	30	1.82
84978714--84978952	54	4.4	54	82	2	282	40	8	20	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84978715--84978952	27	8.8	27	82	1	244	40	8	20	30	1.82
84978715--84978979	81	3.3	81	82	3	246	40	8	19	31	1.82
84978929--84979002	27	2.7	27	79	6	87	33	9	17	39	1.82
84978950--84979008	27	2.2	27	81	6	66	33	8	15	42	1.77
84982835--84982896	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
84982876--84982955	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
84982851--84982977	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
84982877--84982989	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
84982942--84983180	81	3.0	80	85	2	298	40	8	20	30	1.82
84982942--84983180	54	4.4	54	82	2	282	40	8	20	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770