genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  267  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80415062--80415174	42	2.7	42	87	0	172	32	20	21	25	1.97
80428784--80428810	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
80431927--80432001	29	2.6	28	85	4	87	21	14	33	30	1.93
80435009--80435035	13	2.1	13	100	0	54	0	37	22	40	1.54
80438190--80438906	48	15.0	48	90	0	1087	35	6	26	30	1.82
80438190--80438906	191	3.7	192	92	0	1159	35	6	26	30	1.82
80438941--80439037	37	2.6	37	98	0	185	25	17	31	24	1.97
80445302--80445376	27	2.8	27	75	0	69	32	26	9	32	1.88
80445302--80445512	54	3.9	54	76	6	149	31	22	9	36	1.87
80445331--80445484	27	5.7	27	82	3	175	28	22	9	38	1.86
80445334--80445483	81	1.9	81	87	2	221	29	21	10	39	1.86
80445469--80445520	27	1.9	27	88	0	77	44	21	7	26	1.79
80445314--80445512	81	2.5	81	78	1	211	32	21	9	36	1.86
80445476--80445566	27	3.4	27	83	3	103	40	20	14	24	1.90
80446982--80447189	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
80446982--80447187	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
80452490--80452615	27	4.7	27	81	6	139	30	21	9	38	1.85
80452490--80452615	54	2.3	54	83	2	155	30	21	9	38	1.85
80452601--80452652	27	1.9	27	84	0	68	46	19	7	26	1.77
80452635--80452698	27	2.4	27	86	0	92	42	20	14	23	1.88
80457996--80458447	49	9.3	49	95	0	768	31	7	30	30	1.86
80464378--80464507	46	2.8	46	83	6	156	20	30	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80466873--80466951	27	2.9	28	77	7	81	15	20	24	40	1.90
80477331--80477398	28	2.4	28	87	0	91	29	25	16	29	1.96
80483430--80483495	28	2.4	28	86	0	96	30	25	7	36	1.84
80486801--80486825	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
80489696--80489798	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
80499785--80499819	17	2.1	17	100	0	70	28	28	5	37	1.80
80500089--80500308	48	4.5	50	77	15	196	27	28	17	26	1.98
80500126--80500309	96	1.9	96	86	7	266	27	28	17	26	1.98
80504308--80504675	48	7.8	47	75	10	227	24	30	18	26	1.98
80504312--80504682	46	7.8	47	76	10	262	24	30	18	26	1.98
80505013--80505087	30	2.5	30	100	0	150	32	25	9	33	1.88
80509217--80509258	21	2.0	21	100	0	84	19	9	14	57	1.64
80515802--80515844	21	2.0	22	82	13	54	20	11	0	67	1.22
80528668--80528936	40	6.8	40	88	4	359	24	20	27	27	1.99
80529791--80529881	45	2.0	45	100	0	182	37	10	27	24	1.89
80530914--80531107	39	4.9	39	87	0	244	23	21	30	23	1.99
80540269--80540471	39	5.2	40	88	5	272	25	20	27	26	1.99
80540269--80540471	79	2.6	79	86	6	279	25	20	27	26	1.99
80556833--80556916	44	1.9	44	85	4	116	35	11	25	27	1.91
80557056--80557177	47	2.6	47	90	0	199	35	11	25	27	1.90
80557156--80557323	54	3.1	54	77	9	182	36	14	25	23	1.92
80557164--80557361	108	1.8	108	82	6	258	35	17	24	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80557164--80557386	108	2.1	107	80	8	247	37	17	24	21	1.93
80565978--80566062	45	1.9	44	82	2	107	27	12	21	38	1.90
80585188--80585213	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
80587380--80587555	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80587376--80587547	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80590504--80590582	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
80590495--80590581	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
80592958--80593133	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80592954--80593125	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80595026--80595237	40	5.3	40	87	0	300	27	29	19	23	1.98
80598127--80598191	5	12.6	5	81	12	78	18	3	3	75	1.07
80600459--80600503	23	2.0	23	82	8	56	28	2	13	55	1.50
80602478--80602592	37	3.1	37	100	0	230	20	32	19	27	1.97
80602695--80603075	49	7.5	49	84	9	478	29	33	9	27	1.88
80602695--80603075	98	3.8	98	88	8	573	29	33	9	27	1.88
80602743--80603059	160	2.0	160	95	0	571	29	34	9	26	1.88
80602841--80602961	62	2.0	62	98	0	233	28	36	10	24	1.89
80602970--80603054	27	3.3	27	63	21	74	34	31	3	30	1.75
80602695--80603075	209	1.8	209	95	0	690	29	33	9	27	1.88
80606420--80606448	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
80606806--80606893	45	2.0	45	90	0	140	40	23	11	23	1.87
80606824--80606897	21	3.4	21	66	23	53	41	25	10	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80608342--80608603	54	4.9	54	84	3	312	23	22	17	37	1.94
80608582--80608750	47	3.6	47	94	0	293	26	23	14	35	1.93
80608722--80608964	91	2.6	91	88	3	335	22	24	19	33	1.97
80608980--80609063	44	1.9	44	82	4	107	26	25	10	38	1.88
80611797--80611840	21	2.1	21	83	8	54	9	34	0	56	1.31
80612681--80612725	23	2.0	23	86	8	65	28	2	0	68	1.01
80619809--80619836	13	2.2	13	100	0	56	32	32	0	35	1.58
80623109--80623319	40	5.3	40	84	3	257	25	27	22	24	2.00
80629828--80630009	40	4.6	39	75	9	154	25	23	27	23	2.00
80631915--80632032	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
80631883--80632046	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
80639894--80640105	27	7.9	27	80	7	209	40	20	8	31	1.82
80639894--80640105	54	3.9	53	80	10	241	40	20	8	31	1.82
80639884--80640105	81	2.8	80	80	6	234	40	20	8	30	1.83
80640404--80640455	26	2.0	26	88	0	77	17	23	23	36	1.95
80640577--80640643	28	2.4	28	87	7	93	20	23	25	29	1.99
80644946--80645096	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
80644983--80645112	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
80652955--80653105	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
80652992--80653121	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
80657758--80657797	21	2.0	20	85	5	53	32	32	22	12	1.91
80668541--80668597	22	2.6	22	85	0	78	19	28	31	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80677169--80677259	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
80677355--80677707	49	7.4	49	90	5	544	28	33	9	28	1.88
80677355--80677707	139	2.5	143	91	4	563	28	33	9	28	1.88
80677355--80677707	90	3.7	97	90	6	569	28	33	9	28	1.88
80679848--80680044	40	4.9	40	94	1	342	25	28	22	23	1.99
80687519--80687571	24	2.2	24	96	0	97	54	7	9	28	1.59
80687622--80687663	20	2.1	20	82	8	50	35	9	11	42	1.74
80691041--80691079	20	2.0	20	89	0	60	48	12	2	35	1.55
80692580--80692608	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
80693553--80693597	23	2.0	22	82	4	54	55	6	6	31	1.52
80698491--80698576	27	3.2	27	88	0	118	20	20	46	11	1.82
80698708--80698743	18	1.9	19	94	5	65	69	0	27	2	1.02
80698808--80698857	22	2.3	22	82	6	57	24	0	12	64	1.27
80698924--80698975	27	1.9	27	96	0	95	42	1	15	40	1.58
80707348--80707648	85	3.6	85	91	3	493	21	26	23	28	1.99
80710037--80710079	17	2.4	19	80	7	54	46	4	20	27	1.71
80718791--80718835	21	2.1	21	87	0	63	15	22	22	40	1.91
80721507--80721716	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80729641--80729850	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
80733798--80734016	50	4.4	50	75	9	151	31	10	17	39	1.85
80733796--80734030	100	2.3	100	83	4	278	31	11	18	38	1.86
80733869--80734053	50	3.7	50	82	6	196	32	10	15	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80733841--80734052	100	2.1	100	82	5	250	32	11	16	40	1.83
80735146--80735182	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
80735146--80735188	10	4.3	9	94	5	50	48	0	2	48	1.14
80739419--80739537	43	2.8	41	80	12	134	23	18	27	30	1.98
80740808--80740872	32	2.0	32	96	0	121	23	12	23	41	1.87
80741933--80741990	27	2.1	27	83	0	71	31	15	17	36	1.91
80744287--80744458	46	3.7	46	78	13	199	20	20	30	28	1.97
80746813--80746865	17	3.1	18	75	25	60	41	0	13	45	1.43
80751669--80751857	40	4.7	40	80	3	184	28	23	25	22	1.99
80751669--80751822	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770