genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  89  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26041394--26041432	20	2.0	20	85	10	53	30	20	35	12	1.90
26046912--26047135	40	5.6	40	87	4	267	24	28	23	23	2.00
26046912--26047096	79	2.3	80	87	0	264	24	27	23	23	2.00
26046912--26047136	79	2.8	78	83	7	260	24	28	23	24	2.00
26063590--26063648	27	2.2	27	78	0	64	35	25	22	16	1.95
26068242--26068373	28	4.7	28	96	1	230	32	21	25	21	1.98
26068427--26068498	36	2.0	36	83	0	90	43	22	13	20	1.87
26068515--26068567	26	2.0	27	85	3	72	28	15	26	30	1.96
26072249--26072511	40	6.5	40	92	2	402	23	22	29	25	1.99
26072245--26072511	122	2.2	120	90	1	417	23	22	28	25	1.99
26078275--26078425	39	3.9	39	93	2	250	23	21	31	22	1.98
26078275--26078425	77	1.9	79	91	2	252	23	21	31	22	1.98
26078275--26078455	39	4.6	39	88	2	229	23	22	31	22	1.98
26085746--26085897	39	3.9	39	95	0	259	23	21	31	23	1.98
26090203--26090310	28	3.9	28	86	0	144	33	19	23	24	1.97
26097213--26097325	27	4.2	27	87	5	158	35	21	24	18	1.96
26097215--26097324	55	2.0	54	87	5	159	35	20	24	19	1.96
26100341--26100515	40	4.4	40	78	9	155	25	25	21	27	1.99
26105215--26105337	40	3.1	40	80	2	140	30	22	24	22	1.99
26105180--26105364	40	4.6	40	77	6	128	27	23	26	23	2.00
26111541--26111672	39	3.4	39	85	7	144	25	27	21	25	1.99
26111544--26111724	40	4.6	39	82	10	190	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26111541--26111710	79	2.2	79	82	10	197	25	27	20	26	1.99
26117109--26117250	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
26117148--26117276	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
26122215--26122384	46	3.7	46	75	15	181	22	20	28	28	1.99
26141404--26141580	47	3.8	47	90	0	273	27	31	7	33	1.84
26141454--26141532	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
26154411--26154474	28	2.3	28	94	5	112	37	21	20	20	1.94
26154528--26154599	36	2.0	36	83	5	92	41	19	15	23	1.89
26163667--26163697	15	2.1	15	100	0	62	22	25	12	38	1.90
26167755--26167791	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
26168510--26168651	53	2.6	54	78	2	160	37	19	24	19	1.94
26174649--26174718	34	2.1	34	97	0	131	21	22	21	34	1.97
26178680--26178743	31	2.1	30	88	2	92	25	21	14	39	1.91
26179081--26179127	20	2.3	20	85	7	69	34	23	8	34	1.85
26186982--26187089	25	4.4	25	81	5	114	29	20	20	29	1.98
26187137--26187183	20	2.3	20	89	7	69	34	19	8	38	1.82
26189528--26189555	11	2.5	11	100	0	56	10	32	28	28	1.90
26190369--26190398	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
26202837--26202902	27	2.5	27	83	11	84	33	12	16	37	1.86
26209673--26209761	27	3.3	27	80	9	83	42	16	17	22	1.89
26211961--26212240	48	5.9	47	75	11	221	24	28	20	26	1.99
26211961--26212234	96	2.9	96	82	3	302	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26216834--26216860	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
26221129--26221215	6	14.3	6	76	7	59	18	6	1	73	1.12
26221130--26221208	22	3.5	22	80	13	90	18	6	1	73	1.11
26221127--26221204	16	4.7	16	78	15	70	19	6	1	73	1.12
26224128--26224152	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
26227211--26227313	29	3.6	29	80	2	91	25	33	17	24	1.96
26228471--26228527	19	3.2	17	79	15	62	5	15	1	77	1.03
26228471--26228525	18	3.0	18	80	19	69	5	16	1	76	1.06
26239040--26239070	14	2.2	14	94	0	53	77	0	3	19	0.90
26239161--26239191	15	2.1	15	100	0	62	54	6	25	12	1.62
26241645--26241686	8	5.6	8	86	13	63	35	0	0	64	0.94
26241647--26241674	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
26241645--26241687	14	2.9	15	80	12	54	37	0	0	62	0.95
26241645--26241687	22	2.0	22	90	0	68	37	0	0	62	0.95
26242598--26242629	9	3.6	9	91	0	55	43	21	3	31	1.68
26243778--26243810	15	2.2	15	89	10	50	60	15	9	15	1.58
26250594--26250801	40	5.2	40	88	1	285	27	28	20	23	1.99
26257896--26258098	40	5.1	40	91	1	300	27	29	21	22	1.99
26259132--26259181	22	2.3	22	86	6	75	18	24	24	34	1.96
26260988--26261113	43	2.9	43	80	2	155	28	16	24	30	1.97
26263231--26263449	121	1.8	121	84	2	305	30	10	24	34	1.89
26263408--26263575	40	4.2	40	80	3	178	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26271270--26271488	121	1.8	121	84	2	305	30	10	24	34	1.89
26271447--26271614	40	4.2	40	80	3	178	24	23	27	24	2.00
26275433--26275494	21	2.9	21	78	4	70	24	12	3	59	1.48
26275433--26275487	22	2.6	21	82	2	65	25	10	3	60	1.47
26276866--26276901	7	4.9	7	90	10	54	83	0	0	16	0.65
26277997--26278124	64	2.0	64	93	0	220	30	19	14	35	1.92
26278196--26278725	131	4.1	131	90	0	803	28	22	23	26	1.99
26278377--26278565	42	4.4	43	68	12	118	27	24	22	25	2.00
26278772--26279045	44	6.2	45	68	13	160	35	19	21	24	1.96
26278707--26279016	88	3.5	87	87	4	419	34	19	22	24	1.96
26279473--26279597	45	2.8	45	83	6	155	24	22	27	26	2.00
26279474--26279627	45	3.5	43	80	10	141	25	21	25	27	1.99
26295032--26295148	43	2.7	42	85	7	139	24	11	25	37	1.90
26301571--26301752	39	4.6	39	88	0	256	23	19	32	24	1.98
26306241--26306274	17	1.9	17	88	5	50	41	23	2	32	1.69
26313126--26313235	26	4.2	26	97	0	202	34	6	23	35	1.80
26318896--26319029	26	5.2	26	95	2	227	35	5	23	35	1.79
26318896--26319029	51	2.6	51	92	4	225	35	5	23	35	1.79
26323794--26323828	17	2.1	17	94	0	61	25	11	8	54	1.64
26325314--26325348	9	3.8	9	85	7	52	11	0	2	85	0.69
26325318--26325359	19	2.2	19	83	8	50	9	7	4	78	1.08
26327502--26327637	26	5.2	26	90	0	218	40	22	2	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26332299--26332366	23	3.0	23	93	2	111	39	17	5	36	1.74
26332345--26332489	19	7.9	19	86	9	221	38	14	10	36	1.80
26332338--26332490	73	2.1	71	87	8	220	37	15	9	37	1.80
26332347--26332489	54	2.6	54	95	1	250	39	13	10	36	1.80
26332821--26332929	45	2.4	45	86	1	148	24	28	13	33	1.94
26333044--26333319	86	3.2	86	67	18	228	25	20	19	34	1.96
26333003--26333468	175	2.7	175	89	4	748	26	20	20	32	1.97
26334556--26334619	14	4.5	14	80	3	65	4	10	0	84	0.76
26334556--26334588	7	4.7	7	92	0	57	0	9	0	90	0.44
26334555--26334608	19	3.0	17	81	13	56	7	7	0	85	0.75
26337274--26337331	28	2.0	30	80	12	68	3	18	0	77	0.91
26344355--26344535	40	4.6	40	90	2	258	22	24	29	23	1.99
26347443--26347568	19	6.9	19	86	10	192	36	15	11	37	1.83
26347443--26347560	35	3.3	35	93	3	191	36	14	11	37	1.83
26347446--26347576	17	7.3	19	85	11	134	37	13	12	36	1.83
26349728--26350216	260	1.9	261	93	0	854	22	22	19	35	1.95
26350716--26350833	27	4.3	27	81	4	139	22	28	14	33	1.94
26355263--26355287	8	3.1	8	100	0	50	0	12	40	48	1.40
26356003--26356055	23	2.3	22	81	12	54	28	11	5	54	1.58
26361121--26361218	35	2.7	37	86	12	141	36	10	17	35	1.84
26361121--26361211	19	4.9	19	89	8	152	36	10	16	36	1.84
26361121--26361234	19	5.8	22	85	10	87	35	9	16	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26361499--26361532	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
26371741--26372005	78	3.4	78	92	2	424	33	18	23	24	1.97
26371945--26372217	45	6.1	45	76	7	241	32	15	26	26	1.96
26372039--26372217	88	2.0	90	89	2	272	32	13	26	26	1.94
26372568--26372622	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
26372568--26372645	18	3.8	22	86	10	80	35	8	16	38	1.80
26376264--26376399	46	3.0	46	84	2	166	41	12	23	22	1.87
26384638--26384703	20	3.3	19	78	16	55	24	31	28	15	1.95
26385344--26385386	22	2.0	22	86	9	61	81	4	0	13	0.84
26386868--26387155	3	96.0	3	70	13	150	60	2	6	30	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770