genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.448.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  448  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137892003--137892809	77	10.0	79	72	16	359	27	17	19	35	1.94
137891829--137892720	251	3.6	240	80	8	947	28	17	19	35	1.94
137892365--137892424	30	2.0	30	87	6	86	21	6	26	45	1.77
137892253--137892783	163	3.3	150	76	13	451	27	16	19	36	1.93
137892517--137892783	77	3.5	76	89	4	369	26	17	20	34	1.96
137892806--137892849	13	3.3	13	81	6	52	18	13	4	63	1.46
137892806--137892868	14	4.5	14	82	7	65	22	12	3	61	1.45
137892833--137892865	15	2.2	15	94	0	57	21	9	0	69	1.15
137893616--137893760	30	4.8	30	84	1	159	26	46	4	22	1.70
137894411--137894469	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
137894427--137894475	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
137894631--137894678	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
137894631--137894682	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
137895466--137895507	22	2.0	22	85	4	59	50	0	11	38	1.40
137898342--137898416	39	1.9	39	91	0	123	44	10	14	30	1.79
137907901--137907938	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
137908418--137908527	56	2.0	56	98	0	211	35	15	13	35	1.87
137909641--137909679	12	3.2	12	92	0	69	61	0	15	23	1.33
137912555--137912608	28	1.9	28	96	0	99	18	20	22	38	1.93
137912692--137912748	27	2.1	27	100	0	114	28	28	0	43	1.55
137924261--137924484	40	5.6	40	87	0	297	20	19	28	32	1.97
137926976--137927038	18	3.8	18	70	20	64	74	17	3	4	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137926976--137927033	31	1.9	30	96	3	107	75	17	3	3	1.07
137934623--137934797	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
137934797--137934989	71	2.8	70	87	3	266	23	12	23	39	1.90
137934623--137935273	193	3.4	191	87	5	866	26	14	22	36	1.93
137935003--137935180	71	2.5	70	88	4	257	28	16	24	31	1.96
137935130--137935694	140	4.0	140	94	3	966	25	17	19	37	1.93
137935532--137935565	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
137935614--137935835	72	3.0	72	80	11	241	31	16	18	32	1.94
137935699--137935839	72	2.0	72	97	0	264	33	14	18	33	1.92
137935793--137935888	49	2.0	49	97	0	183	30	16	20	32	1.95
137935721--137935960	121	2.0	121	94	0	426	30	16	18	34	1.93
137935842--137936183	78	4.6	75	82	8	423	31	15	19	33	1.93
137935842--137936183	145	2.3	147	86	5	460	31	15	19	33	1.93
137936188--137936366	79	2.3	78	80	3	198	29	18	18	32	1.96
137936377--137936412	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
137936321--137936482	88	1.8	88	86	2	236	26	17	19	35	1.94
137936507--137936565	30	2.0	28	87	12	84	18	10	27	44	1.82
137936188--137936734	252	2.2	248	84	7	700	27	17	18	36	1.93
137937388--137937445	16	3.8	16	68	21	52	72	18	3	5	1.18
137938231--137938299	20	3.7	18	72	23	63	33	5	4	56	1.43
137943950--137944165	39	5.6	40	78	6	205	23	27	24	24	2.00
137943986--137944165	79	2.3	78	83	8	215	22	28	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137952410--137952552	40	3.5	40	79	4	153	24	23	27	25	2.00
137952478--137952563	40	2.2	40	84	0	109	27	23	27	20	1.99
137952411--137952563	80	1.9	81	81	4	184	24	22	28	24	2.00
137952410--137952575	40	4.1	40	78	3	100	24	23	27	24	2.00
137957756--137957963	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
137957756--137957961	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
137963577--137963723	40	3.7	40	79	7	156	25	21	27	25	2.00
137963578--137963731	79	1.9	80	84	3	204	25	22	26	24	2.00
137966566--137966786	40	5.6	40	80	6	236	23	27	23	25	2.00
137982103--137982269	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
137986773--137986821	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
137987644--137987810	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
137999429--137999466	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
138010235--138010491	40	6.5	40	75	14	203	23	23	27	24	2.00
138010277--138010458	79	2.3	80	88	0	258	23	23	27	25	2.00
138010277--138010491	79	2.7	78	82	5	243	24	23	27	24	2.00
138010277--138010491	119	1.8	118	83	3	288	24	23	27	24	2.00
138015385--138015492	26	4.2	26	87	0	162	32	7	23	37	1.82
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138019685--138019805	45	2.7	45	80	0	143	24	14	24	36	1.93
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138024329--138024568	27	8.9	27	79	4	207	29	11	22	36	1.89
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138079530--138079621	45	2.0	46	97	2	177	31	17	17	33	1.93
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138091075--138091121	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
138091169--138091251	25	3.4	24	86	8	105	28	21	22	26	1.99
138091464--138091548	37	2.6	30	74	25	91	34	15	24	25	1.95
138091464--138091522	30	1.9	31	89	3	93	35	15	23	25	1.94
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138095239--138095328	39	2.3	40	92	1	146	22	18	32	26	1.97
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138102416--138102630	78	2.7	78	84	5	218	24	22	30	22	1.99
138111625--138111809	40	4.7	40	88	6	227	25	21	27	25	2.00
138111625--138111842	79	2.8	80	80	12	245	26	21	26	25	1.99
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138119641--138119858	79	2.7	79	82	8	248	26	21	26	25	1.99
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138135855--138136062	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
138135855--138136061	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
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138158548--138158714	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
138158548--138158714	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138159536--138159581	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
138167837--138168003	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
138175832--138175998	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
138180792--138180830	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
138185535--138185594	20	3.3	19	81	13	74	35	10	20	35	1.86
138185539--138185590	16	3.3	15	84	10	61	36	11	19	32	1.87
138185640--138185831	73	2.6	71	88	4	260	30	19	20	28	1.97
138185640--138185832	24	8.0	24	86	6	239	30	19	20	29	1.97
138193736--138193783	25	1.9	25	86	0	69	35	27	14	22	1.93
138193827--138193865	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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