genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.753.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  753  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238709611--238709751	40	3.7	37	82	9	133	24	28	22	24	2.00
238709643--238709790	40	3.8	40	79	7	144	22	27	22	27	2.00
238717383--238717528	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
238717415--238717566	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
238719202--238719245	22	2.0	22	91	4	72	15	20	31	31	1.94
238726459--238726618	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
238733815--238733958	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
238733816--238733998	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
238735425--238735475	26	2.0	26	88	0	75	41	23	17	17	1.90
238738002--238738109	44	2.5	42	78	11	112	32	24	18	25	1.97
238739942--238740015	37	2.0	37	82	10	89	44	20	8	27	1.79
238743154--238743223	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
238751061--238751130	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
238752931--238753032	43	2.4	43	85	3	125	31	14	20	33	1.93
238756146--238756175	13	2.3	13	100	0	60	0	13	0	86	0.57
238756279--238756303	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
238756803--238756908	28	3.6	28	68	18	72	23	13	12	50	1.74
238760088--238760258	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
238768095--238768244	40	3.8	40	84	5	180	28	22	26	23	1.99
238768091--238768261	40	4.4	38	77	11	161	29	21	26	23	1.99
238770415--238770562	43	3.5	42	80	6	147	31	25	18	25	1.98
238772408--238772436	14	2.1	14	100	0	58	20	13	6	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238773030--238773079	22	2.2	23	89	3	75	24	32	30	14	1.94
238777355--238777583	46	5.0	46	88	3	300	22	24	14	38	1.91
238777355--238777583	93	2.5	92	86	3	316	22	24	14	38	1.91
238780950--238781115	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
238780966--238781115	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
238781941--238781986	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
238788959--238789125	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
238788975--238789125	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
238789950--238789995	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
238790776--238790805	15	2.0	15	100	0	60	26	26	20	26	1.99
238793617--238793784	40	4.2	40	81	4	178	24	26	23	26	2.00
238793633--238793782	80	1.9	80	84	2	203	22	26	24	26	2.00
238796878--238797096	24	9.1	24	97	0	375	36	25	18	20	1.95
238804861--238805079	24	9.1	24	97	0	375	36	25	18	20	1.95
238810408--238810539	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
238818349--238818509	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
238822613--238822744	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
238826738--238826791	26	2.1	26	96	0	99	16	20	31	31	1.95
238834208--238834383	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
238834205--238834376	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
238838352--238838389	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
238840701--238840862	46	3.6	44	81	9	168	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238840701--238840898	46	4.3	46	79	8	122	25	27	19	27	1.99
238843887--238844016	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
238856244--238856441	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
238856310--238856427	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
238856278--238856441	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
238859668--238859951	135	2.1	137	95	2	511	32	25	18	24	1.97
238861726--238861831	25	4.2	26	89	7	157	36	23	5	33	1.79
238865574--238865856	133	2.1	137	95	2	511	31	25	18	24	1.97
238867632--238867740	26	4.2	26	90	2	166	37	23	5	33	1.78
238867632--238867740	51	2.1	52	93	1	184	37	23	5	33	1.78
238872559--238872688	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
238879340--238879896	272	2.0	273	98	1	1080	28	16	24	31	1.96
238885577--238885623	13	3.5	13	77	13	51	55	0	2	42	1.12
238885585--238885623	7	5.7	7	85	14	55	56	0	0	43	0.99
238885586--238885628	19	2.1	21	91	8	72	55	0	0	44	0.99
238887615--238887679	15	3.9	15	73	21	58	12	1	60	26	1.41
238887642--238887679	3	12.7	3	88	0	58	5	0	65	28	1.14
238887602--238887762	42	3.8	42	76	6	126	19	4	57	18	1.56
238893537--238893702	40	4.2	40	78	6	160	22	27	23	25	2.00
238896357--238896522	40	4.2	40	79	6	160	24	25	22	27	2.00
238904349--238904516	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
238904365--238904514	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238906132--238906197	32	2.1	32	100	0	132	15	31	24	28	1.95
238910453--238910656	40	5.1	40	90	4	290	25	29	23	21	1.99
238914889--238914958	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
238922811--238922880	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
238926348--238926409	32	1.9	32	83	0	79	46	41	3	8	1.49
238940374--238940713	73	4.8	73	84	7	388	27	15	22	35	1.94
238940783--238940942	52	3.0	51	83	4	176	28	15	17	39	1.89
238940601--238940883	122	2.4	116	87	8	383	25	14	22	37	1.92
238940804--238940938	52	2.5	52	89	5	200	30	15	19	34	1.93
238940900--238941104	83	2.5	79	86	10	272	25	15	21	37	1.93
238941049--238941173	54	2.3	54	89	5	182	25	13	16	44	1.84
238943607--238943755	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
238943648--238943755	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
238952111--238952163	26	2.0	26	100	0	106	15	26	22	35	1.93
238957676--238957710	17	2.1	17	100	0	70	42	22	0	34	1.54
238961911--238962073	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
238961911--238962103	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
238965236--238965462	40	5.8	40	88	5	295	22	22	27	26	1.99
238965236--238965487	79	3.2	79	85	5	316	23	23	27	26	2.00
238973406--238973591	40	4.7	41	90	3	256	22	23	27	25	2.00
238981569--238981671	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
238989561--238989663	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238993327--238993415	27	3.3	27	95	1	151	30	26	14	28	1.95
238995280--238995337	15	3.9	15	84	4	64	17	12	15	55	1.70
238997930--238998087	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
238997930--238998117	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
239005916--239006073	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
239005916--239006103	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
239010466--239010569	29	3.6	28	84	5	136	29	16	25	27	1.97
239018453--239018556	29	3.6	28	84	5	136	29	16	25	27	1.97
239022461--239022567	29	3.6	30	82	6	130	31	15	25	27	1.96
239030994--239031157	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
239030994--239031191	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
239038562--239038725	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
239038562--239038759	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
239043554--239043716	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
239051276--239051437	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
239051284--239051439	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
239052991--239053140	46	3.2	45	73	15	153	28	28	20	22	1.98
239053564--239053623	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
239069206--239069258	27	2.0	27	96	0	97	28	5	22	43	1.76
239070353--239070534	77	2.3	80	82	8	205	24	22	27	25	2.00
239070353--239070534	40	4.7	40	79	8	180	24	22	27	25	2.00
239075797--239075972	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239075793--239075964	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
239078926--239078994	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
239078917--239079004	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
239080246--239080314	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
239081936--239081973	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
239088247--239088315	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
239096322--239096531	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
239104452--239104661	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
239109759--239109869	30	3.7	29	95	4	195	36	13	24	26	1.92
239109740--239109869	30	4.5	29	88	10	178	33	13	26	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770